Ini ialah arahan twofeate yang boleh dijalankan dalam penyedia pengehosan percuma OnWorks menggunakan salah satu daripada berbilang stesen kerja dalam talian percuma kami seperti Ubuntu Online, Fedora Online, emulator dalam talian Windows atau emulator dalam talian MAC OS.
JADUAL:
NAMA
twofeat - Mencari pasangan ciri yang berdekatan dalam urutan
SINOPSIS
twofeat -urutan seqall [-suatu punca rentetan] -atype rentetan [-asense senarai] [-aminscore terapung]
[-amaxscore terapung] [-atag rentetan] [-nilai rentetan] [-bsumber rentetan] -btype rentetan
[-tidak masuk akal senarai] [-bminscore terapung] [-bmaxscore terapung] [-btag rentetan]
[-bnilai rentetan] [-bertindih senarai] -minrange integer -maxrange integer
[-jenis julat senarai] [-rasa senarai] [-pesanan senarai] [-twoout togol] -keluar taip rentetan
-fail luar melaporkan
twofeat -membantu
DESCRIPTION
twofeat ialah program baris arahan daripada EMBOSS (“The European Molecular Biology Open
Suite Perisian”). Ia adalah sebahagian daripada kumpulan arahan "Jadual ciri".
PILIHAN
Input seksyen
-urutan seqall
pertama ciri pilihan
-suatu punca rentetan
Secara lalai mana-mana sumber ciri dalam jadual ciri dibenarkan. Anda boleh menetapkan ini kepada
padankan mana-mana sumber ciri yang anda ingin benarkan. Nama sumber biasanya sama ada nama
atur cara yang mengesan ciri atau ia adalah jadual ciri (cth: EMBL) yang
ciri itu datang dari. Sumber mungkin dikad bebas dengan menggunakan '*'. Jika anda ingin membenarkan
lebih daripada satu sumber, pisahkan nama mereka dengan aksara '|', cth: gen* | embl
Nilai asal: *
-atype rentetan
Secara lalai setiap ciri dalam jadual ciri dibenarkan. Anda boleh menetapkan ini kepada mana-mana
jenis ciri yang anda ingin benarkan. Lihat http://www.ebi.ac.uk/embl/WebFeat/ untuk senarai
jenis ciri EMBL dan lihat Lampiran A manual pengguna Swissprot dalam
http://www.expasy.org/sprot/userman.html untuk senarai jenis ciri Swissprot.
Jenis itu mungkin dikad bebas dengan menggunakan '*'. Jika anda ingin membenarkan lebih daripada satu jenis,
asingkan nama mereka dengan aksara '|', cth: *UTR | nilai lalai intron: *
-asense senarai
Secara lalai sebarang deria ciri dibenarkan. Anda boleh menetapkan ini supaya sepadan dengan rasa yang diperlukan.
-aminscore terapung
Jika ini lebih besar daripada atau sama dengan markah maksimum, maka sebarang markah dibenarkan.
Nilai lalai: 0.0
-amaxscore terapung
Jika ini kurang daripada atau sama dengan markah maksimum, maka sebarang markah dibenarkan.
Nilai lalai: 0.0
-atag rentetan
Teg ialah jenis nilai tambahan yang mungkin ada pada ciri. Contohnya dalam EMBL
jadual ciri, jenis ciri 'CDS' mungkin mempunyai teg '/codon', '/codon_start',
'/db_xref', '/EC_number', '/evidence', '/exception', '/function', '/gen', '/label',
'/peta', '/nota', '/nombor', '/separa', '/produk', '/protein_id', '/pseudo',
'/standard_name', '/translation', '/transl_except', '/transl_table' atau '/usedin'.
