Ini ialah apl Linux bernama VarScan yang keluaran terbarunya boleh dimuat turun sebagai VarScan.v2.3.9.jar. Ia boleh dijalankan dalam talian dalam penyedia pengehosan percuma OnWorks untuk stesen kerja.
Muat turun dan jalankan dalam talian apl bernama VarScan ini dengan OnWorks secara percuma.
Ikut arahan ini untuk menjalankan apl ini:
- 1. Memuat turun aplikasi ini dalam PC anda.
- 2. Masukkan dalam pengurus fail kami https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX dengan nama pengguna yang anda mahukan.
- 3. Muat naik aplikasi ini dalam pengurus filem tersebut.
- 4. Mulakan OnWorks Linux dalam talian atau emulator dalam talian Windows atau emulator dalam talian MACOS dari tapak web ini.
- 5. Daripada OS Linux OnWorks yang baru anda mulakan, pergi ke pengurus fail kami https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXX dengan nama pengguna yang anda mahukan.
- 6. Muat turun aplikasi, pasang dan jalankan.
SKRIN
Ad
VarScan
DESCRIPTION
Pengesanan varian dalam penjujukan selari secara besar-besaran. Untuk satu sampel, panggil SNP, indel dan genotip konsensus. Untuk pasangan normal tumor, klasifikasikan lagi setiap varian sebagai Germline, Somatic atau LOH, dan juga mengesan perubahan nombor salinan somatik. VERSI TERKINI TERDAPAT DI GITHUB
Ciri-ciri
- Memanggil SNP dan Indels daripada fail timbunan SAMtools
- Tapis varian mengikut liputan, kedalaman bacaan, kekerapan varian dan kualiti asas
- Menentukan status somatik (Somatic, Germline, LOH) untuk pasangan Tumor-Normal
- Membandingkan, menggabungkan dan memotong dua senarai varian
- Hadkan panggilan varian kepada satu set kedudukan sasaran atau kawasan sasaran
- Percuma untuk penggunaan bukan komersial.
Penonton
Sains/Penyelidikan
Antaramuka pengguna
Barisan arahan
Bahasa Pengaturcaraan
Java
Kategori
Ini adalah aplikasi yang juga boleh diambil dari https://sourceforge.net/projects/varscan/. Ia telah dihoskan dalam OnWorks untuk dijalankan dalam talian dengan cara yang paling mudah daripada salah satu Sistem Operasi percuma kami.