Ini ialah sumtrees arahan yang boleh dijalankan dalam penyedia pengehosan percuma OnWorks menggunakan salah satu daripada berbilang stesen kerja dalam talian percuma kami seperti Ubuntu Online, Fedora Online, emulator dalam talian Windows atau emulator dalam talian MAC OS.
JADUAL:
NAMA
sumtrees - Rumusan dan Anotasi Pokok Filogenetik
SINOPSIS
pokok pokok [-i FORMAT] [-b BURNIN] [--force-root] [--force-unroot]
DESCRIPTION
SumTrees ialah program untuk meringkaskan tali but bukan parameter atau belakang Bayesian
sokongan kebarangkalian untuk belahan atau klad pada pokok filogenetik.
Asas penilaian sokongan biasanya diberikan oleh satu set bukan parametrik
bootstrap mereplikasi sampel pokok yang dihasilkan oleh program seperti GARLI atau RAxML, atau oleh satu set
sampel pokok SKMM yang dihasilkan oleh program seperti Mr. Bayes atau BEAST. Perkadaran daripada
pokok daripada sampel di mana pecahan tertentu ditemui diambil sebagai darjah
sokongan untuk perpecahan itu seperti yang ditunjukkan oleh sampel. Sampel yang menjadi asas kepada
sokongan boleh diedarkan merentasi berbilang fail, dan pilihan burn-in membolehkan
bilangan awal pokok dalam setiap fail untuk dikecualikan daripada analisis jika tidak
dianggap diambil daripada pengagihan sokongan sebenar.
Ringkasan koleksi pokok, cth, sampel SKMM daripada pengedaran posterior,
replika tali but bukan parametrik, memetakan kebarangkalian posterior, sokongan atau kekerapan
bahawa belahan/klade ditemui dalam set sumber pokok pada pokok sasaran.
PILIHAN
Source Pilihan:
POKOK-FAILPATH
Sumber (s) pokok untuk diringkaskan. Sekurang-kurangnya satu sumber pokok yang sah mestilah
disediakan. Gunakan '-' untuk menentukan bacaan daripada input standard (perhatikan bahawa ini memerlukan
format fail input untuk ditetapkan secara eksplisit menggunakan pilihan '--source-format').
-i FORMAT, --format-input FORMAT, --format-sumber FORMAT
Format semua pepohon input (lalai untuk mengendalikan sama ada NEXUS atau NEWICK melalui
pemeriksaan; adalah lebih cekap untuk menentukan format secara eksplisit jika ia diketahui).
-b BURNIN, --burnin BURNIN
Bilangan pokok untuk dilangkau dari permulaan *setiap* fail pokok semasa mengira
sokongan (lalai: 0).
--berakar kuat, --berakar umbi
Rawat pokok sumber sebagai berakar.
--force-unroot, --tidak berakar
Anggap pokok sumber sebagai tidak berakar.
-v, --ultrametrik-ketepatan, --panjang-cabang-epsilon
Ketepatan untuk digunakan semasa mengesahkan ultrametrik (lalai: 1e-05; nyatakan '0' hingga
lumpuhkan pengesahan).
--pokok berwajaran
Gunakan pemberat pokok (seperti yang ditunjukkan oleh token ulasan '[&W m/n]') untuk menimbang
sumbangan pecahan yang terdapat pada setiap pokok kepada frekuensi pecahan keseluruhan.
--pelihara-garis bawah
Jangan tukar garis bawah yang tidak dilindungi (tidak disebut) kepada ruang semasa membaca
Pokok format NEXUS/NEWICK.
--taxon-name-filepath FILEPATH
Laluan ke fail yang menyenaraikan semua nama atau label takson yang akan ditemui di seluruh
keseluruhan set pokok sumber. Fail ini mestilah fail teks biasa dengan satu fail
senarai nama pada setiap baris. Fail ini hanya dibaca apabila berbilang pemprosesan ('-M' atau '-m')
diminta. Apabila berbilang pemprosesan menggunakan pilihan '-M' atau '-m', semua nama takson
perlu ditakrifkan terlebih dahulu daripada sebarang analisis pokok sebenar. Secara lalai ini dilakukan
dengan membaca pokok pertama dalam sumber pokok pertama dan mengekstrak nama takson.
Paling baik, ini adalah, tidak cekap, kerana ia melibatkan pembacaan luaran pokok. Pada
paling teruk, ini boleh menjadi ralat, jika pokok pertama tidak mengandungi semua taksa.
Memberi nama takson secara jelas melalui pilihan ini boleh mengelakkan isu ini.
Sasaran Tree Topologi Pilihan:
-t FAIL, --target-tree-filepath FAIL
Ringkaskan sokongan dan maklumat lain daripada pokok sumber kepada topologi atau
topologi yang diberikan oleh pokok yang diterangkan dalam FILE. Jika tiada sasaran yang ditentukan penggunaan
topologi diberikan, maka topologi ringkasan akan digunakan sebagai sasaran. Menggunakan
'-s' atau '--summary-target' untuk menentukan jenis pokok ringkasan untuk digunakan.
