uitlijnProjector - Online in de cloud

PROGRAMMA:

NAAM

addUnalignedIntervals - onderdeel van mauveAligner-pakket
alignmentProjector - onderdeel van mauveAligner-pakket
backbone_global_to_local - onderdeel van mauveAligner-pakket
bbAnalyze - onderdeel van mauveAligner-pakket
createBackboneMFA - onderdeel van mauveAligner-pakket
getAlignmentWindows - onderdeel van mauveAligner-pakket
getOrthologList - onderdeel van mauveAligner-pakket
makeBadgerMatrix - onderdeel van mauveAligner-pakket
mauveToXMFA - onderdeel van mauveAligner-pakket
mfa2xmfa - onderdeel van mauveAligner-pakket
projectAndStrip - onderdeel van mauveAligner-pakket
randomGeneSample - onderdeel van mauveAligner-pakket
scoreAlignment - onderdeel van mauveAligner-pakket
stripGapColumns - onderdeel van mauveAligner-pakket
stripSubsetLCB's - onderdeel van mauveAligner-pakket
toGrimmFormat - onderdeel van mauveAligner-pakket
toMultiFastA - onderdeel van mauveAligner-pakket
toRawSequence - onderdeel van mauveAligner-pakket
uniqueMerCount - onderdeel van mauveAligner-pakket
uniquifyTrees - onderdeel van mauveAligner-pakket
xmfa2maf - onderdeel van mauveAligner-pakket

PRODUCTBESCHRIJVING

Deze tools behoren tot het pakket mauveAligner. Ze zijn niet expliciet gedocumenteerd, maar
drukken een synopsisregel af die hier wordt herhaald.

voeg UnalignedIntervals toe interval bestand> <uitvoer interval bestand>

uitlijningProjector xmfa> <uitvoer xmfa> <mfa seq invoer> <mfa seq uitvoer> <lijst of
volgende naar erbij betrekken, beginnend at 0>

backbone_global_to_local <xmfa bestand> <ruggengraat bestand> <uitvoer bestand>

bbAnalyseren <xmfa bestand> <gids boom> <ruggengraat volgende bestand> <ruggengraat col bestand> <geannoteerd
seq index> <uitvoer bestand>

geannoteerde seq-index begint bij 0.

maakBackboneMFA interval bestand> <uitvoer MFA naam>

getAlignmentWindows <XMFA uitlijning> <venster lengte> <venster verschuiving bedrag> <basis uitgang
bestandsnaam>

getOrtholoogLijst getOrtholoogLijst xmfa> <ruggengraat seq bestand> <referentie genoom> <CDS
ortholoog bestandsnaam> <CDS opstelling baseren naam>

merkBadgerMatrix merkBadgerMatrix xmfa> <uitvoer das bestand> <LCB coördineren bestand>

mauveToXMFA mauveToXMFA <Mauve Uitlijning invoer> <XMFA uitvoer>

mfa2xmfa <MFA opstelling invoer> <XMFA opstelling uitvoer> [Niet uitgelijnd SnelA uitvoer]

projectAndStrip xmfa> <uitvoer xmfa> ...

Numerieke reeks-ID's beginnen bij 0.

willekeurigGenSample xmfa> <ruggengraat seq bestand> <voorbeeld genoom> <nummer of genen>
<uitvoer baseren naam> [willekeurig zaad]

scoreUitlijning <correct uitlijning> <berekend uitlijning> [evolueerde volgorde het dossier] [slakken]

stripGapKolommen XMFA> <uitvoer XMFA>

stripSubsetLCB's xmfa> bbcols> <uitvoer xmfa> [min LCB aan jou] [min genomen]
[willekeurig ondersteekproef naar X kb]

toGrimmFormaat <Mauve Uitlijning> <genoom 1 chr lengtes>... N chr lengtes>

naarMultiFastA interval bestand> <uitvoer baseren naam>

naar RawSequence volgorde> <uitvoer bestand>

uniekMerCount <Gesorteerd zee Lijst>

unquifyBomen <nexus invoer bestand> <nexus uitgang bestand>

Alle bomen in het invoerbestand moeten hetzelfde aantal taxa en hetzelfde taxon hebben
labels

xmfa2maf <xmfa invoer> <maf uitvoer>

Gebruik AlignmentProjector online met behulp van onworks.net-services