Dit is de opdracht bio-regenboog die kan worden uitgevoerd in de gratis hostingprovider van OnWorks met behulp van een van onze meerdere gratis online werkstations zoals Ubuntu Online, Fedora Online, Windows online emulator of MAC OS online emulator
PROGRAMMA:
NAAM
regenboog - handleiding voor regenboog 2.0.4 --[e-mail beveiligd], [e-mail beveiligd]>
KORTE INHOUD
rainbow [opties]
PRODUCTBESCHRIJVING
regenboog 2.0.4 -- <[e-mail beveiligd], [e-mail beveiligd]>
cluster
Invoerbestandsindeling: gekoppelde fasta/fastq-bestand(en) Uitvoerbestandsindeling:
\t \t \t
-1 Input fasta/fastq bestand, ondersteunt meerdere '-1'
-2 Voer fasta/fastq-bestand in, ondersteunt meerdere '-2' [null]
-l
Lees lengte, standaard: 0 variabele
-m
Maximale mismatches [4]
-e
Precies overeenkomende drempel [2000]
-L Laag polymorfisme
div
Invoerbestandsindeling: \t \t \t Uitgang:
File Format:
\t \t \t [\t ]
-i Invoerbestand [stdin]
-o Uitvoerbestand [stdout]
-k
K_allele, min varianten om een nieuwe groep aan te maken [2]
-K
K_allel, deel ongeacht de frequentie wanneer het aantal varianten deze waarde overschrijdt
[50]
-f
Frequentie, min variantfrequentie om een nieuwe groep aan te maken [0.2]
samensmelten
Invoerbestandsindeling:
\t \t \t [\t ]
-i Invoer rbasm uitvoerbestand [stdin]
-a output assemblage
-o Uitvoerbestand voor samengevoegde contigs, één regel per cluster [stdout]
-N
Maximum aantal verdeelde clusters om samen te voegen [300]
-l
Minimale overlap bij het samenstellen van twee reads (alleen geldig als '-a' is geopend) [5]
-f
Minimumfractie van gelijkenis bij montage (alleen geldig als '-a' is geopend)
[0.90]
-r
Minimum aantal te assembleren reads (alleen geldig wanneer '-a' is geopend) [5]
-R
Maximaal aantal te assembleren reads (alleen geldig wanneer '-a' is geopend) [300]
Gebruik: regenboog [opties]
cluster
Invoerbestandsindeling: gekoppelde fasta/fastq-bestand(en) Uitvoerbestandsindeling:
\t \t \t
-1 Input fasta/fastq bestand, ondersteunt meerdere '-1'
-2 Voer fasta/fastq-bestand in, ondersteunt meerdere '-2' [null]
-l
Lees lengte, standaard: 0 variabele
-m
Maximale mismatches [4]
-e
Precies overeenkomende drempel [2000]
-L Laag polymorfisme
div
Invoerbestandsindeling: \t \t \t Uitgang:
File Format:
\t \t \t [\t ]
-i Invoerbestand [stdin]
-o Uitvoerbestand [stdout]
-k
K_allele, min varianten om een nieuwe groep aan te maken [2]
-K
K_allel, deel ongeacht de frequentie wanneer het aantal varianten deze waarde overschrijdt
[50]
-f
Frequentie, min variantfrequentie om een nieuwe groep aan te maken [0.2]
samensmelten
Invoerbestandsindeling:
\t \t \t [\t ]
-i Invoer rbasm uitvoerbestand [stdin]
-a output assemblage
-o Uitvoerbestand voor samengevoegde contigs, één regel per cluster [stdout]
-N
Maximum aantal verdeelde clusters om samen te voegen [300]
-l
Minimale overlap bij het samenstellen van twee reads (alleen geldig als '-a' is geopend) [5]
-f
Minimumfractie van gelijkenis bij montage (alleen geldig als '-a' is geopend)
[0.90]
-r
Minimum aantal te assembleren reads (alleen geldig wanneer '-a' is geopend) [5]
-R
Maximaal aantal te assembleren reads (alleen geldig wanneer '-a' is geopend) [300]
Gebruik bio-regenboog online met onworks.net-services