-s JENIS RINGKASAN, --ringkasan-sasaran JENIS RINGKASAN
Membina dan meringkaskan sokongan dan maklumat lain daripada pokok sumber kepada satu
daripada topologi ringkasan berikut: - 'konsensus'
Pokok muafakat. Kekerapan minimum
ambang klad yang akan disertakan boleh ditentukan menggunakan '-f' atau
Bendera '--min-clade-freq'. Ini ialah DEFAULT jika pokok sasaran yang ditentukan pengguna adalah
tidak diberikan melalui pilihan '-t' atau '--target-tree-filepath'.
- 'mcct'
Pokok kredibiliti clade maksimum. Pokok daripada set sumber yang memaksimumkan
*hasil* kebarangkalian posterior clade.
- 'msct'
Pokok kredibiliti clade maksimum. Pokok daripada set sumber yang memaksimumkan
*hasil* kebarangkalian posterior clade.
Sasaran Tree Tambahan Pilihan:
-f #.##, --min-konsensus-freq #.##, --min-freq #.##, --min-clade-freq #.##
Jika menggunakan strategi ringkasan pokok konsensus, maka ini adalah minimum
kekerapan atau kebarangkalian untuk klad atau pecahan dimasukkan ke dalam hasil
pokok (lalai: > 0.5).
--benarkan-taksa-pokok-sasaran-tidak diketahui
Jangan gagal dengan ralat jika pokok sasaran mempunyai taksa yang tidak ditemui sebelum ini
pokok sumber atau ditakrifkan dalam fail penemuan takson.
Sasaran Tree perakaran Pilihan:
--root-target-at-outgroup TAXON-LABEL
Akar pokok sasaran menggunakan takson yang ditentukan sebagai kumpulan luar.
--sasaran-akar-di-titik tengah
Akar pokok sasaran pada titik tengah.
--set-outgroup TAXON-LABEL
Putar pokok sasaran seperti takson yang ditentukan berada dalam kedudukan kumpulan luar, tetapi
jangan ubah pengakaran pokok sasaran secara eksplisit.
Sasaran Tree The Edge Pilihan:
-e STRATEGI, --set-tepi STRATEGI, --tepi STRATEGI
Tetapkan panjang tepi sasaran atau pokok ringkasan berdasarkan yang ditentukan
ringkasan STRATEGI: - 'panjang min'
Panjang tepi akan ditetapkan kepada min bagi
panjang belahan atau klad yang sepadan dalam pokok sumber.
- 'panjang median'
Panjang tepi akan ditetapkan kepada median bagi
panjang belahan atau clade yang sepadan
pokok sumber.
- 'umur min'
Panjang tepi akan dilaraskan supaya umur nod subtend akan sama dengan
umur min bagi belahan atau klad yang sepadan dalam pokok sumber. Pokok sumber
perlu ultrametrik untuk pilihan ini.
- 'umur pertengahan'
Panjang tepi akan dilaraskan supaya umur nod subtend akan sama dengan
umur median bagi belahan atau klad yang sepadan dalam pokok sumber. Sumber
pokok perlu ultrametrik untuk pilihan ini.
- sokongan
Panjang tepi akan ditetapkan kepada nilai sokongan untuk pemisahan yang diwakili oleh
hujung.
- 'simpan'
Jangan ubah panjang tepi sedia ada. Ini ialah LALAI jika pokok sasaran adalah
diperoleh daripada fail luaran menggunakan pilihan '-t' atau '--targettree-filepath'
- 'jelas'
Panjang tepi akan dikosongkan daripada pokok sasaran jika ia ada.
Perhatikan tetapan lalai berbeza-beza mengikut
berikut, mengikut keutamaan: (1) Jika pokok sasaran ditentukan menggunakan '-t'
or
Pilihan '--target-tree-filepath', kemudian tepi lalai
strategi rumusan ialah: 'keep'.
(2) Jika pokok sasaran tidak dinyatakan, tetapi
Pilihan '--summarize-node-ages' ditentukan, kemudian ringkasan tepi lalai
strategi ialah: 'min-umur'.
(3) Jika tiada pokok sasaran dinyatakan dan
umur nod TIDAK ditentukan untuk diringkaskan, kemudian ringkasan tepi lalai
strategi ialah: 'min-panjang'.
--force-minimum-tepi-panjang FORCE_MINIMUM_EDGE_LENGTH
(Jika menetapkan panjang tepi) paksa semua tepi sekurang-kurangnya panjang ini.
--runtuh-negatif-tepi
(Jika menetapkan panjang tepi) paksa umur nod induk sekurang-kurangnya setua nod
anak sulung apabila meringkaskan umur nod.
Sasaran Tree Anotasi Pilihan:
--summarize-nod-umur, --ultrametrik, --umur nod
Andaikan bahawa pokok sumber adalah ultrametik dan ringkaskan umur nod (jarak dari
petua).
