cmtk - Online in de cloud

PROGRAMMA:

NAAM

cmtk - de Computationele Morfometrie Toolkit

KORTE INHOUD

cmtk [opties]

PRODUCTBESCHRIJVING

Dit helperscript biedt uniforme toegang tot alle opdrachtregelhulpmiddelen van CMTK.
Specificeer de uit te voeren opdracht van CMTK en de bijbehorende opties. Zien cmtk- (1) manpagina of
output van cmtk --help voor specifieke opties

COMMANDO'S

eensegment
Registreer een doelafbeelding in een atlas, met behulp van affiene gevolgd door niet-stijve B-spline
registratie en formatteer vervolgens de atlaslabelkaart opnieuw naar de doelafbeelding.

asegment_sri24
Registreer vervolgens een doelbeeld op een geselecteerd kanaal van de SRI24 menselijke hersenatlas
herformatteer een van de atlaslabeltoewijzingen naar de doelafbeelding. Opmerking: er wordt aangenomen dat de
het doelbeeld is ontdaan van de schedel, dwz bevat alleen de hersenen.

gemiddelde_affine
Deze tool berekent het gemiddelde van een reeks van door de gebruiker verstrekte affiene coördinaten
transformaties.

gemiddelde_afbeeldingen
Deze tool berekent pixelgewijs gemiddelde, variantie, standaarddeviatie, z-score of
entropieafbeeldingen uit een lijst met door de gebruiker verstrekte intensiteitsafbeeldingen.

gemiddelde_labels
Gemiddelde co-geregistreerde labelafbeeldingen met gebruik van gedeeltelijke volumes

gem_adm
Bereken afbeeldingen met gemiddelde intensiteit en vervormingskaarten met een gemiddelde vorm met behulp van een actieve
vervormingsmodel.

concat_affine
Deze tool berekent de expliciete aaneenschakeling van meerdere affiene coördinaten
transformaties, die elk optioneel kunnen worden omgekeerd.

convert_warp
Deze tool converteert niet-stijve B-spline-vervormingscoördinaten met een vrij formaat
transformaties tussen verschillende representaties (bijv. absoluut versus relatief
vectoren). Creëert ook fractionele transformaties.

convertx
Deze tool converteert tussen afbeeldingsbestandsformaten en pixelgegevenstypen. Het kan ook van toepassing zijn
eenvoudige, algemene beeldbewerkingen in het proces. Een willekeurig aantal
bewerkingen kunnen worden opgegeven op de opdrachtregel, die precies in het
opdracht gegeven.

dbtool
Deze tool wijzigt en bevraagt ​​de database met afbeeldingen en transformaties ertussen
Hen.

dcm2afbeelding
Combineer sets DICOM-plakken tot 3D-beeldstapels

beschrijven
Deze tool drukt een gedetailleerde beschrijving van de invoerbestanden af ​​als afbeelding(en) of
transformatie(s).

ontdoen
Dit programma corrigeert streepartefacten in verworven beeldstapels die het gevolg kunnen zijn van
intensiteitsschaalverschillen tussen segmenten.

detect_adni_phantom
Deze tool detecteert de locaties van alle bolvormige oriëntatiepunten in een 3D-beeld van de
Magphan EMR051 structureel beeldfantoom (ook bekend als ADNI Phantom).

detect_spheres_matched_filter
Deze tool detecteert bolvormige objecten in driedimensionale afbeeldingen.

dof2mat
Converteer affiene transformatie van representatie van vrijheidsgraden naar matrixvorm

dwi_mask_bad_slices
Deze tool leest een reeks 3D-diffusiegewogen MR-beelden en vindt slechte plakjes. Een slechte
segment in een diffusiebeeld wordt gedetecteerd als een segment waarvan de gemiddelde intensiteit buiten a ligt
gespecificeerd interval rond het gemiddelde van de gemiddelden van alle overeenkomstige plakjes uit de
resterende diffusiebeelden.

epi-unwarp
Correcte door B0-veldinhomogeniteit geïnduceerde vervorming in echo-planaire beelden (bijv.
diffusiegewogen afbeeldingen) met behulp van twee afbeeldingen die zijn verkregen met tegengestelde fasecodering
routebeschrijving.

