This is the Windows app named fcGENE: Genotype format converter to run in Windows online over Linux online whose latest release can be downloaded as fcgene-1.0.7.zip. It can be run online in the free hosting provider OnWorks for workstations.
Download and run online this app named fcGENE: Genotype format converter to run in Windows online over Linux online with OnWorks for free.
Ikut arahan ini untuk menjalankan apl ini:
- 1. Memuat turun aplikasi ini dalam PC anda.
- 2. Masukkan dalam pengurus fail kami https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX dengan nama pengguna yang anda mahukan.
- 3. Muat naik aplikasi ini dalam pengurus filem tersebut.
- 4. Mulakan mana-mana emulator dalam talian OS OnWorks daripada tapak web ini, tetapi emulator dalam talian Windows yang lebih baik.
- 5. Daripada OS Windows OnWorks yang baru anda mulakan, pergi ke pengurus fail kami https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXX dengan nama pengguna yang anda mahukan.
- 6. Muat turun aplikasi dan pasangnya.
- 7. Muat turun Wine dari repositori perisian pengedaran Linux anda. Setelah dipasang, anda kemudian boleh mengklik dua kali aplikasi untuk menjalankannya dengan Wine. Anda juga boleh mencuba PlayOnLinux, antara muka mewah melalui Wine yang akan membantu anda memasang program dan permainan Windows yang popular.
Wain ialah cara untuk menjalankan perisian Windows pada Linux, tetapi tanpa Windows diperlukan. Wain ialah lapisan keserasian Windows sumber terbuka yang boleh menjalankan program Windows secara langsung pada mana-mana desktop Linux. Pada asasnya, Wine cuba untuk melaksanakan semula Windows yang mencukupi dari awal supaya ia boleh menjalankan semua aplikasi Windows tersebut tanpa memerlukan Windows.
SKRIN
Ad
fcGENE: Genotype format converter to run in Windows online over Linux online
DESCRIPTION
Aplikasi utama adalah dua kali ganda: pertama untuk menukar data SNP genotip ke dalam format alat imputasi yang berbeza seperti PLINK MACH, IMPUTE, BEAGLE dan BIMBBAM, kedua untuk menukar data yang diimputkan ke dalam format fail yang berbeza seperti PLINK, HAPLOVIEW, EIGENSOFT dan SNPTEST.Format fail yang boleh dibaca: plink-pedigree (ped dan peta), plink-raw, plink-dosage, mach , minimac, impute, snptest, beagle dan bimbam. Begitu juga semua jenis imputasi output juga diterima.
Format yang boleh dijana oleh fcGENE: plink-pedigree, plink-raw, plink-dosage, mach-input, minimac-input, imput-input, beagle-input dan bimbam-input, HAPLOVIEW-input, EIGENSOFT-input.
Permohonan lanjut:
-?mendapatkan templat arahan imputasi yang diperlukan dan arahan alat imputasi lain
- Kawalan kualiti mengikut MAF,HWE & CALLRATE.
kata kunci: transformasi genotip, menukar format genotip, output imputasi, PLINK, IMPUTE, MACH, minimac, HAPLOVIEW, BEAGLE, BIMBAM,EIGENSOFT.
Ciri-ciri
- boleh membuat Kawalan Kualiti Bijak SNP dan Bijak Individu dan boleh menapis SNP dan individu yang hilang kelayakan semasa mengubah bentuk data
- boleh melakukan penukaran format dua hala bagi genotip Data SNP (cth PLINK -> alat imputasi dan alat imputasi -> PLINK) . Ia boleh membaca dan menulis kedua-dua silsilah berformat plink dan fail binari
- boleh menapis SNP yang didakwa berdasarkan skor kualiti imputasi
- boleh menjana templat arahan alat analisis GWA
- menukar data genotip daripada format satu alat imputasi kepada yang lain.
- Transformasi rujukan imputasi kepada format plink. Ini membantu membandingkan data genotip dengan panel rujukan.
- boleh mencipta data snp dalam format GenABEL daripada data yang asalnya diberikan dalam format lain yang berbeza
- boleh menjana fail berformat berbeza yang mengandungi dos dijangka frekuensi alel kecil
- sangat membantu untuk penyelidik yang bekerja dalam bidang genetik statistik.
- ditulis dalam c++, penggunaan bekas STL
- boleh membaca dan menulis fail berzip
- boleh mengira FST dengan arahan --fst
- boleh membaca dan menulis data genotip standard dengan kiraan alel dan dos alel
- boleh mencipta fail format vcf yang digunakan untuk BEAGLE4
Bahasa Pengaturcaraan
C + +
Ini adalah aplikasi yang juga boleh diambil dari https://sourceforge.net/projects/fcgene/. Ia telah dihoskan dalam OnWorks untuk dijalankan dalam talian dengan cara yang paling mudah daripada salah satu Sistem Operasi percuma kami.
