Ini ialah arahan sirnae yang boleh dijalankan dalam penyedia pengehosan percuma OnWorks menggunakan salah satu daripada berbilang stesen kerja dalam talian percuma kami seperti Ubuntu Online, Fedora Online, emulator dalam talian Windows atau emulator dalam talian MAC OS.
JADUAL:
NAMA
sirna - Mencari dupleks siRNA dalam mRNA
SINOPSIS
tuan -urutan seqall [-poiii boolean] [-aa boolean] [-tt boolean] [-polybase boolean]
-fail luar melaporkan -outseq seqoutall [-konteks boolean]
tuan -membantu
DESCRIPTION
tuan ialah program baris arahan daripada EMBOSS (“Perisian Terbuka Biologi Molekul Eropah
Suite”). Ia adalah sebahagian daripada arahan "Nukleik:Tapak Fungsian,Nukleik:struktur 2D".
kumpulan (s).
PILIHAN
Input seksyen
-urutan seqall
Urutan input pilihan
-poiii boolean
Pilihan ini membolehkan anda memilih hanya 21 kuar asas yang bermula dengan purin dan
jadi boleh dinyatakan daripada vektor ekspresi Pol III. Ini adalah NARN(17)Corak YNN
yang telah dicadangkan oleh Tuschl et al. Nilai lalai: N
-aa boolean
Pilihan ini membolehkan anda memilih hanya 23 kawasan asas yang bermula dengan AA. Jika
pilihan ini tidak dipilih maka wilayah yang bermula dengan AA akan digemari dengan memberi
mereka mendapat markah yang lebih tinggi, tetapi kawasan yang tidak bermula dengan AA juga akan dilaporkan.
Nilai lalai: N
-tt boolean
Pilihan ini membolehkan anda memilih hanya 23 kawasan asas yang berakhir dengan TT. Jika ini
pilihan tidak dipilih maka wilayah yang berakhir dengan TT akan digemari dengan memberi mereka a
skor yang lebih tinggi, tetapi kawasan yang tidak berakhir dengan TT juga akan dilaporkan. lalai
nilai: N
-polybase boolean
Jika pilihan ini SALAH maka hanya 23 kawasan asas yang tidak mempunyai ulangan 4 atau
lebih banyak pangkalan berturut-turut akan dilaporkan. Tiada wilayah akan dilaporkan sedemikian
mempunyai 4 atau lebih G berturut-turut. Nilai lalai: Y
Output seksyen
-fail luar melaporkan
Output ialah jadual bahagian hadapan dan belakang bagi dupleks siRNA 21 asas.
Kedua-dua urutan hadapan dan belakang ditulis 5' hingga 3', sedia untuk dipesan. The
dua pangkalan terakhir telah digantikan dengan 'dTdT'. Kedudukan permulaan pangkalan 23
rantau dan kandungan %GC juga diberikan. Jika anda ingin melihat pangkalan 23 yang lengkap
turutan, kemudian sama ada melihat jujukan dalam fail output yang lain, atau gunakan
kelayakan '-context' yang akan memaparkan 23 asas urutan hadapan dalam ini
laporkan dengan dua pangkalan pertama dalam kurungan. Dua asas pertama ini tidak membentuk sebahagian daripada
probe siRNA yang akan dipesan.
-outseq seqoutall
Ini ialah fail urutan 23 kawasan asas yang siRNA dipilih
daripada. Anda boleh menggunakannya untuk melakukan carian pangkalan data mRNA (cth REFSEQ) untuk mengesahkannya
kuar adalah unik kepada gen yang anda ingin gunakan padanya.
-konteks boolean
Fail laporan keluaran memberikan jujukan 21 kawasan siRNA asas yang sedia
mengarahkan. Ini tidak memberi anda petunjuk tentang 2 pangkalan sebelum 21 pangkalan. Ia
selalunya menarik untuk melihat mana antara kawasan probe yang dicadangkan mempunyai 'AA'
di hadapan mereka (iaitu berguna untuk melihat mana antara 23 kawasan asas bermula dengan
'AA'). Pilihan ini memaparkan keseluruhan 23 pangkalan rantau dengan dua pangkalan pertama
dalam kurungan, cth '(AA)' untuk memberi anda beberapa konteks untuk kawasan siasatan. KAMU TAK SEPATUTNYA
SERTAKAN DUA BASE DALAM KURUNG APABILA ANDA MEMBUAT PESANAN UNTUK PROB. lalai
nilai: N
Gunakan sirnae dalam talian menggunakan perkhidmatan onworks.net