fib2afbeelding
Vezeltrackingresultaten van de UNC Fiber Tracking-tool worden gelezen vanuit standaardinvoer
en alle vezelpunten worden in een 3D-beeld getekend. Het resultaat wordt geschreven in een van de
ondersteunde afbeeldingsbestandsformaten.

fibxformulier
Er wordt uitgelezen uit een bestand met fibertrackingresultaten van de UNC Fiber Tracking-tool
Standaardinvoer en een of meer (aaneengeschakelde) coördinatentransformaties worden toegepast
naar alle vezelpuntcoördinaten. Het resultaat wordt naar standaarduitvoer geschreven, opnieuw in
UNC-vezelbestandsformaat.

film Deze tool splitst een geïnterleaved invoerbeeld in de pasbeelden, registreert ze mede,
en reconstrueert een bewegingsgecorrigeerd beeld

filter
Deze tool past ruimtelijke filteroperatoren toe, inclusief cnotent-gevoelig
operatoren, gebaseerd op selectieve Gaussische kernels.

fit_affine_dfield
Pas een lineaire affiene transformatie toe aan een niet-starre transformatie, ofwel een B-spline
vervorming in vrije vorm of een niet-parametrisch vervormingsveld.

fit_affine_xform
Pas een lineaire affiene transformatie toe aan een lijst met aaneengeschakelde, optioneel omgekeerde,
transformaties.

fit_affine_xform_landmarks
Pas een lineaire affiene transformatie toe op een reeks overeenkomende oriëntatiepunten.

fit_spline_dfield
Pas een parametrische niet-stijve transformatie (B-spline-vervorming in vrije vorm) toe op a
vervorming veld

fit_spline_xform
Pas een parametrische niet-stijve transformatie (B-spline-vervorming in vrije vorm) aan een lijst toe
van aaneengeschakelde, eventueel omgekeerde, transformaties.

fzicht

geomatch
Deze tool leest twee of meer afbeeldingen en test of hun rasterafmetingen, pixel
afmetingen en transformaties van beeld naar ruimte komen overeen. Optioneel zijn alle afbeeldingen aanwezig
geheroriënteerd naar de standaardoriëntatie voordat u de test uitvoert. Als alle afbeeldingen overeenkomen,
de tool keert terug met exitcode 0, anders keert hij terug met exitcode 2. In geval van
een fout (bijvoorbeeld een van de afbeeldingen kan niet worden gelezen), de afsluitcode is 1.

glm Statistische modellering van pixelintensiteiten in meerdere afbeeldingen met behulp van een General Linear
Model.

hmm Segmenteer een afbeelding in c-klassen met behulp van het EM-algoritme voor Gaussiaanse mengsels met
optionele priors.

gregxform
DIT GEREEDSCHAP IS AFGESCHERMD. GEBRUIK ALSTUBLIEFT streamxform.

groupwise_affine
Deze tool registreert gelijktijdig een populatie invoerafbeeldingen, zonder sjabloon,
met behulp van het 'stollings'-algoritme of een groepsgewijze gelijkheidsmaatstaf gebaseerd op a
continue onderlinge aanpassing van wederzijdse informatie ('RMI').

groepsgewijs_init
Bereken de initiële affiene uitlijning voor een groep invoerafbeeldingen, die kunnen worden gebruikt als een
invoer voor groepsgewijze registratie

groupwise_warp
Deze tool registreert niet-rigide tegelijkertijd een populatie invoerafbeeldingen, zonder een
sjabloon, waarbij gebruik wordt gemaakt van het 'stollings'-algoritme of een groepsgewijze gelijkenismaatstaf
gebaseerd op een continue benadering van wederzijdse informatie ('RMI').

hausdorf
Deze tool berekent de Hausdorff-afstand tussen twee labelafbeeldingen.

histogram
Maak een histogram van beeldintensiteiten en schrijf ernaar als door tabs gescheiden tekstbestand
standaard uitvoer

beeldwiskunde
Voer bewerkingen uit op afbeeldingen met behulp van op stapel gebaseerde postfix-notatie.

interleaved_bad_slices
Deze tool leest een tijdreeks van 3D-beelden en detecteert uitschieters.

iteratieve_vorm_gemiddelde

jib Deze tool splitst een geïnterleaved invoerbeeld in de pasbeelden, registreert ze mede,
en reconstrueert een bewegingsgecorrigeerd beeld

niveauset
Segmentatie van het niveauset-type van voorgrond/achtergrond met minimale regionale variantie
energie-niveau

lmsba
Deze tool combineert meerdere segmentaties met meerdere klassen van co-geregistreerde en
geherformatteerde atlassen met behulp van lokaal gewogen Shape-Based Averaging.

