abyss-pe - Online in de cloud

PROGRAMMA:

NAAM

abyss-pe - assembleren leest in contigs

KORTE INHOUD

afgrond [OPTIE]... [PARAMETER=WAARDE]... [MAKE_TARGET] ...

PRODUCTBESCHRIJVING

Verzamel de leesbewerkingen van de invoerbestanden in contigs. De reads kunnen in FASTA, FASTQ,
qseq, export, SRA, SAM of BAM formaat en kan worden gecomprimeerd met gz, bz2 of xz en kan
geteerd.

abyss-pe is een Makefile-script. Met abyss-pe kunnen ook alle mogelijke merkopties worden gebruikt.

parameters of afgrond
naam, JOB_NAME
De naam van deze vergadering. De resulterende steigers worden opgeslagen in
${name}-steigers.fa.

in invoerbestanden. Gebruik deze variabele bij het samenstellen van gegevens uit een enkele bibliotheek.

lib een geciteerde lijst met door spaties gescheiden bibliotheeknamen met gepaarde uiteinden. Gebruik deze variabele
bij het samenstellen van gegevens uit meerdere gekoppelde bibliotheken. Voor elke bibliotheeknaam in
lib, moet de gebruiker een variabele met dezelfde naam op de opdrachtregel definiëren, die:
geeft de gelezen bestanden voor die bibliotheek aan. Zien Voorbeelden hieronder voor een concrete
voorbeeld van gebruik.

pe lijst met gekoppelde bibliotheken die alleen zullen worden gebruikt voor het samenvoegen van unitigs in
contigs en zal niet bijdragen aan de consensussequentie.

mp lijst van partnerpaarbibliotheken die voor steigers zullen worden gebruikt. Mate-pair bibliotheken
dragen niet bij aan de consensussequentie.

lang lijst met bibliotheken met lange sequenties die zullen worden gebruikt voor herstelling. lange reeks
bibliotheken dragen niet bij aan de consensussequentie.

se bestanden met single-end reads

a maximum aantal vertakkingen van een bel [2]

b maximale lengte van een bel (bp) [10000]

c minimale gemiddelde k-mer dekking van een unitig [vierkante meter(mediaan)]

d toelaatbare fout van een afstandsschatting (bp) [6]

e minimale erosie k-mer dekking [vierkante meter(mediaan)]

E minimale erosie k-mer dekking per streng [1]

j aantal draden [2]

k grootte van een k-mer (wanneer K niet is ingesteld) of de spanwijdte van een k-mer-paar (wanneer K is ingesteld)

K grootte van een enkele k-mer in een k-mer-paar (bp)

l minimale uitlijnlengte van een lees (bp) [k]

m minimale overlap van twee unitigs (bp) [30]

n minimaal aantal paren vereist voor het bouwen van contigs [10]

N minimaal aantal paren nodig voor het bouwen van steigers [n]

p minimale sequentie-identiteit van een bel [0.9]

q minimale basiskwaliteit bij trimmen [3]
Trim bases van de uiteinden van leest waarvan de kwaliteit minder is q.

Q minimale basiskwaliteit [0]
Maskeer alle bases van reads waarvan de kwaliteit lager is dan Q als `N'.

s minimale eenheidsgrootte vereist voor het bouwen van contigs (bp) [200]
De zaadlengte moet minimaal tweemaal de waarde van k zijn. Als er meer volgorde is
geassembleerd dan de verwachte genoomgrootte, probeer s te vergroten.

S minimale contiggrootte vereist voor het bouwen van steigers (bp) [s]

SS SS=-SS te monteren in strengspecifieke modus
Vereist dat alle bibliotheken strengspecifieke RNA-Seq-bibliotheken zijn. gaat ervan uit dat
de eerste lezing in een gelezen paar wordt omgekeerd WRT de transcripties gesequenced.

t minimale tipgrootte (bp) [2k]

v v=-v om uitgebreide logboekregistratie in te schakelen

np, NSLUITEN
het aantal processen van een MPI-assemblage

mpirun het pad naar mpirun

richten
Het programma dat moet worden gebruikt om de uitlezingen uit te lijnen met de contigs [kaart].
Toegestane waarden zijn: map, kaligner, bwa, bwasw, bowtie, bowtie2, dida. Zie de
DIDA sectie hieronder voor meer informatie over de dida-optie.

cs converteer kleurruimte contigs naar nucleotide contigs na montage

Opties of maken
-n, --oefening
Druk de opdrachten af ​​die zouden worden uitgevoerd, maar voer ze niet uit.

Merk doelen For afgrond
verzuim
Gelijk aan `scaffolds scaffolds-dot stats'.

eenheden
Monteer de eenheden.

unitigs-punt
Voer de unitig-overlapgrafiek uit.

pe-sam Map paired-end reads naar de unitigs en output een SAM-bestand. SAM-bestand zal alleen
bevatten leestoewijzingen aan verschillende contigs, en de lees-ID, volgorde en kwaliteit
tekenreeksen worden vervangen door '*'-tekens.

pe-bam Map paired-end reads naar de unitigs en output een BAM-bestand. BAM-bestand zal alleen
bevatten leestoewijzingen aan verschillende contigs, en de lees-ID, volgorde en kwaliteit
tekenreeksen worden vervangen door '*'-tekens.

pe-index
Genereer een index van de unitigs die worden gebruikt door abyss-map.

contigs
Contigs samenstellen.

contigs-punt
Voer de contig-overlapgrafiek uit.

mp-sam Map mate-pair leest naar de contigs en voert een SAM-bestand uit. SAM-bestand zal alleen
bevatten leestoewijzingen aan verschillende contigs, en de lees-ID, volgorde en kwaliteit
tekenreeksen worden vervangen door '*'-tekens.

