Ini ialah arahan wiggle2gff3p yang boleh dijalankan dalam penyedia pengehosan percuma OnWorks menggunakan salah satu daripada berbilang stesen kerja dalam talian percuma kami seperti Ubuntu Online, Fedora Online, emulator dalam talian Windows atau emulator dalam talian MAC OS.
JADUAL:
NAMA
wiggle2gff3.pl - Menukar fail format UCSC WIG kepada fail gff3
SINOPSIS
wiggle2gff3.pl [pilihan] WIG_FILE > load_data.gff3
Menukar fail format UCSC WIG kepada fail gff3 yang sesuai untuk dimuatkan ke dalam GBrowse
pangkalan data. Ini digunakan untuk data kuantitatif berketumpatan tinggi seperti CNV, SNP dan ekspresi
tatasusunan.
DESCRIPTION
Gunakan penukar ini apabila anda mempunyai data kuantitatif yang padat untuk dipaparkan menggunakan xyplot,
ketumpatan, atau glyph peta haba, dan terlalu banyak item data (ribuan) untuk dimuatkan ke dalam GBrowse. Ia
mencipta satu atau lebih fail binari cekap ruang yang mengandungi data kuantitatif, sebagai
serta fail GFF3 kecil yang boleh dimuatkan ke dalam pangkalan data Chado atau GBrowse lain.
Penggunaan biasa adalah seperti berikut:
% wiggle2gff3.pl --method=microarray_oligo my_data.wig > my_data.gff3
Pilihan
Pilihan berikut diterima:
--kaedah= Tetapkan kaedah untuk garisan GFF3 yang mewakili
setiap titik data kuantitatif dalam trek.
Lalai ialah "microarray_oligo."
--sumber= Tetapkan medan sumber untuk fail GFF3. Lalainya ialah
tiada.
--gff3 Cipta fail format GFF3 (lalai)
--featurefile Cipta fail format "featurefile" -- ini ialah
format ringkas yang digunakan untuk muat naik GBrowse. ini
pilihan tidak serasi dengan pilihan --gff3.
--sample Jika benar, maka fail yang sangat besar (>5 MB) akan dijadikan sampel
untuk mendapatkan sisihan minimum, maksimum dan piawai; sebaliknya
keseluruhan fail akan diimbas untuk mendapatkan statistik ini.
Ini akan memproses fail dengan lebih cepat tetapi mungkin terlepas lebih jauh
nilai-nilai.
--laluan= Tentukan direktori untuk meletakkan goyang binari
fail. Lalai ialah direktori sementara semasa
(/ tmp atau apa sahaja yang sesuai untuk sistem pengendalian anda).
--base= Sama seperti "--path".
--trackname tentukan pangkalan nama trek untuk penciptaan wigfile
--help Dokumentasi ini.
Skrip ini akan menerima pelbagai gaya pilihan, termasuk pilihan yang disingkatkan
("--meth=foo"), pilihan aksara tunggal ("-m foo"), dan varian biasa yang lain.
Perduaan menggoyangkan fail
Fail "wiggle" binari yang dicipta oleh utiliti ini boleh dibaca menggunakan
Bio::Grafik::Modul goyang. Data kuantitatif diskalakan kepada julat 1-255
(kehilangan banyak ketepatan, tetapi masih lebih daripada cukup untuk visualisasi data), dan disimpan
dalam format padat di mana setiap fail sepadan dengan panjang kromosom tunggal atau
contig.
Setelah dibuat, fail binari tidak boleh dialihkan atau dinamakan semula, melainkan anda berhati-hati
buat perubahan yang sepadan dengan nama laluan yang diberikan oleh atribut "wigfile" dalam GFF3
baris ciri fail. Anda juga harus berhati-hati menggunakan arahan cp untuk menyalin
fail binari; ia diformatkan dengan "lubang" sedemikian rupa sehingga data yang hilang tidak
mengambil sebarang ruang pada cakera. Jika anda cp mereka, lubang akan penuh dengan sifar dan
penjimatan ruang akan hilang. Lebih baik menggunakan arahan "tar" dengan pilihan --sparse untuk
memindahkan fail dari satu tempat ke tempat lain.
Contoh Rambut palsu File
Contoh ini adalah daripadahttp://genome.ucsc.edu/goldenPath/help/wiggle.html>:
# nama fail : example.wig
#
# graf bar lebar asas 300, autoScale dihidupkan secara lalai == graf
# had akan berubah secara dinamik untuk sentiasa menunjukkan julat penuh data
# dalam tetingkap paparan, keutamaan = 20 meletakkan ini sebagai graf kedua
# Nota, sistem koordinat sifar relatif, separuh terbuka digunakan untuk format katil
track type=wiggle_0 name="Bed Format" description="BED format" \
keterlihatan=warna penuh=200,100,0 altColor=0,100,200 keutamaan=20
chr19 59302000 59302300 -1.0
chr19 59302300 59302600 -0.75
chr19 59302600 59302900 -0.50
chr19 59302900 59303200 -0.25
chr19 59303200 59303500 0.0
chr19 59303500 59303800 0.25
chr19 59303800 59304100 0.50
chr19 59304100 59304400 0.75
chr19 59304400 59304700 1.00
# graf bar lebar asas 150 pada kedudukan jarak sewenang-wenangnya,
# garis ambang dilukis pada y=11.76
# autoScale off julat tontonan ditetapkan kepada [0:25]
# keutamaan = 10 meletakkan ini sebagai graf pertama
# Perhatikan, sistem koordinat satu-relatif digunakan untuk format ini
track type=wiggle_0 name="variableStep" description="variableStep format" \
visibility=full autoScale=off viewLimits=0.0:25.0 color=255,200,0 \
yLineMark=11.76 yLineOnOff=pada keutamaan=10
pembolehubahStep chrom=chr19 span=150
59304701 10.0
59304901 12.5
59305401 15.0
59305601 17.5
59305901 20.0
59306081 17.5
59306301 15.0
59306691 12.5
59307871 10.0
# 200 mata lebar asas graf pada setiap 300 tapak, graf tinggi 50 piksel
# autoScale dimatikan dan julat tontonan ditetapkan kepada [0:1000]
# keutamaan = 30 meletakkan ini sebagai graf ketiga
# Perhatikan, sistem koordinat satu-relatif digunakan untuk format ini
track type=wiggle_0 name="fixedStep" description="fixed step" visibility=full \
autoScale=off viewLimits=0:1000 color=0,200,100 maxHeightPixels=100:50:20 \
graphType=titik keutamaan=30
fixedStep chrom=chr19 start=59307401 step=300 span=200
1000
900
800
700
600
500
400
300
200
100
Anda boleh menukar ini menjadi fail GFF3 yang boleh dimuatkan dengan arahan berikut:
wiggle2gff3.pl --meth=example --so=example --path=/var/gbrowse/db example.wig \
> contoh.gff3
Output akan kelihatan seperti ini:
##gff-versi 3
contoh contoh chr19 59302001 59304700 . . . Nama=Format Katil;wigfile=/var/gbrowse/db/track001.chr19.1199828298.wig
contoh contoh chr19 59304701 59308020 . . . Name=variableStep;wigfile=/var/gbrowse/db/track002.chr19.1199828298.wig
contoh contoh chr19 59307401 59310400 . . . Name=fixedStep;wigfile=/var/gbrowse/db/track003.chr19.1199828298.wig
Gunakan wiggle2gff3p dalam talian menggunakan perkhidmatan onworks.net