lsba Deze tool combineert meerdere binaire segmentaties van co-geregistreerd en opnieuw geformatteerd
atlassen met behulp van lokaal gewogen Shape-Based Averaging.

hou van
Deze tool combineert meerdere segmentaties van co-geregistreerde en opnieuw geformatteerde atlassen
gebruikmaken van lokaal gewogen stemmen.

make_initial_affine
Bereken de initiële affiene transformatie door massacentra of hoofdassen uit te lijnen

mat2dof
Converteer transformatiematrix naar vrijheidsgraden

mcaffine
Meerkanaals affiene beeldregistratie met behulp van histogram-gebaseerd of covariantie-gebaseerd
gezamenlijke entropiemaatregelen

mcwarp
Meerkanaals niet-starre B-spline-beeldregistratie met behulp van op histogram gebaseerde of
op covariantie gebaseerde gezamenlijke entropiemetingen

mk_adni_phantom
Genereer een afbeelding van het ADNI structurele beeldkalibratiefantoom (ook bekend als Magphan
EMR051).

mk_analyse_hdr
Maak een headerbestand volgens het Analzye 7.5-formaat op basis van door de gebruiker opgegeven parameters voor
geometrie, gegevenstype, oriëntatie, enz.

mk_nifti_hdr
Maak een headerbestand volgens het NIFTI-bestandsformaat op basis van door de gebruiker opgegeven parameters voor
geometrie, gegevenstype, oriëntatie, enz.

mk_phantom_3d
Genereer digitale 3D-fantoomafbeeldingen met behulp van een selectie tekenopdrachten

mrbias
Dit programma corrigeert intensiteitinhomogeniteitsartefacten in MR-beelden met behulp van een bias
veld geschat via entropieminimalisatie.

overlappen
Bereken overlapmaten tussen twee of meer afbeeldingen

sonde
Deze tool drukt pixelwaarden of symbolische labels af op een lijst met door de gebruiker aangeleverde afbeeldingen
coördinaten.

pxzoeken
Deze tool leest een afbeeldingsbestand, evenals een lijst met pixelcoördinaten van standaard
invoer. Voor elke pixel wordt een lokale buurt in de afbeelding doorzocht
maximale waarde. De locatie van het maximum wordt vervolgens naar de standaarduitvoer geschreven.

opnieuw formatterenx
Uitgebreide tool voor het opnieuw formatteren van volumes om opnieuw geformatteerde afbeeldingen en Jacobiaanse kaarten te berekenen
willekeurige reeksen van aaneengeschakelde transformaties

registratie
Dit programma voert een rigide en affiene beeldregistratie uit met behulp van meerdere resoluties
optimalisatie van voxel-gebaseerde beeldovereenkomstmetingen.

registratiex
Dit programma voert een rigide en affiene beeldregistratie uit met behulp van meerdere resoluties
optimalisatie van voxel-gebaseerde beeldovereenkomstmetingen.

regressie
Lineaire (en hogere orde polynoom) regressie van vervormingsvelden en afbeeldingen.

heroriënteren
Converteren tussen beeldoriëntaties, dwz de pixelarray fysiek opnieuw ordenen en aanpassen
opgeslagen anatomische oriëntatie-informatie

sba Gemiddelde segmentaties (labelvelden) met behulp van de Euclidische afstandstransformatie. Alle
invoerafbeeldingen moeten zich in dezelfde ruimte bevinden. EDT wordt ook in deze ruimte berekend. Zien
http://dx.doi.org/10.1109/TIP.2006.884936 voor details van het onderliggende algoritme.

sbai Gemiddelde segmentaties (labelvelden) met behulp van de Euclidische afstandstransformatie. Dit
tool voert gezamenlijke interpolatie en middeling uit door te interpoleren vanuit de EDT. Dit
vereist dat de invoer transformaties zijn van dezelfde vaste naar (niet noodzakelijkerwijs)
verschillende bewegende beelden. EDT-berekeningen worden uitgevoerd in de ruimte van elk bewegend beeld.
Bekijk http://dx.doi.org/10.1109/TIP.2006.884936 voor details over de onderliggende waarde
algoritme.

