Ini ialah arahan sim4db yang boleh dijalankan dalam penyedia pengehosan percuma OnWorks menggunakan salah satu daripada berbilang stesen kerja dalam talian percuma kami seperti Ubuntu Online, Fedora Online, emulator dalam talian Windows atau emulator dalam talian MAC OS.
JADUAL:
NAMA
sim4db - penjajaran bersambung kelompok jujukan cDNA kepada genom sasaran
SINOPSIS
Seruan baris arahan mudah:
sim4db -genomic g.fasta -cdna c.fasta -scr script -output o.sim4db
di mana:
- 'c.fasta' dan 'g.fasta' ialah cDNA berbilang fasta dan fail jujukan genom
- 'skrip' ialah fail skrip yang menunjukkan penjajaran individu untuk dikira
- output dalam format sim4db akan dihantar ke fail 'o.sim4db' ('-' untuk output standard)
Doa yang lebih kompleks:
sim4db -genomic g.fasta -cdna c.fasta -output o.sim4db [pilihan]
DESCRIPTION
sim4db melakukan penjajaran kelompok pantas set jujukan cDNA (EST, mRNA) besar kepada satu set
kawasan genom eukariotik. Ia menggunakan algoritma sim4 dan sim4cc untuk menentukan
penjajaran, tetapi menggabungkan mekanisme pengindeksan dan pengambilan jujukan pantas, dilaksanakan
dalam bungkusan kakak daun(1), untuk memproses jujukan dalam jumlah besar dengan cepat.
Manakala sim4db menghasilkan penjajaran dengan cara yang sama seperti sim4 atau sim4cc, ia mempunyai tambahan
ciri untuk menjadikannya lebih sesuai untuk digunakan dengan saluran paip anotasi genom keseluruhan. Skrip
fail boleh digunakan untuk mengumpulkan pasangan antara cDNA dan kawasan genomik yang sepadan,
untuk diselaraskan sebagai satu larian dan menggunakan set parameter yang sama. Sim4db juga secara pilihan
melaporkan lebih daripada satu penjajaran untuk cDNA yang sama dalam rantau genomik, selagi ia
memenuhi kriteria yang ditentukan pengguna seperti panjang minimum, identiti jujukan peratusan atau
liputan. Ciri ini penting dalam mencari semua penjajaran keluarga gen pada satu
lokus. Akhir sekali, output dibentangkan sama ada sebagai penjajaran sim4db tersuai atau sebagai gen GFF3
ciri-ciri.
PILIHAN
Pilihan yang menonjol:
-cdna gunakan urutan cDNA ini (fail berbilang fasta)
-genomik menggunakan jujukan genomik ini (fail berbilang fasta)
-skrip gunakan fail skrip ini
-berpasangan secara berurutan menjajarkan pasangan urutan
Jika tiada pilihan '-script' dan '-pairwise'
ditentukan, sim4db melakukan semua-terhadap-semua
penjajaran antara pasangan cDNA dan urutan genomik.
-output tulis output ke fail ini
Output laporan -gff3 dalam format GFF3
-interspesies menggunakan sim4cc untuk penjajaran antara spesies (sim4 lalai)
Pilihan penapis:
-mincovery secara berulang mencari semua model exon dengan yang ditentukan
PERCENT LIPUTAN minimum
-minidentity secara berulang mencari semua model exon dengan yang ditentukan
minimum PERCENT EXON IDENTITI
-minlength secara berulang mencari semua model exon dengan yang ditentukan
LIPUTAN MUTLAK minimum (bilangan bp dipadankan)
(lalai 0)
-sentiasa melaporkan sentiasa melaporkan model exon, walaupun mereka
berada di bawah ambang kualiti
Jika tiada liputan kecil atau minidentity atau panjang min diberikan, sahaja
model exon terbaik dikembalikan. Ini ialah operasi LALAI.
Anda mungkin ingin menyatakan KEtiga-tiga liputan kecil,
minidentity dan minlength! Jangan anggap nilai lalai
adalah apa yang anda mahu!
Anda PASTI ingin menentukan sekurang-kurangnya satu liputan kecil,
minidentity dan minlength dengan alwaysreport! jika anda tidak,
liputan kecil akan ditetapkan kepada 90 dan minidentiti kepada 95 -- untuk mengurangkan
bilangan padanan palsu apabila padanan yang baik ditemui.
Pilihan tambahan:
-nodeflines tidak termasuk defline dalam output sim4db
-penjajaran mencetak penjajaran
-poliekor JANGAN menutupi ekor poli-A dan poli-T
-potong ekson marginal jika A/T % > x (ekor poli-AT)
-bukan kanonik tidak memaksa tapak sambatan kanonik
-model splice menggunakan model splice berikut: 0 - sim4 asal;
1 - GeneSplicer; 2 - Kilauan; pilihan 1 dan 2 ialah
hanya tersedia dengan '-interspesies'.
Lalai untuk sim4 ialah 0, dan untuk sim4cc ialah 1.
-forcestrand Paksa ramalan helai sentiasa
satu daripada 'ke hadapan' atau 'terbalik'
Pilihan pelaksanaan:
-benang Gunakan n benang.
-sentuh buat fail ini apabila program selesai dilaksanakan
Pilihan nyahpepijat:
-v cetak status ke stderr semasa berjalan
-V cetak baris skrip (stderr) semasa ia sedang diproses
Pilihan pembangun:
-Z menetapkan corak biji jarak
-H menetapkan faktor berat pautan semula (H=1000 disyorkan untuk mRNA)
-K menetapkan ambang MSP pertama
-C tetapkan ambang MSP kedua
-Ma tetapkan had bilangan MSP yang dibenarkan
-Mp sama, sebagai peratusan asas dalam cDNA
NOTA: Jika digunakan, kedua-dua -Ma dan -Mp mesti dinyatakan!
Gunakan sim4db dalam talian menggunakan perkhidmatan onworks.net
