Dit is de opdracht bowtie2-build die kan worden uitgevoerd in de gratis hostingprovider van OnWorks met behulp van een van onze meerdere gratis online werkstations zoals Ubuntu Online, Fedora Online, Windows online emulator of MAC OS online emulator
PROGRAMMA:
NAAM
bowtie2-build - verpakking voor bowtie2-build-*
KORTE INHOUD
vlinderdas2-build [opties]*
PRODUCTBESCHRIJVING
Bowtie 2 versie 2.2.6 door Ben Langmead ([e-mail beveiligd], www.cs.jhu.edu/~langmea)
referentie_in
door komma's gescheiden lijst met bestanden met ref-reeksen
bt2_index_base
schrijf bt2-gegevens naar bestanden met deze map/basisnaam
*** Bowtie 2-indexen werken alleen met v2 (niet v1). Hetzelfde geldt voor v1-indexen. ***
OPTIES
-f referentiebestanden zijn Fasta (standaard)
-c referentiereeksen gegeven op cmd-regel (as )
--grote index
dwing de gegenereerde index om 'groot' te zijn, zelfs als ref minder dan 4 miljard heeft
nucleotiden
-a/--geenauto
automatisch uitschakelen -p//--bmax/--dcv geheugenaanpassing
-p/--Ingepakt
gebruik intern verpakte strings; langzamer, minder geheugen
--bmax
max bucket sz voor blokgewijze achtervoegselarraybouwer
--bmaxdivn
max. bucketgrootte als deler van ref len (standaard: 4)
--dcv
diff-cover periode voor bloksgewijs (standaard: 1024)
--knikken schakel diff-cover uit (algoritme wordt kwadratisch)
-r/--noref
bouw geen .3/.4 indexbestanden
-3/--jutref
bouw gewoon .3/.4 indexbestanden
-o/--offrate
SA wordt elke 2^ bemonsterd BWT-tekens (standaard: 5)
-t/--ftabchars
Aantal tekens verbruikt bij eerste zoekopdracht (standaard: 10)
--zaad
zaad voor generator voor willekeurige getallen
-q/--rustig
uitgebreide uitvoer (voor foutopsporing)
-h/--helpen
druk een gedetailleerde beschrijving van het gereedschap en zijn opties af
--gebruik
print dit gebruiksbericht
--versie
versie-informatie afdrukken en afsluiten
Gebruik bowtie2-build online met behulp van onworks.net-services