Dit is de opdracht ABYSS die kan worden uitgevoerd in de gratis hostingprovider van OnWorks met behulp van een van onze meerdere gratis online werkstations zoals Ubuntu Online, Fedora Online, Windows online emulator of MAC OS online emulator
PROGRAMMA:
NAAM
ABYSS - verzamel korte leesbewerkingen in contigs
KORTE INHOUD
ABYSS [OPTIE] ... FILE...
PRODUCTBESCHRIJVING
Verzamel alle invoerbestanden, FILE, die in FASTA, FASTQ, qseq, export, SRA, SAM of
BAM-formaat en kan worden gecomprimeerd met gz, bz2 of xz en kan worden geteerd.
Gebruikers die een volledige assembly met ABySS willen uitvoeren, wordt aangeraden om abyss-pe te gebruiken als hun
toegangspunt in plaats van het ABYSS-programma. abyss-pe is een Makefile die veel coördineert
van de ABySS-tools (inclusief ABYSS) om de volledige ABySS-assemblagepijplijn te laten draaien.
abyss-pe is in staat om veel dingen te doen die ABYSS niet kan, zoals het benutten van de
afstandsinformatie geleverd door gepaarde einduitlezingen en partnerpaaruitlezingen.
--kuisheid
gooi onkuise lezingen weg [standaard]
--geen-kuisheid
gooi geen onkuise reads weg
--trim-gemaskeerd
trim gemaskeerde bases vanaf de uiteinden van reads [standaard]
--geen-trim-gemaskeerd
knip gemaskeerde bases niet af vanaf de uiteinden van leesbewerkingen
-q, --trimkwaliteit=THRESHOLD
trim de basis vanaf de uiteinden van leesbewerkingen waarvan de kwaliteit lager is dan de drempelwaarde
-Q, --masker-kwaliteit=THRESHOLD
maskeer alle basen in reads waarvan de kwaliteit lager is dan de drempelwaarde
--Standaard Kwaliteit
nulkwaliteit is `!' (33)
standaard voor FASTQ- en SAM-bestanden
--illumina-kwaliteit
nulkwaliteit is `@' (64)
standaard voor qseq en exportbestanden
-o, --uit=FILE
schrijf de contigs naar FILE
-k, --kmer=KMER_SIZE
k-mer maat
-t, --trimlengte=TRIM_LENGTH
maximale lengte van bungelende randen om te trimmen
-c, --Dekking=COVERAGE
verwijder contigs met een gemiddelde k-mer-dekking van minder dan deze drempel
-b, --bubbels=N
pop bellen korter dan N bp (standaard: 3*k).
-b0, --geen bubbels
geen bubbels laten knappen
-e, --eroderen=COVERAGE
eroderen bases aan de uiteinden van stompe contigs met dekking minder dan deze drempel
-E, --eroderen-streng=COVERAGE
erodeert de bases aan de uiteinden van stompe contigs met een dekking lager dan deze drempelwaarde
beide strengen
--dekking-geschiedenis=FILE
leg het k-mer-dekkingshistogram vast in FILE
-g, --grafiek=FILE
genereer een grafiek in puntformaat
-s, --snp=FILE
record gepofte bubbels in BESTAND
-v, --uitgebreid
uitgebreide uitvoer weergeven
--help laat deze hulp zien en eindig
--versie
uitgang versie informatie en eindig
Gebruik ABYSS online met behulp van onworks.net-services
