clustalw - Online in de cloud

PROGRAMMA:

NAAM

clustalw - Meervoudige uitlijning van nucleïnezuur- en eiwitsequenties

KORTE INHOUD

geclusterd [-in bestand] bestand.ext [OPTIES]

geclusterd [-Help | -volledige hulp]

PRODUCTBESCHRIJVING

Clustal W is een universeel meervoudig uitlijningsprogramma voor DNA of eiwitten.

Het programma voert gelijktijdige uitlijning van vele nucleotide- of aminozuursequenties uit.
wordt meestal interactief uitgevoerd en biedt een menu en online help. Als u liever...
in de opdrachtregelmodus (batchmodus) moet u verschillende opties opgeven, waarvan het minimum is
-in bestand.

OPTIES

GEGEVENS (sequenties)
-infile=bestand.ext
Invoerreeksen.

-profiel1=bestand.ext en -profiel2=bestand.ext
Profielen (oude uitlijning)

WERKWOORDEN (doen dingen)
-opties
Geef de opdrachtregelparameters op.

-Help or -controleren
Beschrijf de parameters van de opdrachtregel.

-volledige hulp
Geef de volledige helpinhoud weer.

-uitlijnen
Voer een volledige meervoudige uitlijning uit.

-boom
Bereken de boomsoort NJ.

-pim
Uitvoerpercentage-identiteitsmatrix (tijdens het berekenen van de boom).

-bootstrap=n
Bootstrap een boom in New Jersey (n= aantal bootstraps; def. = 1000).

-overzetten
Geef de invoersequenties weer in een ander bestandsformaat.

PARAMETERS (set dingen)
Snel naar instellingen:
-interactief
Lees de opdrachtregel en open vervolgens de normale interactieve menu's.

-snelboom
Gebruik het FAST-algoritme voor de uitlijningsgidsboom.

-soort=
EIWIT or DNA sequenties.

-negatief
Eiwituitlijning met negatieve waarden in de matrix.

-uitvoerbestand=
Naam van het sequentie-uitlijningsbestand.

-uitvoer=
GCG, GDE, PHYLIP, PIR or NEXUS.

-uitvoervolgorde=
INVOER or UITGESTREKT

-geval
LAGER or UPPER (alleen voor GDE-uitvoer).

-volgnrs=
UIT or ON (alleen voor Clustal-uitvoer).

-seqnos_bereik=
UIT or ON (NIEUW: voor alle uitvoerformaten).

-bereik=m,n
Volgordebereik om te schrijven vanaf het begin m naar m+n.

-maxseqlen=n
Maximale toegestane invoersequentielengte.

-rustig
Verminder de console-uitvoer tot een minimum.

-statistieken=filet
Registreer enkele uitlijningsstatistieken om filet.

Snel paarsgewijs Uitlijningen:
-ktuple=n
Woordgrootte.

-topdiags=n
Aantal beste dia's.

-venster=n
Venster rondom beste diags.

-pairgap=n
Gap penalty.

- scoren
PROCENT or ABSOLUTE.

Langzaam paarsgewijs Uitlijningen:
-pwmatrix=
:Eiwitgewichtmatrix=BLOESEM, PAM, GONNET, ID or bestandsnaam

-pwdnamatrix=
DNA-gewichtmatrix=BLOESEMspiraaltje, BLOESEMCLUSTALW of BLOESEMbestandsnaam.

-pwgapopen=f
Straf voor opening van het gat.

-pwgapext=f
Gap-verlenging straf.

meervoudig Uitlijningen:
-nieuweboom=
Bestand voor nieuwe gidsboom.

-usetree=
Bestand voor oude geleideboom.

-matrix=
Eiwitgewichtmatrix =BLOESEM, PAM, GONNET, ID or bestandsnaam.

-dnamatrix=
DNA-gewichtmatrix=IUB, CLUSTALW or bestandsnaam.

-gapopen=f
Straf voor opening van het gat.

-gapext=f
Gap-verlenging straf.

-encaps
Geen pen voor scheiding van de eindspleet.

-gapdist=n
Pen voor scheiding van openingen. Bereik.

-nogap
Residu-specifieke gaten afgesloten.

-nohgap
Hydrofiele openingen gesloten.

-hgapresiduen=
Lijst hydrofiele res.

-maxdiv=n
Percentage identiteit voor vertraging.

-soort=
EIWIT or DNA

-transgewicht=f
Weging van overgangen.

-iteratie=
GEEN or BOOM or UITLIJNING.

-numerit=n
Maximaal aantal uit te voeren iteraties.

Profiel Uitlijningen:
-profiel
Voeg twee uitlijningen samen door middel van profieluitlijning.

-nieuweboom1=
Bestand voor nieuwe geleideboom voor profiel1.

-nieuweboom2=
Bestand voor nieuwe geleideboom voor profiel2.

-usetree1=
Bestand voor oude geleideboom voor profiel1.

-usetree2=
Bestand voor oude geleideboom voor profiel2.

Volgorde naar Profiel Uitlijningen:
-sequenties
Voeg profiel2-sequenties sequentieel toe aan profiel1-uitlijning.

-nieuweboom=
Bestand voor nieuwe gidsboom.

-usetree=
Bestand voor oude geleideboom.

Structuur Uitlijningen:
-neussecstr1
Gebruik geen secundair structuur-gap-strafmasker voor profiel 1.

-neussecstr2
Gebruik geen secundair structuur-gap-strafmasker voor profiel 2.

-secstrout=STRUCTUUR or MASK or BEIDE or GEEN
Uitvoer in uitlijningsbestand.

-helixgap=n
Gap penalty voor helixkernresten.

-strandgap=n
Gap penalty voor strengkernresten.

loopgap=n
Gap penalty voor lusregio's.

-terminalgap=n
Gap penalty voor structuur-eindpunten.

-helixendine=n
Aantal residuen binnen de helix dat als terminaal moet worden behandeld.

-helixendout=n
Aantal residuen buiten de helix dat als terminaal moet worden behandeld.

-strandendin=n
Aantal residuen in de streng dat als terminaal moet worden behandeld.

-strandendout=n
Aantal residuen buiten de streng dat als terminaal moet worden behandeld.

Bomen:
-uitvoerboom=nj OR philips OR dist OR band

-zaad=n
Seednummer voor bootstraps.

-kimura
Gebruik Kimura's correctie.

-gooien
Negeer posities met gaten.

-laarslabels=knooppunt
Positie van bootstrapwaarden in de boomweergave.

-clustering=
NJ of UPGMA.

Gebruik clustalw online met behulp van onworks.net-services