Ini ialah arahan readseq yang boleh dijalankan dalam penyedia pengehosan percuma OnWorks menggunakan salah satu daripada berbilang stesen kerja dalam talian percuma kami seperti Ubuntu Online, Fedora Online, emulator dalam talian Windows atau emulator dalam talian MAC OS.
JADUAL:
NAMA
readseq - Membaca dan menulis urutan nukleik/protein dalam pelbagai format
SINOPSIS
readseq [-pilihan] dalam.seq > keluar.seq
DESCRIPTION
Halaman manual ini mendokumentasikan secara ringkas readseq perintah. Halaman manual ini ditulis untuk
pengedaran Debian GNU/Linux kerana program asal tidak mempunyai manual
muka surat. Sebaliknya, ia mempunyai dokumentasi dalam bentuk teks, lihat di bawah.
readseq membaca dan menulis biojujukan (nukleik/protein) dalam pelbagai format. Fail data
mungkin mempunyai beberapa urutan. readseq amat berguna kerana ia mengesan secara automatik
banyak format jujukan, dan saling tukar antaranya.
FORMATS
Format yang readseq faham pada masa ini:
* IG/Stanford, digunakan oleh Intelligenetics dan lain-lain
* GenBank/GB, format fail rata genbank
* Format NBRF
* EMBL, format fail rata EMBL
* GCG, format urutan tunggal perisian GCG
* DNAStrider, untuk program Mac biasa
* Format Fitch, penggunaan terhad
* Pearson/Fasta, format biasa yang digunakan oleh program Fasta dan lain-lain
* Format Zuker, penggunaan terhad. Input sahaja.
* Olsen, format dicetak oleh editor jujukan Olsen VMS. Input sahaja.
* Phylip3.2, format berjujukan untuk program Phylip
* Phylip, format berjalin untuk program Phylip (v3.3, v3.4)
* Data biasa/Mentah, urutan sahaja (tiada nama, dokumen, penomboran)
+ Format jujukan berbilang MSF yang digunakan oleh perisian GCG
+ Format urutan berbilang (NEXUS) PAUP
+ Format PIR/CODATA yang digunakan oleh PIR
+ Format ASN.1 yang digunakan oleh NCBI
+ Cetakan cantik dengan pelbagai pilihan untuk keluaran yang kelihatan cantik. Output sahaja.
+ Format LinAll, penggunaan terhad (program LinAll dan ConStruct)
+ Format Vienna yang digunakan oleh program ViennaRNA
Lihat fail "Format" yang disertakan untuk butiran tentang format fail.
PILIHAN
-membantu Tunjukkan ringkasan pilihan.
-semua] Pilih Semua urutan
-c[turunkan]
Tukar kepada huruf kecil
-C[ASEUPPER]
Tukar kepada HURUF ATAS
-degap[=-]
Alih keluar simbol jurang
-i[tem=2,3,4]
Pilih Nombor item daripada beberapa
-l[ist]
Senaraikan urutan sahaja
-o[utput=]out.seq
Ubah hala Output
-p[ipe]
Paip (baris arahan, stdout)
-r[sebalik]
Tukar kepada Reverse-complement
-v[erbose]
Kemajuan bertele-tele
-f[ormat=]# format nombor khususnya pengeluaran, or
-f[ormat=]Nama Format nama untuk output:
1. IG/Stanford 11. Phylip3.2
2. GenBank/GB 12. Phylip
3. NBRF 13. Biasa/Mentah
4. EMBL 14. PIR/CODATA
5. GCG 15. MSF
6. DNAStrider 16. ASN.1
7. Fitch 17. PAUP/NEXUS
8. Pearson/Fasta 18. Cantik (luar sahaja)
9. Zuker (dalam-sahaja) 19. LinAll
10. Olsen (dalam-sahaja) 20. Vienna
Pilihan format yang cantik:
-wid[th]=#
Lebar baris jujukan
-tab=# Inden kiri
-col[space]=#
Ruang lajur dalam baris jujukan pada output
-jurang[bilangan]
Kira aksara jurang dalam nombor jujukan
-nameleft, -hak nama[=#]
Nama di sebelah kiri/kanan [=lebar maksimum]
-atas nama
Nama di atas/bawah
-nombor kiri, -numright
Indeks Seq di sebelah kiri/kanan
-numtop, -numbot
Indeks di atas/bawah
-perlawanan[=.]
Gunakan asas perlawanan untuk 2..n spesies
-antara[line=#]
Garis kosong antara blok jujukan
CONTOH
readseq
-- untuk kegunaan interaktif
readseq my.1st.seq my.2nd.seq -semua -format=genbank -output=my.gb
-- tukar kesemua dua fail input kepada satu fail output format genbank
readseq my.seq -all -form=cantik -nameleft=3 -numleft -numright -numtop -match
-- output kepada output standard fail dalam format yang cantik
readseq my.seq -item=9,8,3,2 -degap -CASE -rev -f=msf -out=my.rev
-- pilih 4 item daripada input, degap, songsang dan huruf besarnya
kucing *.seq | readseq -pipe -all -format=asn > bunch-of.asn
-- paipkan sekumpulan data melalui readseq, menukar semua kepada asn
Gunakan readseq dalam talian menggunakan perkhidmatan onworks.net