mp-bam Map mate-pair leest naar de contigs en voert een BAM-bestand uit. BAM-bestand zal alleen
bevatten leestoewijzingen aan verschillende contigs, en de lees-ID, volgorde en kwaliteit
tekenreeksen worden vervangen door '*'-tekens.

mp-index
Genereer een index van de contigs die worden gebruikt door abyss-map.

steigers
Stel steigers samen.

steigers-punt
Voer de steigeroverlapgrafiek uit.

steigers
Breek steigers en genereer een AGP-bestand.

lange scharen
Herstel met behulp van RNA-Seq geassembleerde contigs.

lange-scaffs-dot
Voer de overlapgrafiek van de RNA-steiger uit.

stats Contiguïteitsstatistieken weergeven.

schoon Tussenliggende bestanden verwijderen.

versie
Geef de versie van abyss-pe weer.

versies
Toon de versies van alle programma's die door abyss-pe worden gebruikt.

hulp Geef een nuttig bericht weer.

DIDA

AbySS ondersteunt het gebruik van DIDA (Distributed Indexing Dispatched Alignment), een op MPI gebaseerde
uitlijningsraamwerk voor het berekenen van sequentie-uitlijningen over meerdere machines. Gebruiken
DIDA met AbySS, download en installeer eerst DIDA vanaf
http://www.bcgsc.ca/platform/bioinfo/software/dida, specificeer dan `dida` als de waarde van
de richten parameter afgrond.

DIDA-gerelateerd afgrond parameters
DIDA_MPIRUN
De opdracht `mpirun` die wordt gebruikt om DIDA-taken uit te voeren.

DIDA_RUN_OPTIONS
Runtime-opties zoals het aantal threads per MPI-rang en waarden voor de omgeving
variabelen (bijv. PATH, LD_LIBRARY_PATH). Voer `abyss-dida --help` uit voor een lijst met
Beschikbare opties.

DIDA_OPTIONS
Opties die direct worden doorgegeven aan de DIDA binary. Dit kan bijvoorbeeld worden gebruikt
om de minimale drempel voor de uitlijnlengte te regelen. Voer `dida-wrapper --help` uit voor a
lijst met beschikbare opties.

MPI COMPATIBILITEIT
Door het gebruik van multi-threading heeft DIDA problemen met het vastlopen van OpenMPI. Gebruik makend van
de MPICH MPI-bibliotheek wordt sterk aanbevolen bij het uitvoeren van assemblages met DIDA. Testen
is gedaan met MPICH 3.1.3, gecompileerd met --enable-threads=funneled.

VOORBEELD
De aanbevolen runtime-configuratie voor DIDA is 1 MPI-rang per machine en 1 thread per
CPU-kern. Als u bijvoorbeeld een assembly wilt uitvoeren op 3 clusterknooppunten met elk 12 cores, doet u het volgende:

abyss-pe k=64 naam=ecoli in='reads1.fa reads2.fa' aligner=dida
DIDA_RUN_OPTIONS='-j12' DIDA_MPIRUN='mpirun -np 3 -ppn 1 -bind-aan bord'

In dit voorbeeld worden de MPICH-opdrachtregelopties voor `mpirun` gebruikt. Hier geeft `-np 3` aan:
het aantal MPI-rangen, `-ppn 1` geeft het aantal MPI-rangen per "knooppunt" aan, en
`-bind-to board` definieert een "node" als een moederbord (dwz een volledige machine).

MILIEU VARIABELEN

Elke parameter die op de opdrachtregel kan worden opgegeven, kan ook worden opgegeven in een
variabele omgeving.

PATH moet de map bevatten waarin de uitvoerbare bestanden van ABySS zijn geïnstalleerd. Gebruik `afgrond-
pe-versies' om te controleren of PATH correct is geconfigureerd.

TMPDIR specificeert een map om te gebruiken voor tijdelijke bestanden

Scheduler integratie
AbySS integreert goed met clustertaakplanners, zoals:
* SGE (Sun Grid-motor)
* Draagbaar batchsysteem (PBS)
* Load Sharing Faciliteit (LSF)
* IBM LoadNiveller

De SGE-omgevingsvariabelen JOB_NAME, SGE_TASK_ID en NSLOTS kunnen worden gebruikt om de
parameternaam, respectievelijk k en np, en op vergelijkbare wijze voor andere planners.

Voorbeelden

One gekoppeld einde bibliotheek
abyss-pe k=64 naam=ecoli in='reads1.fa reads2.fa'

meervoudig gekoppeld einde bibliotheken
abyss-pe k=64 naam=ecoli lib='lib1 lib2' \
lib1='lib1_1.fa lib1_2.fa' lib2='lib2_1.fa lib2_2.fa' \
se='se1.fa se2.fa'

Gepaard-end en partnerpaar bibliotheken
abyss-pe k=64 naam=ecoli lib='pe1 pe2' mp='mp1 mp2' \
pe1='pe1_1.fa pe1_2.fa' pe2='pe2_1.fa pe2_2.fa' \
mp1='mp1_1.fa mp1_2.fa' mp2='mp2_1.fa mp2_2.fa' \
se='se1.fa se2.fa'

Inclusief RNA-Seq assemblages
abyss-pe k=64 naam=ecoli lib=pe1 mp=mp1 lang=lang1 \
pe1='pe1_1.fa pe1_2.fa' mp1='mp1_1.fa mp1_2.fa' \
lang1=lang1.fa

MPI
abyss-pe np=8 k=64 naam=ecoli in='reads1.fa reads2.fa'

SGE
qsub -N ecoli -t 64 -pe openmpi 8 \
abyss-pe n=10 in='reads1.fa reads2.fa'

Gebruik abyss-pe online met onworks.net-services