Ini ialah apl Linux bernama ISVASE yang keluaran terbarunya boleh dimuat turun sebagai ISVASE1.1.tar.gz. Ia boleh dijalankan dalam talian dalam penyedia pengehosan percuma OnWorks untuk stesen kerja.
Muat turun dan jalankan dalam talian apl bernama ISVASE ini dengan OnWorks secara percuma.
Ikut arahan ini untuk menjalankan apl ini:
- 1. Memuat turun aplikasi ini dalam PC anda.
- 2. Masukkan dalam pengurus fail kami https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX dengan nama pengguna yang anda mahukan.
- 3. Muat naik aplikasi ini dalam pengurus filem tersebut.
- 4. Mulakan OnWorks Linux dalam talian atau emulator dalam talian Windows atau emulator dalam talian MACOS dari tapak web ini.
- 5. Daripada OS Linux OnWorks yang baru anda mulakan, pergi ke pengurus fail kami https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXX dengan nama pengguna yang anda mahukan.
- 6. Muat turun aplikasi, pasang dan jalankan.
SKRIN
Ad
ISVASE
DESCRIPTION
Untuk menjana mRNA matang yang betul, ekson mesti dikenal pasti dan dicantum bersama dengan tepat dan cekap melalui mekanisme penyambungan RNA. Perlu diingat bahawa kira-kira satu pertiga atau separuh daripada semua mutasi penyebab penyakit memberi kesan kepada penyambungan RNA. Walau bagaimanapun, terdapat sedikit alat bioinformatik untuk mengenal pasti secara langsung varian jujukan yang dikaitkan dengan peristiwa penyambungan (SVASE) berdasarkan data RNA-seq. Kami membangunkan ISVASE, alat yang ringkas dan mudah untuk mengenal pasti SVASE secara langsung menggunakan data RNA-seq. Berbanding dengan perisian PVAAS sedia ada, kaedah kami mempunyai beberapa kelebihan seperti penapis bergantung peraturan yang ketat dan penapis statistik dalam setiap langkah, varian jujukan pengesanan untuk peristiwa penyambungan yang diketahui, variasi urutan pengenalan dalam dua bahagian penyambungan (simpang) secara berasingan, anjakan simpang pengesanan peristiwa jika menyediakan anotasi penyambungan yang diketahui, menilai isyarat penyambungan, membandingkan dengan mutasi DNA yang diketahui dan/atau data pengeditan RNA, dan masa berjalan yang singkat.
Ciri-ciri
- Ia ialah alat pertama untuk mengenal pasti varian jujukan yang dikaitkan dengan peristiwa penyambungan untuk kedua-dua varian penyambungan baharu dan varian penyambungan yang diketahui.
- ISVASE mengenal pasti varian jujukan untuk setiap varian penyambungan dahulu, kemudian mengenal pasti varian jujukan untuk semua varian penyambungan yang berkaitan (permulaan atau penghujung persimpangan yang sama) untuk analisis perbandingan dan ujian statistik.
- ISVASE mengenal pasti dan menilai varian jujukan untuk kedua-dua bahagian simpang secara berasingan, yang boleh membezakan lagi kesan varian jujukan untuk bahagian simpang yang berbeza.
- ISVASE menggunakan beberapa penapis bergantung peraturan dan penapis statistik yang ketat dalam langkah yang berbeza.
- ISVASE mempertimbangkan peristiwa anjakan simpang dan isyarat simpang (5' ss dan 3' ss) untuk mengalih keluar varian penyambungan palsu.
- ISVASE boleh menggunakan data mutasi DNA dan penyuntingan RNA yang disediakan pengguna untuk menetapkan jenis sumber varian jujukan.
- ISVASE memperoleh jujukan mengapit varian jujukan untuk carian motif penambah splicing eksonik.
- ISVASE boleh menukar fail varian jujukan lalai kepada fail format input ANNOVAR untuk anotasi varian.
- ISVASE menggunakan 8 angka untuk menunjukkan ciri-ciri varian jujukan yang dikaitkan dengan peristiwa penyambungan.
Penonton
Sains/Penyelidikan
Bahasa Pengaturcaraan
Perl
Kategori
Ini adalah aplikasi yang juga boleh diambil dari https://sourceforge.net/projects/isvase/. Ia telah dihoskan dalam OnWorks untuk dijalankan dalam talian dengan cara yang paling mudah daripada salah satu Sistem Operasi percuma kami.
