circos - Online in de Cloud

PROGRAMMA:

NAAM

____ _
/ ___(_)_ __ ___ ___ ___
| | | | '__/ __/ _ \/ __|
| |___| | | | (_| (_) \__ \
\____|_|_| \____\__/|___/

ronde is goed

circos - genereer circulair samengestelde informatiegrafieken

KORTE INHOUD

# raad de locatie van het configuratiebestand
circussen

# gebruik specifiek configuratiebestand
circos -conf circos.conf [-stil]

# diagnose vereiste modules
circos-modules

# man-pagina
circus -man

# gedetailleerde foutopsporing voor codecomponenten
# zien http://www.circos.ca/documentation/tutorials/configuration/debugging
circos -debug_group GROUP1,[GROUP2,...]

# volledige foutopsporing
circos -debug_group _all

# configuratiedump van een blok (of blokboom) van
# alle parameters die overeenkomen met REGEXP (optioneel)
circos -cdump [BLOK1/[BLOK2/...]]{:REGEXP}

# overschrijvende configuratieparameters
circos -param afbeelding/straal=2000p -param ideogram/show=nr

# voor de lol - randomiseer alle kleuren in de afbeelding behalve voor
# KLEUR1 en KLEUR2
circos -willekeurige kleur KLEUR1,[KLEUR2,...]

PRODUCTBESCHRIJVING

Circos is voor het visualiseren van gegevens in een cirkelvormige lay-out, ideaal voor het verkennen van relaties
tussen objecten of posities. Er zijn nog andere redenen waarom een ​​cirkelvormige lay-out is
voordelig, niet in de laatste plaats het feit dat het aantrekkelijk is.

Circos is geen oplossing. Het is een hulpmiddel om visualisatieproblemen op te lossen. voor een gegeven
probleem, bent u er niet zeker van dat het gepast is.

Je hebt nauwkeurige controle over hoe elk gegevenselement wordt weergegeven, zodat je kunt matchen
opvallendheid tot relevantie.

CONFIGURATIE

Het is de bedoeling dat instellingen worden doorgegeven met behulp van een configuratiebestand in platte tekst. Dit bestand kan
handmatig of door een ander script gemaakt, waardoor Circos volledig geautomatiseerd kan worden.

Voor volledige documentatie, zie

L<http://www.circos.ca/documentation/tutorials>

Syntaxis
Configuratie is platte tekst en bestaat uit hiërarchische blokken. Sommige blokken, zoals
" zijn verplicht, terwijl anderen " zijn optioneel.

Raadpleeg de beknopte handleiding om aan de slag te gaan.

L<http://www.circos.ca/documentation/tutorials/quick_guide>

Een typisch configuratiebestand kan er als volgt uitzien:

# afbeeldingsgrootte en formaat

...


# positie en grootte van ideogrammen

...


# positie, type en formaat van datatracks


...

...


# kleuren, lettertypen en opvulpatronen
< >

# systeemparameters
< >

modulariteit
De "< > richtlijn importeert het ene configuratiebestand in het andere. Dit
facility helpt om configuratiebestanden modulair te houden.

Parameterdefinities die niet vaak veranderen, zoals kleur- en lettertypedefinities,
worden conventioneel geïmporteerd uit bestanden die zijn gevonden in enzovoort/ bij de distributie.

In de tutorials zul je zien dat de " en " blokken worden geïmporteerd in
het hoofdconfiguratiebestand. Omdat deze blokken behoorlijk groot kunnen worden, is het belangrijkste:
configuratiebestand is beter leesbaar als ze zijn gedegradeerd naar afzonderlijke bestanden.

Dwingend Met *
Gebruik het achtervoegsel "*" om een ​​parameter uit een bestand te overschrijven. het achtervoegsel
is vereist omdat meerdere definities van een parameter niet zijn toegestaan, behalve in gevallen
waarbij een parameter is, kan meer dan één waarde hebben.


# opgenomen bestand definieert 'radius'
< >
# dit zal de straalwaarde overschrijven
straal* = 2500p


Het achtervoegsel "*" kan worden herhaald om aan te geven welke waarde voorrang heeft in een blok.

straal = 1500p
straal* = 2500p
radius** = 3000p # dit exemplaar van radius wordt gebruikt

Dwingend Met commando Lijn
Elke configuratieparameter in een unieke bloknaam kan worden opgegeven op de opdrachtregel
gebruik

-param PATH/PARAM=waarde

Bijvoorbeeld


tonen = nee
...


