Ini ialah perintah obgrep yang boleh dijalankan dalam penyedia pengehosan percuma OnWorks menggunakan salah satu daripada berbilang stesen kerja dalam talian percuma kami seperti Ubuntu Online, Fedora Online, emulator dalam talian Windows atau emulator dalam talian MAC OS.
JADUAL:
NAMA
obgrep — program carian molekul lanjutan menggunakan SMARTS
SINOPSIS
obgrep [PILIHAN] 'corak SMARTS' nama fail
DESCRIPTION
Alat obgrep boleh digunakan untuk mencari molekul di dalam fail pangkalan data berbilang molekul
(cth, SMILES, SDF, dsb.) atau merentasi berbilang fail.
PILIHAN
Jika hanya nama fail diberikan, obgrep akan cuba meneka jenis fail daripada nama fail
sambungan.
-c Cetak bilangan padanan
-f Padanan penuh, cetak padanan-molekul hanya apabila bilangan atom berat juga sama
kepada bilangan atom dalam pola SMARTS
-i format
Menentukan format input dan output, lihat Babel(1) untuk format yang tersedia
-n Hanya cetak nama molekul
-t # Cetak molekul hanya jika corak berlaku # kali di dalam molekul
-v Terbalikkan padanan, cetak molekul tidak sepadan
CONTOH
Ambil perhatian bahawa dalam semua contoh, corak SMARTS disertakan dalam petikan tunggal '...' untuk memastikan
ia tidak diubah oleh cangkerang.
Cetak semua molekul dengan kumpulan metilamin:
obgrep pangkalan data 'CN'.smi
Cetak semua molekul tanpa kumpulan metilamin:
obgrep -v pangkalan data 'CN'.smi
Cetak bilangan molekul tanpa kumpulan metilamin:
obgrep -v -c pangkalan data 'CN'.smi
Cetak metilamin (jika ia wujud dalam fail):
obgrep -f pangkalan data 'CN'.smi
Cetak metilamin dan/atau metanol (jika wujud):
obgrep -f pangkalan data 'C[N,O]'.smi
Cetak semua molekul dengan karbon aromatik dalam semua fail SMILES dalam direktori (iaitu, *.smi)
obgrep 'c' *.smi
Gunakan obgrep dalam talian menggunakan perkhidmatan onworks.net
