Ray - Dalam Talian di Awan

JADUAL:

NAMA

Ray - pasang genom secara selari menggunakan antara muka penghantaran mesej

SINOPSIS

mpiexec -n NUMBER_OF_RANKS Ray -k KMERLENGTH -p l1_1.fastq l1_2.fastq -p l2_1.fastq
l2_2.fastq -o ujian

mpiexec -n NUMBER_OF_RANKS Ray Ray.conf # dengan arahan dalam fail

HURAIAN:

Penghimpun genom Ray dibina di atas RayPlatform, berasaskan pemalam generik
enjin pengiraan teragih dan selari yang menggunakan antara muka penghantaran mesej untuk
menghantar mesej.

Ray mensasarkan beberapa aplikasi:

- himpunan genom de novo (dengan vanila Ray) - himpunan meta-genom de novo (dengan
Ray Meta) - perhimpunan transkrip de novo (berfungsi, tetapi tidak banyak diuji) -
kuantifikasi kelimpahan contig - kuantifikasi konsortia mikrobiom
ahli (dengan Komuniti Ray) - kuantifikasi ungkapan transkrip - taksonomi
pemprofilan sampel (dengan Komuniti Ray) - pemprofilan ontologi gen sampel
(dengan Ray Ontologies)

-membantu

Memaparkan halaman bantuan ini.

-turun

Memaparkan versi Ray dan pilihan kompilasi.

Menggunakan fail konfigurasi

Ray boleh dilancarkan dengan mpiexec -n 16 Ray Ray.conf Fail konfigurasi boleh
sertakan ulasan (bermula dengan #).

Panjang K-mer

-k kmerLength

Memilih panjang k-mers. Nilai lalai ialah 21. Ia mesti ganjil kerana
bucu pelengkap songsang disimpan bersama. Panjang maksimum ditakrifkan pada
kompilasi oleh MAXKMERLENGTH K-mers yang lebih besar menggunakan lebih banyak memori.

Input

-p leftSequenceFile rightSequenceFile [averageOuterDistance standardDeviation]

Menyediakan dua fail yang mengandungi bacaan akhir berpasangan. purataOuterDistance dan
standardDeviation dikira secara automatik jika tidak disediakan.

-i interleavedSequenceFile [averageOuterDistance standardDeviation]

Menyediakan satu fail yang mengandungi bacaan berganding-hujung berjalin. purataOuterDistance
dan sisihan piawai dikira secara automatik jika tidak disediakan.

-s sequenceFile

Menyediakan fail yang mengandungi bacaan satu hujung.

Output

-o outputDirektori

Menentukan direktori untuk fail yang dikeluarkan. Lalai ialah RayOutput

Pilihan pemasangan (lalai berfungsi dengan baik)

-lumpuhkan-kitar semula

Melumpuhkan kitar semula bacaan semasa bacaan pemasangan akan dibebaskan dalam 3 kes: 1.
jarak tidak sepadan untuk sepasang 2. yang dibaca belum bertemu pasangannya 3. yang
populasi perpustakaan menunjukkan peletakan yang salah lihat Kekangan lintasan ulangan
dengan urutan berpasangan. Sebastien Boisvert, Elenie Godzaridis, Francois Laviolette
& Jacques Corbeil. Bengkel Satelit RECOMB Tahunan Pertama mengenai Selari Secara Besar-besaran
Sequencing, 26-27 Mac 2011, Vancouver, BC, Kanada.

-lumpuhkan-perancah

Melumpuhkan perancah.

-panjang-contig-minimum minimumContigLength

Mengubah panjang contig minimum, lalai ialah 100 nukleotida

-ruang-warna

Berjalan dalam ruang warna Memerlukan fail csfasta. Diaktifkan secara automatik jika fail csfasta
disediakan.

-gunakan-penutup-benih-maksimum maksimumSeedCoverageDepth

Abaikan mana-mana benih dengan kedalaman liputan di atas ambang ini. Lalainya ialah
4294967295.

-gunakan-minimum-seed-liputan minimumSeedCoverageDepth

Menetapkan kedalaman litupan benih minimum. Mana-mana laluan dengan kedalaman liputan lebih rendah daripada
ini akan dibuang. Lalai ialah 0.

Enjin storan teragih (semua nilai ini adalah untuk setiap pangkat MPI)

-bit-penapis mekar bit

Menetapkan bilangan bit untuk penapis Bloom Lalai ialah 268435456 bit, 0 bit
melumpuhkan penapis Bloom.

