Dit is de opdracht bowtie-build die kan worden uitgevoerd in de gratis hostingprovider van OnWorks met behulp van een van onze meerdere gratis online werkstations zoals Ubuntu Online, Fedora Online, Windows online emulator of MAC OS online emulator
PROGRAMMA:
NAAM
bowtie-build - het bouwen van een kleurruimte-index voor bowtie
KORTE INHOUD
vlinderdas-opbouw [opties]*
PRODUCTBESCHRIJVING
referentie_in
door komma's gescheiden lijst met bestanden met ref-reeksen
ebwt_outfile_base
schrijf Ebwt-gegevens naar bestanden met deze map/basisnaam
OPTIES
-f referentiebestanden zijn Fasta (standaard)
-c referentiereeksen gegeven op cmd-regel (as )
--grote index
dwing de gegenereerde index om 'groot' te zijn, zelfs als ref minder dan 4 miljard heeft
nucleotiden
-C/--kleur
een kleurruimte-index bouwen
-a/--geenauto
automatisch uitschakelen -p//--bmax/--dcv geheugenaanpassing
-p/--Ingepakt
gebruik intern verpakte strings; langzamer, gebruikt minder geheugen
--bmax
max bucket sz voor blokgewijze achtervoegselarraybouwer
--bmaxdivn
max. bucketgrootte als deler van ref len (standaard: 4)
--dcv
diff-cover periode voor bloksgewijs (standaard: 1024)
--knikken schakel diff-cover uit (algoritme wordt kwadratisch)
-r/--noref
bouw geen .3/.4.ebwt-gedeelte (verpakte referentie).
-3/--jutref
bouw gewoon het .3/.4.ebwt-gedeelte (verpakte referentie).
-o/--offrate
SA wordt elke 2^offRate BWT-tekens bemonsterd (standaard: 5)
-t/--ftabchars
Aantal tekens verbruikt bij eerste zoekopdracht (standaard: 10)
--ntoa converteer Ns in verwijzing naar As
--zaad
zaad voor generator voor willekeurige getallen
-q/--rustig
uitgebreide uitvoer (voor foutopsporing)
-h/--helpen
druk een gedetailleerde beschrijving van het gereedschap en zijn opties af
--gebruik
print dit gebruiksbericht
--versie
versie-informatie afdrukken en afsluiten
64-bit Gebouwd op lgw01-11 do 26 november 11:11:03 UTC 2015 Compiler: gcc versie 5.2.1 20151123
(Ubuntu 5.2.1-25ubuntu1) Opties: -O3 -Wl,--hash-stijl=beide -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2
-fstack-beschermer-sterk -Wformaat -fout=formaat-beveiliging -g -O2 -fstack-beschermer-sterk
-Wformaat -fout=formaat-beveiliging -Wl,-Bsymbolische-functies -Wl,-z,relro Groottevan {int, lang,
lang lang, leegte*, size_t, off_t}: {4, 8, 8, 8, 8, 8}
Gebruik online bowtie-build met behulp van onworks.net-services
