Ini ialah bantahan arahan yang boleh dijalankan dalam penyedia pengehosan percuma OnWorks menggunakan salah satu daripada berbilang stesen kerja dalam talian percuma kami seperti Ubuntu Online, Fedora Online, emulator dalam talian Windows atau emulator dalam talian MAC OS.
JADUAL:
NAMA
protes - Pemilihan model evolusi protein paling sesuai (versi berurutan)
SINOPSIS
bantahan -i alignm_file [PILIHAN]
DESCRIPTION
PROTTEST (saudara ModelTest) ialah program untuk memilih model
evolusi protein yang paling sesuai dengan set urutan tertentu (penjajaran).
Program java ini adalah berdasarkan program Phyml (untuk kemungkinan maksimum
pengiraan dan pengoptimuman parameter) dan menggunakan perpustakaan PAL sebagai
baiklah. Model yang disertakan ialah matriks penggantian empirikal (seperti WAG,
LG, mtREV, Dayhoff, DCMut, JTT, VT, Blosum62, CpREV, RtREV, MtMam,
MtArt, HIVb, dan HIVw) yang menunjukkan kadar relatif asid amino
penggantian, dan penambahbaikan khusus (+I: tapak invariable, +G: rate
heterogeniti antara tapak, +F: diperhatikan frekuensi asid amino) kepada
mengambil kira kekangan evolusi yang dikenakan oleh pemuliharaan
struktur dan fungsi protein. ProtTest menggunakan Maklumat Akaike
Kriteria (AIC) dan statistik lain (AICc dan BIC) untuk mencari yang mana satu
model calon paling sesuai dengan data yang ada.
PILIHAN
-i alignment_filename
Fail input penjajaran (diperlukan)
-t tree_filename
Fail pokok (pilihan) [lalai: pokok NJ]
-o nama fail_output
Fail output (pilihan) [lalai: output standard]
-log membolehkan tidak boleh
Membolehkan / Melumpuhkan log masuk PhyML ke direktori log (lihat prottest.properties)
-[matriks]
Sertakan matriks (Asid Amino) = JTT LG DCMut MtREV MtMam MtArt Dayhoff WAG RtREV
CpREV Blosum62 VT HIVb HIVw FLU
Jika anda tidak menyatakan sebarang matriks, semua matriks yang dipaparkan di atas akan disertakan.
-I
Sertakan model dengan perkadaran tapak tidak boleh ubah
-G
Sertakan model dengan variasi kadar antara tapak dan bilangan kategori
-IG
sertakan model dengan kedua-dua sifat +I dan +G
-semua-pengedaran
Sertakan model dengan variasi kadar antara tapak, bilangan kategori dan kedua-duanya
-cat bilangan_kategori
Tentukan bilangan kategori untuk model +G dan +I+G [lalai: 4]
-F
Sertakan model dengan anggaran kekerapan empirikal
-AIC
Model paparan diisih mengikut Kriteria Maklumat Akaike (AIC)
-BIC
Model paparan diisih mengikut Kriteria Maklumat Bayesian (BIC)
-AICC
Model paparan diisih mengikut Kriteria Maklumat Akaike yang Dibetulkan (AICc)
-DT
Paparkan model diisih mengikut Kriteria Teori Keputusan
-semua
Memaparkan jadual perbandingan 7 rangka kerja
-S strategi_optimasi
Mod strategi pengoptimuman: [lalai: 0]
0: BIONJ JTT tetap
1: Pokok BIONJ
2: Pokok Kemungkinan Maksimum
3: Topologi yang ditentukan pengguna
-s bergerak
Operasi carian pokok untuk carian ML: NNI (paling cepat), SPR (paling perlahan), BEST (terbaik
NNI dan SPR) [lalai: NNI]
-t1
Paparkan pokok newick model terbaik [lalai: palsu]
-t2
Paparkan pepohon ASCII model terbaik [lalai: palsu]
-tc ambang_konsensus
Paparkan pepohon konsensus dengan ambang yang ditentukan, antara 0.5 dan 1.0 [0.5 =
konsensus peraturan majoriti; 1.0 = konsensus yang ketat]
-benang nombor_atau_benang
Bilangan utas yang diminta untuk dikira (hanya jika MPJ tidak digunakan) [lalai: 1]
-berkata-kata
Mod bertele-tele [lalai: palsu]
CONTOH
bantahan -i alignm_file -t fail_pokok -S 0 -semua-pengedaran -F -AIC -BIC -tc 0.5 > keluaran
Gunakan protes dalam talian menggunakan perkhidmatan onworks.net