-hash-table-baldi Baldi

Menetapkan bilangan awal baldi. Mesti kuasa 2! Nilai asal:
268435456

-hash-table-baldi-setiap-kumpulan Baldi

Menetapkan bilangan baldi setiap kumpulan untuk storan jarang Nilai lalai: 64, Mestilah
antara >=1 dan <= 64

-hash-table-load-factor-threshold ambang

Menetapkan ambang faktor beban untuk saiz semula masa nyata Nilai lalai: 0.75, mestilah
>= 0.5 dan < 1

-hash-table-verbosity

Mengaktifkan verbositi untuk enjin storan teragih

Kelimpahan biologi

-search carianDirektori

Menyediakan direktori yang mengandungi fail fasta untuk dicari dalam graf de Bruijn.
Kelimpahan biologi akan ditulis kepada RayOutput/BiologicalAbundances See
Dokumentasi/BiologicalAbundances.txt

-satu-warna-setiap-fail

Menetapkan satu warna bagi setiap fail dan bukannya satu warna bagi setiap jujukan. Secara lalai, setiap urutan masuk
setiap fail mempunyai warna yang berbeza. Untuk fail dengan bilangan jujukan yang banyak, gunakan
satu warna bagi setiap fail mungkin lebih cekap.

Pemprofilan taksonomi dengan graf de Bruijn berwarna

-dengan-taksonomi Genome-to-Taxon.tsv TreeOfLife-Edges.tsv Taxon-Names.tsv

Menyediakan taksonomi. Mengira dan menulis profil taksonomi terperinci. Lihat
Dokumentasi/Taksonomi.txt untuk butiran.

-gen-ontologi OntologyTerms.txt
Anotasi.txt

Menyediakan ontologi dan anotasi. OntologyTerms.txt diambil daripada
http://geneontology.org Annotations.txt ialah fail 2 lajur (EMBL_CDS pemegang &
pengecam ontologi gen) Lihat Dokumentasi/GeneOntology.txt

Keluaran lain

-membolehkan-kejiranan

Mengira kejiranan contig dalam fail Output graf de Bruijn:
RayOutput/NeighbourhoodRelations.txt

-amos

Menulis fail AMOS yang dipanggil RayOutput/AMOS.afg Fail AMOS mengandungi kedudukan baca
pada contigs. Boleh dibuka dengan perisian dengan antara muka pengguna grafik.

-tulis-kmers

Menulis graf k-mer kepada RayOutput/kmers.txt Fail yang terhasil tidak digunakan oleh
Ray. Fail yang terhasil sangat besar.

-tulis-baca-penanda

Menulis penanda baca ke cakera.

-tulis-benih

Menulis urutan DNA benih kepada RayOutput/Rank .RaySeeds.fasta

-tulis-sambungan

Menulis urutan DNA sambungan kepada RayOutput/Rank .RayExtensions.fasta

-tulis-contig-paths

Menulis laluan contig dengan nilai liputan ke RayOutput/Rank .RayContigPaths.txt

-tulis-penanda-ringkasan

Menulis statistik penanda.

Penggunaan memori

-tunjuk-memori-penggunaan

Menunjukkan penggunaan memori. Data diambil daripada / proc pada GNU/Linux Memerlukan __linux__

-tunjuk-memori-peruntukan

Menunjukkan peristiwa peruntukan memori

Algoritma verbositi

-tunjuk-lanjutan-pilihan

Menunjukkan pilihan yang dibuat (dengan pilihan lain) semasa sambungan.

-konteks-penamat-tunjuk

Menunjukkan konteks penamat bagi setiap sambungan. Menunjukkan kanak-kanak bucu di mana
sambungan terlalu sukar.

-tunjukkan-jarak-ringkasan

Menunjukkan ringkasan jarak luar yang digunakan untuk laluan sambungan.

-tunjuk-konsensus

Menunjukkan konsensus apabila pilihan dilakukan.

