cmtk-convertx - Online in de cloud

PROGRAMMA:

NAAM

convertx - Converteert tussen afbeeldingsbestandsformaten en gegevenstypen.

KORTE INHOUD

convertx [opties] infile outfile

PRODUCTBESCHRIJVING

Deze tool converteert tussen afbeeldingsbestandsformaten en pixelgegevenstypen. Het kan ook van toepassing zijn
eenvoudige, algemene beeldbewerkingen in het proces. Een willekeurig aantal bewerkingen
kan worden opgegeven op de opdrachtregel, die precies in de aangegeven volgorde wordt toegepast.

OPTIES

Globaal Toolkit Opties (deze zijn gedeeld by allen CMTK hulpmiddelen)
--help
Schrijf een lijst met basisopdrachtregelopties naar standaarduitvoer.

--Help iedereen
Schrijf een volledige lijst met basis- en geavanceerde opdrachtregelopties naar standaarduitvoer.

--wiki
Schrijf een lijst met opdrachtregelopties naar standaarduitvoer in MediaWiki-opmaak.

--Mens
Schrijf de man-paginabron in 'nroff'-opmaak naar standaarduitvoer.

--versie
Schrijf toolkitversie naar standaarduitvoer.

--echo
Schrijf de huidige opdrachtregel naar de standaarduitvoer.

--uitgebreid-niveau
Stel breedsprakigheidsniveau in.

--uitgebreid, -v
Verhoog het breedsprakigheidsniveau met 1 (verouderd; ondersteund voor achterwaartse compatibiliteit).

--draden
Stel het maximum aantal parallelle threads in (voor POSIX-threads en OpenMP).

Afbeelding/transformatie Database
--db
Pad naar de afbeeldings-/transformatiedatabase die moet worden bijgewerkt met de nieuw gemaakte
afbeelding. [Standaard: GEEN]

Invoer Beeld Controls
--set-opvulling
Opvulwaarde instellen: alle pixels in de invoerafbeelding die deze waarde hebben, worden genegeerd
bij alle volgende operaties.

--unset-opvulling
Niet-ingestelde opvulwaarde: voor alle volgende bewerkingen worden alle pixels behandeld
volgens hun waarde.

--etiketten
Geef op dat de afbeeldingswaarden moeten worden behandeld als afzonderlijke labels. Dit zal resulteren
in de juiste intentiecode die moet worden ingesteld in uitvoerbestanden in NIfTI-indeling.

--grijs
Geef op dat de afbeeldingswaarden moeten worden behandeld als continue grijsniveaus. Dit zal
reset de intentiecode in bestanden die zijn gelezen vanuit het NIfTI-formaat.

Data Type Camper ombouw
--char
8 bits, geheel getal met teken

--byte
8 bits, geheel getal zonder teken

--kort
16 bits, geheel getal met teken

--ukort
16 bits, geheel getal zonder teken

--in
32 bits geheel getal met teken

--uint
32 bits geheel getal zonder teken

--vlot
32 bits drijvende komma

--dubbele
64 bits drijvende komma

Waarde mappings
--kaart-waarden
Pas de mappingfunctie toe op pixelwaarden. In kaart brengen wordt gedefinieerd als
'VAL0[,VAL1,...][:NEWVAL]' om waarden VAL0, VAL1, enz. toe te wijzen aan de nieuwe waarde NEWVAL. Als
NEWVAL wordt niet opgegeven, waarden zijn ingesteld op opvulling.

--alleen kaartwaarden
Pas de mappingfunctie toe op pixelwaarden en vervang niet-toegewezen pixels door opvulling.
Meerdere van dergelijke toewijzingsregels kunnen worden samengevoegd als RULE0+RULE1[+...]; alle
aaneengeschakelde regels worden tegelijkertijd toegepast. Mapping is gedefinieerd als
'VAL0[,VAL1,...][:NEWVAL]' om waarden VAL0, VAL1, enz. toe te wijzen aan de nieuwe waarde NEWVAL. Als
NEWVAL wordt niet opgegeven, waarden zijn ingesteld op opvulling. Er kunnen meerdere van dergelijke toewijzingsregels zijn
samengevoegd als REGEL0+REGEL1[+...]; alle samengevoegde regels worden toegepast
tegelijk.

--vervang-opvulling
Vervang opgevulde pixelgegevens door de opgegeven waarde.

--vervang-inf-nan
Vervang alle oneindige en niet-een-aantal pixels door de opgegeven waarde.