Sesetengah teg ini juga mempunyai nilai, contohnya '/gen' boleh mempunyai nilai
nama gen. Secara lalai mana-mana teg ciri dalam jadual ciri dibenarkan. Anda boleh menetapkan
ini untuk memadankan mana-mana teg ciri yang anda ingin benarkan. Teg mungkin dikad bebas dengan menggunakan
'*'. Jika anda ingin membenarkan lebih daripada satu tag, pisahkan nama mereka dengan aksara
'|', cth: gen | label Nilai lalai: *
-nilai rentetan
Nilai teg ialah nilai yang dikaitkan dengan teg ciri. Tag adalah jenis tambahan
nilai yang mungkin ada pada sesuatu ciri. Contohnya dalam jadual ciri EMBL, jenis 'CDS'
ciri mungkin mempunyai tag '/codon', '/codon_start', '/db_xref', '/EC_number',
'/bukti', '/pengecualian', '/fungsi', '/gen', '/label', '/peta', '/nota', '/nombor',
'/separa', '/produk', '/protein_id', '/pseudo', '/standard_name', '/terjemahan',
'/transl_except', '/transl_table' atau '/usedin'. Hanya sebahagian daripada teg ini boleh mempunyai
nilai, contohnya '/gen' boleh mempunyai nilai nama gen. Secara lalai mana-mana
nilai tag ciri dalam jadual ciri dibenarkan. Anda boleh menetapkan ini untuk memadankan mana-mana
nilai tag ciri yang anda ingin benarkan. Nilai teg mungkin kad bebas dengan menggunakan '*'. Jika
anda ingin membenarkan lebih daripada satu nilai tag, pisahkan nama mereka dengan aksara
'|', cth: pax* | 10 Nilai lalai: *
kedua ciri pilihan
-bsumber rentetan
Secara lalai mana-mana sumber ciri dalam jadual ciri dibenarkan. Anda boleh menetapkan ini kepada
padankan mana-mana sumber ciri yang anda ingin benarkan. Nama sumber biasanya sama ada nama
atur cara yang mengesan ciri atau ia adalah jadual ciri (cth: EMBL) yang
ciri itu datang dari. Sumber mungkin dikad bebas dengan menggunakan '*'. Jika anda ingin membenarkan
lebih daripada satu sumber, pisahkan nama mereka dengan aksara '|', cth: gen* | embl
Nilai asal: *
-btype rentetan
Secara lalai setiap ciri dalam jadual ciri dibenarkan. Anda boleh menetapkan ini kepada mana-mana
jenis ciri yang anda ingin benarkan. Lihat http://www.ebi.ac.uk/embl/WebFeat/ untuk senarai
jenis ciri EMBL dan lihat Lampiran A manual pengguna Swissprot dalam
http://www.expasy.org/sprot/userman.html untuk senarai jenis ciri Swissprot.
Jenis itu mungkin dikad bebas dengan menggunakan '*'. Jika anda ingin membenarkan lebih daripada satu jenis,
asingkan nama mereka dengan aksara '|', cth: *UTR | nilai lalai intron: *
-tidak masuk akal senarai
Secara lalai sebarang deria ciri dibenarkan. Anda boleh menetapkan ini supaya sepadan dengan rasa yang diperlukan.
-bminscore terapung
Jika ini lebih besar daripada atau sama dengan markah maksimum, maka sebarang markah dibenarkan.
Nilai lalai: 0.0
-bmaxscore terapung
Jika ini kurang daripada atau sama dengan markah maksimum, maka sebarang markah dibenarkan.
Nilai lalai: 0.0
-btag rentetan
Teg ialah jenis nilai tambahan yang mungkin ada pada ciri. Contohnya dalam EMBL
jadual ciri, jenis ciri 'CDS' mungkin mempunyai teg '/codon', '/codon_start',
'/db_xref', '/EC_number', '/evidence', '/exception', '/function', '/gen', '/label',
'/peta', '/nota', '/nombor', '/separa', '/produk', '/protein_id', '/pseudo',
'/standard_name', '/translation', '/transl_except', '/transl_table' atau '/usedin'.