Checkpointing

-tulis-titik semak checkpointDirektori

Tulis fail pusat pemeriksaan

-baca-tempat pemeriksaan checkpointDirektori

Baca fail pusat pemeriksaan

-baca-tulis-titik semak checkpointDirektori

Baca dan tulis fail pusat pemeriksaan

Penghalaan mesej untuk sejumlah besar teras

-laluan-mesej

Mendayakan penghala mesej Ray. Dilumpuhkan secara lalai. Mesej akan dihalakan
sewajarnya supaya mana-mana pangkat boleh berhubung terus dengan beberapa orang lain sahaja.
Tanpa -laluan-mesej, mana-mana pangkat boleh berhubung terus dengan mana-mana pangkat lain.
Fail yang dijana: Routing/Connections.txt, Routing/Routes.txt dan
Routing/RelayEvents.txt dan Routing/Summary.txt

-jenis sambungan jenis

Menetapkan jenis sambungan untuk laluan. Nilai yang diterima ialah debruijn, hypercube,
polytope, kumpulan, rawak, kautz dan lengkap. Lalai ialah debruijn.

debruijn: graf de Bruijn penuh abjad dan diameter hiperkubus yang diberikan: a
hypercube, abjad ialah {0,1} dan bucu ialah kuasa 2 politop: cembung
politop biasa, abjad ialah {0,1,...,B-1} dan bucu ialah kuasa kumpulan B:
model bodoh di mana seorang wakil setiap kumpulan boleh berkomunikasi dengan orang luar
rawak: Erdos-Renyi model kautz: graf de Kautz penuh, yang merupakan subgraf de
Graf Bruijn lengkap: graf penuh dengan semua kemungkinan sambungan

Dengan jenis debruijn, bilangan pangkat mestilah kuasa sesuatu.
Contoh: 256 = 16*16, 512=8*8*8, 49=7*7, dan seterusnya. Jika tidak, jangan gunakan debruijn
routing tapi guna satu lagi Dengan jenis kautz, bilangan pangkat n mestilah
n=(k+1)*k^(d-1) untuk beberapa k dan d

-peralihan-graf-darjah ijazah

Menentukan darjah keluar untuk graf penghalaan. Lihat Documentation/Routing.txt

Ujian perkakasan

-ujian-rangkaian-sahaja

Menguji rangkaian dan kembali.

-tulis-rangkaian-uji-data-mentah

Menulis satu fail tambahan setiap pangkat yang memperincikan ujian rangkaian.

-pertukaran NumberOfExchanges

Menetapkan bilangan pertukaran

-lumpuhkan-rangkaian-ujian

Melangkau ujian rangkaian.

Debugging

-sahkan-mesej-integriti

Menyemak kebolehpercayaan data mesej untuk sebarang mesej yang tidak kosong. tambah '-D CONFIG_SSE_4_2'
dalam Makefile untuk menggunakan arahan perkakasan (SSE 4.2)

-run-profiler

Menjalankan profiler semasa kod berjalan. Secara lalai, hanya tunjukkan amaran butiran.
Menjalankan profiler meningkatkan masa berjalan.

-dengan-perincian-profil

Menunjukkan bilangan mesej yang dihantar dan diterima dalam setiap kaedah semasa dalam setiap masa
hirisan (zaman). Keperluan -run-profiler.

-tunjuk-acara-komunikasi

Menunjukkan semua mesej yang dihantar dan diterima.

-tunjuk-baca-peletakan

Menunjukkan peletakan baca dalam graf semasa sambungan.

-debug-buih

Nyahpepijat kod gelembung. Buih boleh disebabkan oleh tapak heterozigot atau ralat penjujukan
atau peristiwa lain (tidak diketahui).

-debug-benih

Nyahpepijat kod benih. Benih ialah laluan dalam graf yang berkemungkinan unik.

-debug-fusions

Nyahpepijat kod gabungan.

-debug-scaffolder

Nyahpepijat perancah.

FILES

Fail input

Nota: format fail ditentukan dengan sambungan fail.

.fasta .fasta.gz (memerlukan HAVE_LIBZ=y semasa kompilasi) .fasta.bz2 (memerlukan HAVE_LIBBZ2=y
pada penyusunan) .fastq .fastq.gz (perlu HAVE_LIBZ=y pada penyusunan) .fastq.bz2
(memerlukan HAVE_LIBBZ2=y pada kompilasi) .sff (bacaan berpasangan mesti diekstrak secara manual)
.csfasta (bacaan ruang warna)

Fail yang dikeluarkan

Perancah

RayOutput/Scaffolds.fasta

Urutan perancah dalam format FASTA

RayOutput/ScaffoldComponents.txt

Komponen setiap perancah

RayOutput/ScaffoldLengths.txt

Panjang setiap perancah

RayOutput/ScaffoldLinks.txt

Pautan perancah

Contigs

RayOutput/Contigs.fasta

Urutan bersambung dalam format FASTA

RayOutput/ContigLengths.txt

Panjang jujukan bersebelahan

Ringkasan

RayOutput/OutputNumbers.txt

Jumlah keseluruhan untuk perhimpunan

graf de Bruijn

RayOutput/CoverageDistribution.txt

Pengagihan nilai liputan

RayOutput/CoverageDistributionAnalysis.txt

Analisis pengagihan liputan

RayOutput/degreeDistribution.txt

Pengagihan darjah masuk dan keluar

RayOutput/kmers.txt

graf k-mer, pilihan yang diperlukan: -tulis-kmers

Fail yang terhasil tidak digunakan oleh Ray. Fail yang terhasil sangat besar.