Beeld Flipping
--flip-x
Omdraaien (spiegelen) in de x-richting

--flip-y
Omdraaien (spiegelen) in de y-richting

--flip-z
Omdraaien (spiegelen) in de z-richting

Beeld Maskeren en Drempel
--masker
Binaire maskerbestandsnaam: verwijder alle afbeeldingspixels waarbij het masker 0 is. Gemaskeerde pixels
wordt NIET op nul gezet, maar wordt in plaats daarvan vervangen door de momenteel ingestelde opvulling
waarde. Gebruik '--set-padding 0' vóór '--mask' om de instelling naar nul te forceren.

--masker-invers
Inverse binaire maskerbestandsnaam elimineert alle afbeeldingspixels waarbij het masker NIET 0 is. Zie
ook opmerkingen over opvulling onder '--mask' hierboven.

--dorsen-onder
Stel alle waarden onder de drempelwaarde in op drempelwaarde.

--dorsen-boven
Zet alle waarden boven de drempelwaarde op drempelwaarde.

--dors-onder-tot-opvulling
Stel alle waarden onder de drempelwaarde in op opvulwaarde.

--dorsen-boven-opvulling
Stel alle waarden boven de drempelwaarde in op opvulwaarde.

--binariseren-dorsen
Stel alle waarden onder de drempel in op 0, alle waarden gelijk aan of hoger op 1.

--otsu-dorsen
Binariseer de afbeelding naar 0/1 met behulp van de drempel berekend met de Otsu-methode. Argument is getal
van histogrambakken voor drempelberekening.

--otsu-thresh-nbins
Binarisatie met behulp van de Otsu-methode met door de gebruiker gedefinieerd aantal histogrambakken voor
drempelberekening.

--prune-histogram
Drempelbeeld door 'intensiteitshistogram-pruning', dwz voor gegeven argument n
[histogrambakken] bepalen drempels zodanig dat de 1/n-de fractie van de hoogste en
laagste voxels worden drempelwaarde.

--snoei-histogram-hoog
Zoals '--prune-histogrammen', maar alleen hoge intensiteiten verwijderen.

--prune-histogram-laag
Zoals '--prune-histogrammen', maar alleen lage intensiteiten verwijderen.

intensiteit Transformaties
--schaal-naar-bereik
Schaal de afbeeldingsintensiteiten zodat deze 'van:tot' bereiken, bijvoorbeeld '0:255' vóór de conversie naar byte
data.

--histogram-egalisatie
Pas histogram-equalisatie toe.

--histogram-equalisatie-nbins
Pas histogram-equalisatie toe met aantal bakken.

--match-histogrammen
Transformeer de intensiteiten zodat deze overeenkomen met de verdeling in de afbeelding die als argument is opgegeven
voor deze opdracht.

--match-gemiddelde-sdev
Schaal intensiteiten zodat ze overeenkomen met de gemiddelde en standaardverdeling van intensiteiten in de
afbeelding opgegeven als argument voor deze opdracht.

morfologisch Operations
--terugdraaien
Zet een binair masker terug, dwz wissel voorgrond en achtergrond uit.

--eroderen
Morfologische erosie-operator (per pixels)

--verwijden
Morfologische dilatatie-operator (per pixels)

--eroderen-afstand
Morfologische erosie-operator (op afstand). Vaak de voorkeur voor anisotrope gegevens.

--eroderen-afstand-multilabel
Morfologische erosie-operator (op afstand) voor kaarten met meerdere labels. Het resultaat zal zijn
byte, niet-ondertekende korte of niet-ondertekende int-gegevens, afhankelijk van de index van de
grootste gebruikte label in de invoer.

--dilatatie-afstand
Morfologische dilatatie-operator (op afstand). Vaak de voorkeur voor anisotroop
data.

--verbonden-componenten
Maak een verbonden componentenkaart met regio's genummerd door de componentgrootte te verkleinen

--grenskaart
Grenskaart maken

--multi-grenskaart
Creëer een grenskaart met meerdere waarden

--afstandskaart
Bereken een niet-ondertekende Euclidische afstandskaart. Invoerafbeelding wordt geïnterpreteerd als binair masker.

--ondertekende afstandskaart
Bereken ondertekend (binnen=negatief, buiten=positief) Euclidische afstandskaart

FILTER Operations
--mediaan-filter
Mediaan filter. Deze bewerking neemt de filterradius in pixels als parameter. A
één geheel getal definieert de kernelradius in alle drie dimensies. Drie komma-
gescheiden gehele getallen definiëren afzonderlijke stralen voor de drie dimensies.

--gemiddeld-filter
Regionaal gemiddelde filter. Deze bewerking neemt de filterradius in pixels als de
parameter. Eén enkel geheel getal definieert de kernelradius in alle drie dimensies. Drie
door komma's gescheiden gehele getallen definiëren afzonderlijke stralen voor de drie dimensies.

