Ini ialah aplikasi Linux bernama PRADA yang keluaran terbarunya boleh dimuat turun sebagai PRADA.zip. Ia boleh dijalankan dalam talian dalam penyedia pengehosan percuma OnWorks untuk stesen kerja.
Muat turun dan jalankan dalam talian aplikasi bernama PRADA ini dengan OnWorks secara percuma.
Ikut arahan ini untuk menjalankan apl ini:
- 1. Memuat turun aplikasi ini dalam PC anda.
- 2. Masukkan dalam pengurus fail kami https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX dengan nama pengguna yang anda mahukan.
- 3. Muat naik aplikasi ini dalam pengurus filem tersebut.
- 4. Mulakan OnWorks Linux dalam talian atau emulator dalam talian Windows atau emulator dalam talian MACOS dari tapak web ini.
- 5. Daripada OS Linux OnWorks yang baru anda mulakan, pergi ke pengurus fail kami https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXX dengan nama pengguna yang anda mahukan.
- 6. Muat turun aplikasi, pasang dan jalankan.
PRADA
Ad
DESCRIPTION
Penjujukan secara besar-besaran selari cDNA terbalik ditranskripsi daripada RNA (RNASeq) memberikan anggaran yang tepat tentang kuantiti dan komposisi mRNA. Untuk mencirikan transkrip melalui analisis data RNA-seq, kami membangunkan PRADA. PRADA memfokuskan pada pemprosesan dan analisis anggaran ekspresi gen, pengenalan gabungan gen yang diselia dan tidak diselia, dan pengenalan pemadaman intragenik yang diselia.
PRADA kini menyokong 7 modul untuk memproses dan mengenal pasti keabnormalan daripada data RNAseq:
praproses: Menghasilkan fail BAM yang diselaraskan dan ditentukur semula.
ekspresi: Menghasilkan ekspresi gen (RPKM) dan metrik kualiti.
gabungan: Mengenal pasti gabungan gen calon.
guess-ft: Carian diselia untuk transkrip gabungan.
guess-if: Carian diawasi untuk gabungan intragenik.
homologi: Mengira homologi antara dua gen yang diberi.
bingkai: Meramalkan akibat fungsi transkrip gabungan
Ciri-ciri
- PRADA ditulis dalam bahasa pengaturcaraan python dan bertujuan untuk dijalankan dalam persekitaran baris arahan pada sistem pengendalian UNIX atau LINUX.
- Penerangan terperinci langkah pemasangan dan penggunaan setiap modul dengan contoh tersedia dalam dokumentasi di https://sourceforge.net/p/prada/wiki/Home/attachment/pyPRADA.pdf
- Fail rujukan hg19 tersedia untuk dimuat turun di http://bioinformatics.mdanderson.org/Software/PRADA/
- Untuk mengalih keluar artifak gabungan, kami menapis gen dengan berbilang rakan kongsi dalam sampel dan homologi yang sama.
Kategori
Ini adalah aplikasi yang juga boleh diambil dari https://sourceforge.net/projects/prada/. Ia telah dihoskan dalam OnWorks untuk dijalankan dalam talian dengan cara yang paling mudah daripada salah satu Sistem Operasi percuma kami.
