Ini ialah arahan snp_store yang boleh dijalankan dalam penyedia pengehosan percuma OnWorks menggunakan salah satu daripada berbilang stesen kerja dalam talian percuma kami seperti Ubuntu Online, Fedora Online, emulator dalam talian Windows atau emulator dalam talian MAC OS
JADUAL:
NAMA
snp_store - SnpStore
SINOPSIS
snp_store [PILIHAN] "FAIL GENOME" "FAIL BACA DIPETAKAN"
DESCRIPTION
Panggilan SNP dan Indel dalam Data Baca Dipetakan.
-h, - membantu
Memaparkan mesej bantuan ini.
--versi
Paparkan maklumat versi
Pilihan::
-o, --pengeluaran FAIL
Fail output untuk SNP (mesti ditetapkan, tiada pembinaan lalai).
-jika, --format-input NUM
Tetapkan format input: 0 untuk format GFF dan 1 untuk format SAM (kedua-duanya mesti diisih
mengikut kedudukan genom). Lalai: 0.
-daripada, --format-output NUM
Tetapkan format output: 0 untuk mengeluarkan semua calon snps amd 1 kepada output yang berjaya
snps calon sahaja. Lalai: 0.
-dc, --jangan-klip
Abaikan tag klip dalam gff. Lalai: mati.
-mu, --berbilang
Simpan fragmentStore.alignedReadStore yang bukan unik. Lalai: mati.
-hq, --sorok-kualiti
Hanya tunjukkan liputan (tiada kualiti) dalam fail output SNP. Lalai: mati.
-sqo, --solexa-qual-offset
Kualiti asas dikodkan sebagai nilai Ascii - 64 (bukannya Ascii - 33).
-ID, --indel-file FAIL
Fail output untuk dipanggil indels dalam format gff. Lalai: mati.
-m, --kaedah NUM
Tetapkan kaedah yang digunakan untuk panggilan SNP: 0 untuk kaedah ambang dan 1 untuk kaedah maq.
Lalai: 1.
-mp, --max-pile NUM
Bilangan maksimum padanan yang dibenarkan untuk bertimbun pada kedudukan genom yang sama.
-mmp, --cantum-max-pile
Lakukan pembetulan timbunan pada lorong bercantum. Lalai: mati.
-mc, --liputan min NUM
Bilangan bacaan yang diperlukan minimum meliputi kedudukan calon.
-fc, --paksa-panggilan NUM
Sentiasa panggil pangkalan jika kiraan ialah >= fc, abaikan parameter lain. Lalai: mati. Dalam
julat [1..inf].
-oa, --orientasi-sedar
Bezakan antara bacaan hadapan dan belakang. Lalai: mati.
-mpr, --max-polimer-run NUM
Buang indel dalam homopolimer berjalan lebih lama daripada mpr.
-dp, --diff-pos NUM
Bilangan minimum kedudukan bacaan berbeza yang menyokong mutasi.
-eb, --kecualikan-sempadan NUM
Kecualikan kedudukan baca dalam pasangan asas eb sempadan baca untuk panggilan SNV.
-su, --suboptimum
Kekalkan bacaan suboptimum.
-semula, --selaraskan semula
Selaraskan semula bacaan di sekitar calon indel.
-pws, --parse-saiz tetingkap NUM
Saiz tetingkap genomik untuk menghurai bacaan (mengenai penggunaan memori, pilih yang lebih kecil
tingkap untuk liputan yang lebih tinggi). Dalam julat [1..100000].
Pilihan panggilan SNP: :
Kaedah ambang berkaitan: :
-mm, --mutasi min NUM
Bilangan minimum mutasi yang diperhatikan untuk dipanggil mutasi.
-pt, --perc-ambang NUM
Peratusan minimum asas mutasi untuk mutasi dipanggil.
-mq, --kualiti min NUM
Kualiti purata minimum asas mutasi untuk dipanggil mutasi.
Kaedah maq berkaitan: :
-th, --theta NUM
Pekali kebergantungan.
-hr, --kadar-hetero NUM
Kadar heterozigot.
-mmq, --kualiti-min-peta NUM
Kualiti panggilan asas (pemetaan) minimum untuk perlawanan yang perlu dipertimbangkan.
-ch, --dibetulkan-het
Gunakan taburan pembetulan bias amplifikasi untuk heterozigot. Lalai: mati.
-maf, --min-alleleFreq NUM
Purata kekerapan alel ref dalam heterozigot.
-ac, --amp-kitaran NUM
Bilangan kitaran amplifikasi.
-ae, --amp-kecekapan NUM
Kecekapan polimerase, kebarangkalian penguatan.
-in, --inisial-N NUM
Saiz populasi alel awal.
-mec, --min-dijelaskan-lajur NUM
Pecahan minimum bacaan lajur penjajaran dijelaskan oleh panggilan genotip.
Pilihan panggilan Indel: :
-kita, --indel-ambang NUM
Bilangan minimum bacaan sokongan indel diperlukan untuk panggilan indel.
-ipt, --indel-perc-ambang NUM
Nisbah minimum bacaan sokongan/penutup indel untuk dipanggil indel.
-iqt, --kualiti-indel-thresh NUM
Kualiti purata minimum bagi asas yang disisipkan/pemadaman-jiran untuk menjadi indel
dipanggil.
-bsi, --kedua-dua helai-indel
Kedua-dua helai perlu diperhatikan untuk indel dipanggil. Lalai: mati.
-ebi, --exclude-border-indel NUM
Sama seperti pilihan -eb tetapi untuk calon indel.
Pilihan lain: :
-lf, --fail log FAIL
Tulis fail log ke FILE.
-v, --verbose
Dayakan output verbose.
-vv, --sangat-verbose
Dayakan output yang sangat terperinci.
-q, --senyap
Tetapkan verbositi pada tahap minimum.
VERSION
Versi snp_store: 1.0.1 Kemas kini terakhir pada 14 Mac 2013
Gunakan snp_store dalam talian menggunakan perkhidmatan onworks.net