--snel-gemiddeld-filter
Regionaal gemiddelde filter (snelle, lineaire tijdimplementatie). Deze operatie duurt de
filterradius in pixels als parameter. Een enkel geheel getal definieert de kernelradius
in alle drie dimensies. Drie door komma's gescheiden gehele getallen definiëren afzonderlijke stralen voor de
drie dimensies.

--variantie-filter
Filter voor regionale variantie. Deze bewerking neemt de filterradius in pixels als de
parameter. Eén enkel geheel getal definieert de kernelradius in alle drie dimensies. Drie
door komma's gescheiden gehele getallen definiëren afzonderlijke stralen voor de drie dimensies.

--fast-variantie-filter
Snel (lineair) regionaal variantiefilter. Deze bewerking neemt de filterradius
in pixels als parameter. Eén enkel geheel getal definieert de kernelradius in alle drie
dimensies. Drie door komma's gescheiden gehele getallen definiëren afzonderlijke stralen voor de drie
dimensies.

--derde-moment-filter
Regionaal derde momentfilter. Deze bewerking neemt de filterradius in pixels als de
parameter. Eén enkel geheel getal definieert de kernelradius in alle drie dimensies. Drie
door komma's gescheiden gehele getallen definiëren afzonderlijke stralen voor de drie dimensies.

--standaardafwijkingsfilter
Filter voor regionale standaardafwijking. Deze bewerking neemt de filterradius in pixels
als parameter. Eén enkel geheel getal definieert de kernelradius in alle drie dimensies.
Drie door komma's gescheiden gehele getallen definiëren afzonderlijke stralen voor de drie dimensies.

--gladheid-filter
Regionaal 'gladheid'-filter. Deze bewerking neemt de filterradius in pixels als de
parameter. Eén enkel geheel getal definieert de kernelradius in alle drie dimensies. Drie
door komma's gescheiden gehele getallen definiëren afzonderlijke stralen voor de drie dimensies.

--gauss-filter-sigma
Filter afbeelding met Gaussische kernel. Voor deze bewerking is één enkele reële waarde vereist
parameter, die de kernelcoëfficiënt sigma specificeert in wereldeenheden [bijv. mm] as
de parameter.

--gauss-filter-fwhm
Filter afbeelding met Gaussische kernel. Voor deze bewerking is één enkele reële waarde vereist
parameter, die de volledige breedte van de kernel op half maximum specificeert in wereldeenheden
[bijvoorbeeld mm].

--laplace-filter
Filter afbeelding met randverbeterende Laplace-kernel.

Raster Operations
--downsample-select
Downsample afbeelding per pixelselectie met behulp van per-asfactoren 'Fx,Fy,Fz' of met behulp van single
factor 'Fxyz'

--downsample-gemiddelde
Downsampling van de afbeelding door middel van de per-asfactoren 'Fx,Fy,Fz' of door enkelvoudige factoren te gebruiken
factor 'Fxyz'

--herbemonsteren
Resample de afbeelding naar bijna-isotrope pixels terwijl het gezichtsveld van de afbeelding behouden blijft.
Er is één argument nodig: de doelresolutie in wereldeenheden [bijv. mm]

--resample-exact
Resample de afbeelding naar exact isotrope pixels met de opgegeven resolutie, terwijl u de
beeldveld zo goed mogelijk te benaderen. Er is één argument nodig: de doelresolutie
in wereldeenheden [bijv. mm]

--bijsnijden per index
Snijd de afbeelding bij tot een gebied dat wordt gespecificeerd door een set van zes rasterindexcoördinaten gegeven als
comma-separated integers x0,y0,z0,x1,y1,z1

--bijsnijden per drempel
Snijd de afbeelding bij tot een gebied bepaald via een bepaalde drempel. Het resulterende beeld zal
bevatten alle pixels die groter zijn dan de opgegeven parameter.

--crop-by-threshold-write-regio
Snijd de afbeelding bij tot een gebied dat is bepaald via een bepaalde drempelwaarde en schrijf het bijsnijdgebied naar
standaard uitvoer.

--crop-by-threshold-write-xform
Snijd de afbeelding bij tot een gebied bepaald via een bepaalde drempel en schrijf bijsnijden
transformatie naar standaarduitvoer.

AUTEURS

Torsten Rohlfing, met bijdragen van Michael P. Hasak, Greg Jefferis, Calvin R.
Maurer, Daniel B. Russakoff en Yaroslav Halchenko

Gebruik cmtk-convertx online met behulp van onworks.net-services