-l {support, keep, clear}, --label {support, keep, clear}
Tetapkan label nod ringkasan atau pokok sasaran: - 'sokongan'
Label nod akan ditetapkan kepada nilai sokongan untuk
klad yang diwakili oleh nod. Ini adalah LALAI.
- 'simpan'
Jangan tukar label nod sedia ada.
- 'jelas'
Label nod akan dikosongkan daripada pokok sasaran jika ia ada.
--sekat-anotasi, --tiada-anotasi
JANGAN anotasi nod dan tepi dengan sebarang metadata maklumat ringkasan seperti itu
nilai as.support, panjang tepi dan/atau statistik ringkasan umur nod, dsb.
Khidmat Bantuan ungkapan Pilihan:
-p, --peratusan
Nyatakan sokongan cawangan sebagai peratusan (jika tidak, akan dilaporkan sebagai perkadaran oleh
lalai).
-d #, --perpuluhan #
Bilangan tempat perpuluhan dalam petunjuk nilai sokongan (lalai: 8).
Output Pilihan:
-o FILEPATH, --output-tree-filepath FILEPATH, --pengeluaran FILEPATH
Laluan ke fail output (jika tidak dinyatakan, akan mencetak ke output standard).
-F {nexus,newick,phylip,nexml}, --output-tree-format {nexus,newick,phylip,nexml}
Format fail pokok output (jika tidak dinyatakan, lalai kepada format input, jika ini
telah dinyatakan secara eksplisit, atau 'nexus' sebaliknya).
-x AWAL, --extended-output PERMULAAN
Jika dinyatakan, maklumat ringkasan lanjutan akan dihasilkan, yang terdiri daripada
fail berikut: - ' .topologies.trees'
Koleksi topologi yang terdapat dalam sumber
dilaporkan dengan kebarangkalian posterior yang berkaitan sebagai anotasi metadata.
- ' .bipartitions.trees'
Koleksi dwipartition, masing-masing diwakili sebagai pokok, dengan yang berkaitan
maklumat sebagai metadataanotasi.
- ' .bipartitions.tsv'
Jadual menyenaraikan bipartisi sebagai corak kumpulan sebagai lajur utama dan maklumat
mengenai setiap bipartition sebagai lajur yang tinggal.
- ' .edge-lengths.tsv'
Senarai dua sekatan dan panjang tepi yang sepadan. Hanya dijana jika panjang tepi
diringkaskan.
- ' .node-ages.tsv'
Senarai pembahagian dua dan umur yang sepadan. Hanya dijana jika umur nod adalah
diringkaskan.
--tiada-taxa-blok
Apabila menulis output format NEXUS, jangan masukkan blok taksa dalam output
treefile (jika tidak akan membuat blok taksa secara lalai).
--tiada-analisis-metamaklumat, --tiada-meta-komen
Jangan sertakan maklumat meta yang menerangkan parameter ringkasan dan
butiran pelaksanaan.
-c KOMEN TAMBAHAN, --komen tambahan KOMEN TAMBAHAN
Komen tambahan untuk ditambahkan pada fail ringkasan.
-r, --ganti
Gantikan/tulis ganti fail output tanpa bertanya sama ada ia sudah wujud.
Selari Pemprosesan Pilihan:
-M, --pemprosesan berbilang maksimum
Jalankan dalam mod selari menggunakan seberapa banyak pemproses yang tersedia, sehingga bilangan
sumber.
-m NUM-PROSES, --pemprosesan berbilang NUM-PROSES
Jalankan dalam mod selari dengan sehingga maksimum NUMPROCESSES proses ('maks' atau '#'
bermakna untuk berjalan dalam seberapa banyak proses yang terdapat teras pada mesin tempatan; iaitu,
sama seperti menyatakan '-M' atau '--pemprosesan berbilang maksimum').
Program Pembalakan Pilihan:
-g KEKERAPAN LOG, --log-frekuensi LOG-KEKERAPAN
Kekerapan pembalakan kemajuan pemprosesan pokok (lalai: 500; ditetapkan kepada 0 untuk menekan).
-q, --senyap
Sekat SEMUA mesej log, kemajuan dan maklum balas.
Program ralat Pilihan:
--abaikan-hilang-sokongan
Abaikan fail pokok sokongan yang hilang (perhatikan bahawa sekurang-kurangnya satu mesti wujud).
Program Maklumat Pilihan:
-h, - membantu
Tunjukkan maklumat bantuan untuk program dan keluar.
--citation
Tunjukkan maklumat petikan untuk program dan keluar.
--contoh-penggunaan
Tunjukkan contoh penggunaan program dan keluar.
--huraikan
Tunjukkan maklumat mengenai pemasangan DendroPy dan Python anda dan keluar.
PENGARANG
Jeet Sukumaran dan Mark T. Holder
Gunakan sumtrees dalam talian menggunakan perkhidmatan onworks.net
