Ini ialah arahan snp-sites yang boleh dijalankan dalam penyedia pengehosan percuma OnWorks menggunakan salah satu daripada berbilang stesen kerja dalam talian percuma kami seperti Ubuntu Online, Fedora Online, emulator dalam talian Windows atau emulator dalam talian MAC OS.
JADUAL:
NAMA
snp-sites - mencari tapak snp daripada fail penjajaran berbilang fasta
SINOPSIS
snp_sites [-mvph] [-o output_filename] [input file]
DESCRIPTION
Aplikasi ini mengambil penjajaran berbilang fasta, mencari semua tapak SNP, kemudian mengeluarkannya
tapak SNP dalam salah satu daripada format berikut:
penjajaran berbilang fasta, VCF, format philip santai.
PILIHAN
-m
Keluarkan fail penjajaran berbilang fasta (lalai)
-v
Keluarkan fail VCF
-p
Keluarkan fail philip
-o
Tentukan nama fail output
-h
Dokumen ini
-V
Tunjukkan versi dan keluar
CONTOH
snp-sites my-alignment.aln
snp-sites my-gzipped-alignment.aln.gz
FORMAT OF THE INPUT FAIL
Fail input sepatutnya kelihatan seperti ini:
>urutan_rujukan
aaccggtt
>jujukan_perbandingan
AACCGGTT
>urutan_perbandingan_lain
AACCGCTT
Untuk lebih banyak contoh, lawati:
https://github.com/sanger-pathogens/snp_sites/tree/master/tests/data
Gunakan snp-sites dalam talian menggunakan perkhidmatan onworks.net
