clusterw - Online in de cloud

PROGRAMMA:

NAAM

clusterw - Meervoudige uitlijning van nucleïnezuur- en eiwitsequenties

KORTE INHOUD

geclusterd [-in bestand] bestand.ext [OPTIES]

geclusterd [-Help | -volledige hulp]

PRODUCTBESCHRIJVING

Clustal W is een meervoudig uitlijningsprogramma voor algemeen gebruik voor DNA of eiwitten.

Het programma voert gelijktijdige uitlijning van veel nucleotide- of aminozuursequenties uit. Het
wordt meestal interactief uitgevoerd en biedt een menu en een online help. Als u liever gebruikt
het in opdrachtregelmodus (batch) uitvoert, moet u verschillende opties opgeven, met als minimum het aantal opties
-in bestand.

OPTIES

GEGEVENS (sequenties)
-inbestand=bestand.ext
Invoerreeksen.

-profiel1=bestand.ext en -profiel2=bestand.ext
Profielen (oude uitlijning)

WERKWOORDEN (doen dingen)
-opties
Maak een lijst van de opdrachtregelparameters.

-Help or -controleren
Geef een overzicht van de opdrachtregelparameters.

-volledige hulp
Voer volledige helpinhoud uit.

-uitlijnen
Voer een volledige meervoudige uitlijning uit.

-boom
Bereken de NJ-boom.

-pim
Uitvoerpercentage identiteitsmatrix (tijdens het berekenen van de boom).

-laarzentrap=n
Bootstrap een NJ-boom (n= aantal bootstraps; def. = 1000).

-overzetten
Voer de invoerreeksen uit in een ander bestandsformaat.

PARAMETERS (set dingen)
Algemeen instellingen:
-interactief
Lees de opdrachtregel en voer vervolgens normale interactieve menu's in.

-snelboom
Gebruik het FAST-algoritme voor de uitlijningsgidsboom.

-soort=
EIWIT or DNA sequenties.

-negatief
Eiwituitlijning met negatieve waarden in matrix.

-outfile=
Bestandsnaam voor sequentie-uitlijning.

-uitvoer=
GCG, GDE, PHYLIP, PIR or NEXUS.

-uitvoervolgorde=
INVOER or UITGESTREKT

-geval
LAGER or UPPER (alleen voor GDE-uitvoer).

-volgorde=
UIT or ON (alleen voor Clustal-uitvoer).

-seqnos_bereik=
UIT or ON (NIEUW: voor alle uitvoerformaten).

-bereik=m,n
Sequentiebereik om te beginnen met schrijven m naar m+n.

-maxseqlen=n
Maximaal toegestane invoervolgordelengte.

-rustig
Verminder de console-uitvoer tot een minimum.

-statistieken=filet
Log enkele uitlijningsstatistieken in filet.

Fast paarsgewijs Uitlijningen:
-ktuple=n
Woord grootte.

-topdiags=n
Aantal beste diags.

-venster=n
Venster rond de beste diags.

-paarafstand=n
Gap-penalty.

- scoren
PROCENT or ABSOLUTE.

Langzaam paarsgewijs Uitlijningen:
-pwmatrix=
:Eiwit gewichtsmatrix=BLOESEM, PAM, GONET, ID or bestandsnaam

-pwdnamatrix=
DNA-gewichtsmatrix=BLOESEMIUB, BLOESEMCLUSTALW of BLOESEMbestandsnaam.

-pwgaopen=f
Openingspenalty.

-pwgapext=f
Gap-verlenging straf.

meervoudig Uitlijningen:
-nieuweboom=
Bestand voor nieuwe gidsboom.

-gebruiksboom=
Bestand voor oude gidsboom.

-matrix=
Eiwitgewichtsmatrix=BLOESEM, PAM, GONET, ID or bestandsnaam.

-dnamatrix=
DNA-gewichtsmatrix=IUB, CLUSTALW or bestandsnaam.

-gaopen=f
Openingspenalty.

-gapext=f
Gap-verlenging straf.

-ingrijpt
Geen scheidingspen voor eindopeningen.

-gapdist=n
Gap-scheidingspen. bereik.

-geen opening
Residuspecifieke hiaten weg.

-nohgap
Hydrofiele hiaten weg.

-hgapresiduen=
Lijst hydrofiele res.

-maxdiv=n
Percentage identiteit voor vertraging.

-soort=
EIWIT or DNA

-transgewicht=f
Weging van overgangen.

-iteratie=
GEEN or BOOM or UITLIJNING.

-cijfer=n
Maximaal aantal uit te voeren iteraties.

Profiel Uitlijningen:
-profiel
Twee uitlijningen samenvoegen door profieluitlijning.

-nieuweboom1=
Bestand voor nieuwe gidsboom voor profiel1.

-nieuweboom2=
Bestand voor nieuwe gidsboom voor profiel2.

-gebruiksboom1=
Bestand voor oude gidsboom voor profiel1.

-gebruiksboom2=
Bestand voor oude gidsboom voor profiel2.

Volgorde naar Profiel Uitlijningen:
-sequenties
Voeg achtereenvolgens profiel2-reeksen toe aan profiel1-uitlijning.

-nieuweboom=
Bestand voor nieuwe gidsboom.

-gebruiksboom=
Bestand voor oude gidsboom.

Structuur Uitlijningen:
-neusecstr1
Gebruik geen secundair structuur-gap-strafmasker voor profiel 1.

-neusecstr2
Gebruik geen secundair structuur-gap-strafmasker voor profiel 2.

-secstrout=STRUCTUUR or MASK or BEIDE or GEEN
Uitvoer in uitlijnbestand.

-helixopening=n
Gap penalty voor helix kernresiduen.

-strandgap=n
Gap penalty voor residuen van strengkernen.

loopgap=n
Gap penalty voor lusregio's.

-terminalgap=n
Gap penalty voor structuuruiteinden.

-helixendin=n
Aantal residuen binnen de helix dat als terminaal moet worden behandeld.

-helixendout=n
Aantal residuen buiten de helix dat als terminaal moet worden behandeld.

-strandendin=n
Aantal residuen binnen de streng dat als terminaal moet worden behandeld.

-strandeinde=n
Aantal residuen buiten de streng dat als terminaal moet worden behandeld.

Bomen:
-uitvoerboom=nj OR philips OR dist OR band

-zaad=n
Zaadnummer voor bootstraps.

-kimura
Gebruik Kimura's correctie.

-gooigaten
Negeer posities met hiaten.

-bootlabels=knooppunt
Positie van bootstrap-waarden in boomweergave.

-clusteren=
NJ of UPGMA.

Gebruik clustalw online met behulp van onworks.net-services