Langkah pemasangan

RayOutput/SeedLengthDistribution.txt

Taburan panjang benih

RayOutput/Pangkat .OptimalReadMarkers.txt

Baca penanda.

RayOutput/Pangkat .RaySeeds.fasta

Urutan DNA benih, pilihan yang diperlukan: -tulis-benih

RayOutput/Pangkat .RayExtensions.fasta

Urutan DNA lanjutan, pilihan yang diperlukan: -tulis-sambungan

RayOutput/Pangkat .RayContigPaths.txt

Laluan contig dengan nilai liputan, pilihan yang diperlukan: -tulis-contig-paths

Bacaan berpasangan

RayOutput/LibraryStatistics.txt

Anggaran jarak luar untuk bacaan berpasangan

RayOutput/Perpustakaan .txt

Kekerapan untuk jarak luar yang diperhatikan (saiz sisipan + panjang baca)

Partition

RayOutput/NumberOfSequences.txt

Bilangan bacaan dalam setiap fail

RayOutput/SequencePartition.txt

Pembahagian urutan

perisian Ray

RayOutput/RayVersion.txt

Versi Ray

RayOutput/RayCommand.txt

Perintah yang sama yang diberikan

AMOS

RayOutput/AMOS.afg

Perwakilan perhimpunan dalam format AMOS, pilihan yang diperlukan: -amos

Komunikasi

RayOutput/MessagePassingInterface.txt

Bilangan mesej yang dihantar

RayOutput/NetworkTest.txt

Latensi dalam mikrosaat

RayOutput/Pangkat NetworkTestData.txt

Data mentah ujian rangkaian

DOKUMENTASI

- mpiexec -n 1 Ray -membantu|less (sentiasa terkini) - Halaman bantuan ini (sentiasa
terkini) - Direktori Dokumentasi/ - Manual (Format Dokumen Mudah Alih):
InstructionManual.tex (dalam Dokumentasi) - Arkib senarai mel:
http://sourceforge.net/mailarchive/forum.php?forum_name=denovoassembler-users

AUTHOR

Ditulis oleh Sebastien Boisvert.

MELAPORKAN PEPIJAT

Laporkan pepijat kepada [e-mel dilindungi] Laman utama:
<http://denovoassembler.sourceforge.net/>

HAKCIPTA

Program ini adalah perisian percuma: anda boleh mengedarkannya semula dan/atau mengubah suainya di bawah
syarat-syarat Lesen Awam Umum GNU seperti yang diterbitkan oleh Perisian Percuma
Yayasan, versi 3 Lesen.

Program ini diedarkan dengan harapan ianya bermanfaat, tetapi TANPA SEBARANG
WARANTI; tanpa jaminan tersirat KEBOLEHPERDAGANGAN atau KESESUAIAN UNTUK A
TUJUAN TERTENTU. Lihat Lesen Awam Am GNU untuk butiran lanjut.

Anda telah menerima salinan Lesen Awam Am GNU bersama-sama dengan program ini
(lihat LESEN).

Sinar 2.1.0

Lesen untuk Ray: GNU General Public License versi 3 Versi RayPlatform: 1.1.0 License
untuk RayPlatform: GNU Lesser General Public License versi 3

MAXKMERLENGTH: 32 KMER_U64_ARRAY_SIZE: 1 Kedalaman liputan maksimum disimpan mengikut CoverageDepth:
4294967295 MAXIMUM_MESSAGE_SIZE_IN_BYTES: 4000 byte FORCE_PACKING = n ASSERT = n
HAVE_LIBZ = y HAVE_LIBBZ2 = y CONFIG_PROFILER_COLLECT = n CONFIG_CLOCK_GETTIME = n
__linux__ = y _MSC_VER = n __GNUC__ = y RAY_32_BITS = n RAY_64_BITS = y standard MPI
versi: Pustaka MPI 2.1 MPI: Open-MPI 1.4.2 Compiler: GNU gcc/g++ 4.4.5

Gunakan Ray dalam talian menggunakan perkhidmatan onworks.net