-param ideogram/show=nee

en



standaard = 0.01r

...


-param ideogram/afstand/standaard=0.01r

. conf() wordt gebruikt in het configuratiebestand om de waarde van een parameter (any
parameter, niet alleen die ingesteld door -param), krijgt u een flexibel systeem voor het wijzigen van de
configuratie op de opdrachtregel.

soort = mens
karytotype = data/karyotype/karyotype.conf(soort).txt

-param soort=rat

Meerdere parameters kunnen opnieuw worden gedefinieerd, elk met zijn eigen "-param" vlag

-param show_ticks=no -param afbeelding/radius=2000p

Samenvoegen Blokken
Meerdere instanties van de volgende blokken worden automatisch samengevoegd: " ,
" , " , " , " , " , " en " .

Het doel hiervan is om u in staat te stellen om canonieke definities toe te voegen.

# dit bestand definieert standaard , en
< >

# toevoegen aan het kleurenblok

mijnkleur = 150,25,25

OPTIES

Configuratie
-configfile BESTAND
Naam van configuratiebestand. Dit is vereist.

Circos zal proberen de locatie van dit bestand te raden, zoekend naar "circos.conf" in
".", "..", en "../..".

uitgang Formaat
-png, -nopng
-svg, -nosvg
Schakelt de uitvoer van PNG- en SVG-bestanden in.

Beeld Elementen
-show_ticks, -noshow_ticks
-show_tick_labels, -noshow_tick_labels
Overschrijf de weergave van teken en hun labels. Deze worden beide meestal gedefinieerd in de
blok.

uitgang Paden
-uitvoerdir DIR, -dir DIR
-uitvoerbestand BESTAND, -bestand BESTAND
Wijzig de uitvoermap en bestandsnaam. Het BESTAND kan een pad bevatten.

Debugging
-debuggen
Schakel de basisuitvoer voor foutopsporing in. Rapporteert informatie van

afbeelding, io, laag, samenvatting, timer

foutopsporingsgroepen (zie hieronder).

-debug_group {+-}GROUP1,[{+-}GROUP2,...]
Schakel de foutopsporingsuitvoer in voor specifieke groepen. Voor een lijst met groepen, zie

L<http://www.circos.ca/documentation/tutorials/configuration/debugging>

Om een ​​groep toe te voegen aan de output prefix deze met +. Om het te verwijderen, met -.

# gebruik standaard foutopsporingsgroepen maar sluit laag en io uit
-debug -debug_group -laag, -io

# gebruik standaard foutopsporingsgroepen en voeg spaties toe
-debug -debug_group +afstand

# specificeer expliciet de groepen
-debug_group png,io,timer

Gebruik de vlag zonder argument om de groepen weer te geven die worden ondersteund

-debug_groep

-tijd
Rapporteer timinginformatie. Hetzelfde als -debug_group +timer

-stil
Geen rapportage genereren.

-paranoïde, -noparanoïde
Draai in paranoïde modus (standaard), of niet. De standaard voor deze instelling wordt gedefinieerd door:
'paranoïde' in etc/housekeeping.conf.

-waarschuwingen, -waarschuwingen
Waarschuwingen weergeven, of niet (standaard). De standaard voor deze instelling wordt gedefinieerd door:
'waarschuwingen' in etc/housekeeping.conf.

-fakeerror =item -fakeerror CAT =item -fakeerror ,ID =item -fakeerror CAT,ID
Nep een fout door het foutbericht voor categorie CAT en foutnaam-ID weer te geven. Indien
een of geen van beide zijn opgegeven, geeft aan welke fouten beschikbaar zijn.

Tenzij u echt geniet van het zien van foutmeldingen, zou er weinig reden voor u moeten zijn om
wil hier gebruik van maken.

Gebruik
-versie
Laat de versie zien.

-Help
Korte gebruiksoverzicht weergeven.

-Mens
Toon man-pagina.

gek doen Rond
-willekeurige kleur [kleur1,kleur2,...]
Maak de kleur van elk element in de afbeelding willekeurig, behalve een optionele lijst met
kleuren.

Om bijvoorbeeld de achtergrond wit te houden en alles wat zwart is,

-willekeurige kleur wit, zwart

Circos online gebruiken met onworks.net-services