Ini ialah apl Linux bernama ViralFusionSeq [VFS] untuk dijalankan dalam Linux dalam talian yang keluaran terbarunya boleh dimuat turun sebagai vfs-2016-08-17.r2.tar.gz. Ia boleh dijalankan dalam talian dalam penyedia pengehosan percuma OnWorks untuk stesen kerja.
Muat turun dan jalankan dalam talian apl bernama ViralFusionSeq [VFS] ini untuk dijalankan di Linux dalam talian dengan OnWorks secara percuma.
Ikut arahan ini untuk menjalankan apl ini:
- 1. Memuat turun aplikasi ini dalam PC anda.
- 2. Masukkan dalam pengurus fail kami https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX dengan nama pengguna yang anda mahukan.
- 3. Muat naik aplikasi ini dalam pengurus filem tersebut.
- 4. Mulakan OnWorks Linux dalam talian atau emulator dalam talian Windows atau emulator dalam talian MACOS dari tapak web ini.
- 5. Daripada OS Linux OnWorks yang baru anda mulakan, pergi ke pengurus fail kami https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXX dengan nama pengguna yang anda mahukan.
- 6. Muat turun aplikasi, pasang dan jalankan.
SKRIN
Ad
ViralFusionSeq [VFS] untuk dijalankan di Linux dalam talian
DESCRIPTION
VFS telah diuji sepenuhnya di bawah sistem Ubuntu/Debian.** Pengumuman 1**: VFS lebih unggul daripada Virus-Clip. https://sourceforge.net/projects/viralfusionseq/files/VFS.vs.Virus-Clip.pdf/download
Sehingga 2016, VFS ialah satu-satunya alat penyepaduan virus yang tersedia di sistem NIH HPC.
https://hpc.nih.gov/apps/ViralFusionSeq/
ViralFusionSeq (VFS) ialah alat penjujukan pemprosesan tinggi (HTS) serba boleh untuk menemui peristiwa penyepaduan virus dan membina semula transkrip gabungan pada resolusi asas tunggal.
VFS menggabungkan maklumat keratan lembut, analisis pasangan baca dan perhimpunan de novo yang disasarkan untuk menemui dan menjelaskan peristiwa gabungan virus-manusia.
Model statistik empirikal yang mudah tetapi berkesan digunakan untuk menilai kualiti titik putus gabungan.
Parameter yang ditentukan pengguna minimum diperlukan.
Kod sumber dengan manual pengguna dan panduan pemasangan VFS tersedia di bahagian "Fail" sourceforge.
Petikan: http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/
Ciri-ciri
- Berkenaan dan diuji sepenuhnya menggunakan data RNA-Seq dan DNA-Seq
- Gunakan maklumat turutan terpotong (CS) dan berpasangan (RP) untuk menemui penyepaduan virus
- Pembinaan semula jujukan transkrip gabungan menggunakan maklumat CS dan RP
Penonton
Sains/Penyelidikan
Bahasa Pengaturcaraan
Perl
Ini adalah aplikasi yang juga boleh diambil dari https://sourceforge.net/projects/viralfusionseq/. Ia telah dihoskan dalam OnWorks untuk dijalankan dalam talian dengan cara yang paling mudah daripada salah satu Sistem Operasi percuma kami.