Dit is de opdracht alien_hunter die kan worden uitgevoerd in de gratis hostingprovider van OnWorks met behulp van een van onze meerdere gratis online werkstations zoals Ubuntu Online, Fedora Online, Windows online emulator of MAC OS online emulator
PROGRAMMA:
NAAM
alien_hunter - Interpolated Variable Order Motieven voor identificatie van horizontaal
verworven DNA
KORTE INHOUD
buitenaardse jager [Opties]
PRODUCTBESCHRIJVING
Alien_hunter is een applicatie voor de voorspelling van vermeende horizontale genoverdracht
(HGT) evenementen met de implementatie van Interpolated Variable Order Motifs (IVOM's). Een
De IVOM-benadering maakt gebruik van compositievooroordelen met behulp van motiefverdelingen met variabele orde en
legt betrouwbaarder de lokale samenstelling van een reeks vast in vergelijking met een vaste volgorde
methoden. Optioneel kunnen de voorspellingen worden ontleed in een 2-state 2nd order Hidden Markov
Model (HMM), in een change-point-detectieraamwerk, om de lokalisatie van de
grenzen van de voorspelde regio's. De voorspellingen (embl-formaat) kunnen automatisch worden gedaan
geladen in Artemis genoomviewer vrij beschikbaar op:
http://www.sanger.ac.uk/Software/Artemis/.
INPUT: onbewerkte genomische sequentie VOORSPELLING: HGT-regio's op basis van geïnterpoleerde variabele volgorde
Motieven (IVOM's) argumenten:
ruwe genomische sequentie
bestandsnaam voor uitvoergegevens
Optionele argumenten:
-a om het voorspellingsbestand in Artemis te laden
-c optimaliseer voorspelde grenzen met een veranderingspuntdetectie 2 toestand 2e orde HMM
Uitvoerbestanden:
voorspellingen (tabblad) in embl-formaat
.opt
geoptimaliseerde (HMM) voorspellingen (tabblad) in embl-formaat
.verhaallijn
voorspellingen in Artemis User Plot-formaat om handmatig te laden met behulp van Graph -> Add
Gebruikersplot...
.opt.plot
geoptimaliseerde (HMM) voorspellingen in Artemis User Plot-indeling om handmatig te laden met behulp van
Grafiek -> Gebruikersplot toevoegen...
.sco
de scores over alle schuifvensters - voor controle van de scoreverdeling
Opmerking: voorspellingen die overlappen met het rRNA-operon worden vermeld in de nootkwalificatie
Gebruik alien_hunter online met behulp van onworks.net-services