Sesetengah teg ini juga mempunyai nilai, contohnya '/gen' boleh mempunyai nilai
nama gen. Secara lalai mana-mana teg ciri dalam jadual ciri dibenarkan. Anda boleh menetapkan
ini untuk memadankan mana-mana teg ciri yang anda ingin benarkan. Teg mungkin dikad bebas dengan menggunakan
'*'. Jika anda ingin membenarkan lebih daripada satu tag, pisahkan nama mereka dengan aksara
'|', cth: gen | label Nilai lalai: *
-bnilai rentetan
Nilai teg ialah nilai yang dikaitkan dengan teg ciri. Tag adalah jenis tambahan
nilai yang mungkin ada pada sesuatu ciri. Contohnya dalam jadual ciri EMBL, jenis 'CDS'
ciri mungkin mempunyai tag '/codon', '/codon_start', '/db_xref', '/EC_number',
'/bukti', '/pengecualian', '/fungsi', '/gen', '/label', '/peta', '/nota', '/nombor',
'/separa', '/produk', '/protein_id', '/pseudo', '/standard_name', '/terjemahan',
'/transl_except', '/transl_table' atau '/usedin'. Hanya sebahagian daripada teg ini boleh mempunyai
nilai, contohnya '/gen' boleh mempunyai nilai nama gen. Secara lalai mana-mana
nilai tag ciri dalam jadual ciri dibenarkan. Anda boleh menetapkan ini untuk memadankan mana-mana
nilai tag ciri yang anda ingin benarkan. Nilai teg mungkin kad bebas dengan menggunakan '*'. Jika
anda ingin membenarkan lebih daripada satu nilai tag, pisahkan nama mereka dengan aksara
'|', cth: pax* | 10 Nilai lalai: *
Ciri berhubung pilihan
-bertindih senarai
Ini membolehkan anda menentukan pertindihan yang dibenarkan bagi ciri A dan B. Anda boleh membenarkan
mana-mana atau tiada pertindihan, nyatakan bahawa ia mesti atau tidak mesti bertindih, yang mesti atau mesti
tidak disertakan sepenuhnya dalam ciri lain. Nilai lalai: A
-minrange integer
Jika ini lebih besar atau sama dengan 'maxrange', maka tiada min atau julat maks ditentukan
-maxrange integer
Jika ini kurang daripada atau sama dengan 'julat min', maka tiada julat min atau maks ditentukan
-jenis julat senarai
Ini membolehkan anda untuk menentukan kedudukan dari mana minimum atau maksimum dibenarkan
jarak antara ciri diukur Nilai lalai: N
-rasa senarai
Ini membolehkan anda menentukan rasa yang diperlukan bahawa kedua-dua ciri mesti dihidupkan. ini
diabaikan (sentiasa 'Any') apabila melihat ciri jujukan protein. Nilai lalai: A
-pesanan senarai
Ini membolehkan anda menentukan susunan yang diperlukan bagi kedua-dua ciri tersebut. Perintahnya ialah
diukur dari kedudukan permulaan ciri. Kriteria ini sentiasa digunakan
walaupun jenis pertindihan yang ditentukan diperlukan. Nilai lalai: A
Output seksyen
-twoout togol
Jika anda menetapkan ini sebagai benar, maka kedua-dua ciri itu sendiri akan dihapuskan. Jika
ia dibiarkan sebagai palsu, maka satu ciri akan ditulis meliputi kedua-duanya
ciri yang anda temui. Nilai lalai: N
-keluar taip rentetan
Jika anda telah menyatakan bahawa pasangan ciri yang ditemui harus dilaporkan sebagai
satu ciri dalam output, maka anda boleh menentukan nama 'jenis' ciri baharu
di sini. Secara lalai setiap ciri dalam jadual ciri dibenarkan. Lihat
http://www.ebi.ac.uk/embl/WebFeat/ untuk senarai jenis ciri EMBL dan lihat
Lampiran A manual pengguna Swissprot dalam http://www.expasy.org/sprot/userman.html
untuk senarai jenis ciri Swissprot. Jika anda menentukan jenis ciri yang tidak sah
nama, maka nama lalai 'misc_feature' digunakan. Nilai lalai: misc_feature
-fail luar melaporkan
Gunakan twofeate dalam talian menggunakan perkhidmatan onworks.net
