primer3_core - Dalam Talian di Awan

JADUAL:

NAMA

primer3_core - Mereka bentuk primer untuk PCR

SINOPSIS

primer3_core [-format_output] [-strict_tags] [ input_file]

DESCRIPTION

primer3_core memilih primer untuk tindak balas PCR, menganggap sebagai kriteria oligonukleotida
suhu lebur, saiz, kandungan GC dan kemungkinan primer-dimer, saiz produk PCR,
kekangan kedudukan dalam jujukan sumber, dan pelbagai kekangan lain.

Secara lalai, primer3_core menerima input dan menghasilkan output dalam format Boulder-io, pra-XML
format input/output berasaskan teks untuk format pertukaran data program-ke-program. The
Format Boulder-io dan arahan yang difahami oleh primer3_core diterangkan dalam
README fail, yang pada sistem Debian boleh didapati dalam /usr/share/doc/primer3/.

PILIHAN

-format_output
Mencetak laporan yang lebih berorientasikan pengguna untuk setiap urutan.

-strict_tags
primer3_core bergema dan mengabaikan mana-mana teg yang tidak dikenalinya, melainkan
-strict_tags flag ditetapkan pada baris arahan, dalam hal ini primer3_core mencetak an
ralat dalam teg output PRIMER_ERROR dan mencetak maklumat tambahan pada stdout;
pilihan ini boleh berguna untuk sistem penyahpepijatan yang menggabungkan buku asas.

Nota
Bendera lama -2x_compat tidak lagi disokong.

EXIT STATUS KOD

· 0 pada operasi biasa.

· -1 di bawah syarat berikut: hujah baris perintah yang tidak sah, tidak dapat dibuang
stdout, tidak dapat membuka (untuk menulis dan mencipta) fail .for, .rev atau .int (mungkin
disebabkan masalah perlindungan).

· -2 pada kehabisan ingatan.

· -3 input kosong.

· -4 ralat dalam teg input "Global" (mesej dalam PRIMER_ERROR).

RUJUKAN

Sila nyatakan Rozen, S., Skaletsky, H. "Primer3 di WWW untuk pengguna umum dan untuk
pengaturcara biologi." Dalam S. Krawetz dan S. Misener, eds. Kaedah Bioinformatik dan
Protokol dalam siri Kaedah dalam Biologi Molekul. Humana Press, Totowa, NJ, 2000,
halaman 365-386.

Gunakan primer3_core dalam talian menggunakan perkhidmatan onworks.net