abacas - Online in de cloud

PROGRAMMA:

NAAM

abacas - Op algoritmen gebaseerde automatische contiguatie van geassembleerde sequenties

KORTE INHOUD

abaca's -r ref -q qs -p prog [OPTIES]

OR

abaca's -r ref -q PSV -e

ref referentiesequentie in een enkel fasta-bestand

qs contigs in multi-fasta formaat

rog MUMmer-programma om te gebruiken: 'nucmer' of 'promer'

PSV bestand met pseudomoleculen/geordende sequenties in fasta-indeling

OPTIES

-h printgebruik

-d gebruik standaard nucleer/promer-parameters

-s int minimale lengte van exact overeenkomend woord (nucmer default = 12, promer default
=

-m print bestelde contigs naar bestand in multifasta-formaat

-b print contigs in bin naar bestand

-N print een pseudomolecuul zonder "N"s

-i int minimaal percentage identiteit [standaard 40]

-v int minimale aaneengesloten dekking [standaard 40]

-V int minimaal aaneengesloten dekkingsverschil [standaard 1]

-l int minimale aaneengesloten lengte [standaard 1]

-t voer tblastx uit op contigs die niet in kaart zijn gebracht

-g tekenreeks (bestandsnaam) print onbedekte gebieden (gaten) op verwijzing naar bestandsnaam

-a voeg contigs in bin toe aan het pseudomolecuul

-o prefix-uitvoerbestanden hebben dit voorvoegsel

-P kies primersets om gaten te dichten

-f int aantal flankerende bases aan weerszijden van een opening voor primerontwerp (standaard
350)

-R int Run mom [standaard 1, gebruik -R 0 om te voorkomen dat je mompelt]

-e Ontsnap aan contig bestellen, dwz ga naar het ontwerp van de primer

-c Referentievolgorde is cirkelvormig

PRODUCTBESCHRIJVING

ABACAS is bedoeld om snel te verbinden (uitlijnen, ordenen, oriënteren), visualiseren en ontwerpen
primers om openingen op met een jachtgeweer geassembleerde contigs te dichten op basis van een referentiesequentie.

ABACAS gebruikt MUMmer om uitlijningsposities te vinden en syntenieën van geassembleerde contigs te identificeren
tegen de referentie. De uitvoer wordt vervolgens verwerkt om een ​​pseudomolecuulopname te genereren
overlappende contigs en hiaten in rekening te houden. ABACAS genereert een vergelijkingsbestand dat kan
worden gebruikt om geordende en georiënteerde contigs in ACT te visualiseren. Synteny wordt vertegenwoordigd door rood
balken waar de kleurintensiteit afneemt met lagere waarden van procentuele overeenkomst tussen
vergelijkbare blokken. Informatie over contigs zoals de oriëntatie, percentage identiteit,
dekking en overlap met andere contigs kunnen ook worden gevisualiseerd door het uitgevoerde bestand te laden
feature-bestand op ACT.

Gebruik abacas online met behulp van onworks.net-services