volgorde
Analyseer de reeks numerieke waarden, die wordt gelezen uit de standaardinvoer

gelijkenis
Bereken gelijkenismetingen zoals intensiteitsverschil of labeloverlappingen tussen
twee afbeeldingen.

spleet
Splits het volumebeeld in subafbeeldingen, dwz om tussengevoegde afbeeldingen in passages te scheiden

statistiek
Statistische berekeningen over beeldpixelintensiteiten, dwz gemiddelden en standaarden
afwijkingen

stream_pixels
Deze tool leest een of meer afbeeldingen en schrijft al hun pixels naar de standaarduitvoer in
binaire vorm. Optioneel kan elke afbeelding worden geheroriënteerd naar een gespecificeerde anatomische
oriëntatie en/of geconverteerd naar een ander gegevenstype. Dit is handig voor leidingen
beeldgegevens via een pijplijn, bijvoorbeeld de Camino DTI-toolkit.

streamxform
Een lijst met puntcoördinaten in ASCII-formaat wordt uit de standaardinvoer gelezen en een gebruikersinterface
op voorwaarde dat een reeks coördinatentransformaties (elk optioneel geïnverteerd) wordt toegepast
naar hen. De getransformeerde punten worden vervolgens naar standaarduitvoer geschreven.

sympl
Bereken bij benadering het symmetrievlak van een afbeelding om bijvoorbeeld de
middensagittaal vlak in afbeeldingen van menselijke hersenen. Er worden verschillende vormen van uitvoer ondersteund,
bijvoorbeeld het schrijven van de invoerafbeelding met het symmetrievlak erin getekend, of de invoer
afbeelding opnieuw uitgelijnd langs het symmetrievlak.

sympx
Bereken bij benadering het symmetrievlak van een afbeelding om bijvoorbeeld de
middensagittaal vlak in afbeeldingen van menselijke hersenen. Er worden verschillende vormen van uitvoer ondersteund,
bijvoorbeeld het schrijven van de invoerafbeelding met het symmetrievlak erin getekend, of de invoer
afbeelding opnieuw uitgelijnd langs het symmetrievlak.

test
Pixelwise-tests van statistische significantie. Bereken ook correlaties en z-scores

ongesplitst
Voeg afzonderlijke afbeeldingsstapels samen tot één interleaved afbeeldingsvolume

unwarp_image_phantom
Deze tool berekent een polynoomtransformatie of een vrije vorm met een B-spline
vervorming om een ​​beeld te ontwarren. De transformatie is gebaseerd op verwacht en gedetecteerd
oriëntatiepunten in een afbeelding van een structureel fantoom verkregen op dezelfde scanner. Gebruik de
'detect_adni_phantom' tool om oriëntatiepunten van de ADNI Phantom in een afbeelding te detecteren en
genereer een fantoombeschrijvingsbestand dat geschikt is voor gebruik met deze tool.

vol2csv
Deze tool berekent de volumes van regio's in een labelafbeelding. Het accepteert optioneel
dichtheidskaarten (bijvoorbeeld voor verschillende weefsels) en berekent en drukt de gegevens per regio af
inhoud voor elk. Ook kan de tool een optionele 'pixelvolume'-kaart accepteren
voor lokale variaties in het pixelvolume, bijvoorbeeld als gevolg van ruimtelijke vervorming.

volume_injectie
Reconstructie van een volume met hoge resolutie uit meerdere co-geregistreerde (lage resolutie)
beelden met behulp van voorwaartse volume-injectie

volume_reconstructie
Iteratieve volumereconstructie uit gecoregistreerde beelden met behulp van inverse interpolatie
of gezamenlijke ontvaging

vtkxformulier
Een VTK-bestand in ASCII-indeling wordt gelezen uit standaardinvoer en een door de gebruiker verstrekte coördinaat
transformatie (optioneel omgekeerd) wordt toegepast op de hoekpuntcoördinaten. Een VTK
bestand met getransformeerde punten wordt vervolgens naar standaarduitvoer geschreven.

kromtrekken Dit programma voert een niet-starre beeldregistratie uit met behulp van optimalisatie met meerdere resoluties
van op voxel gebaseerde metingen van beeldovereenkomst en een B-spline met meerdere resoluties
transformatiemodel.

warp2ps
Schrijf vervormingsveld als vervormd raster in PostScript-formaat voor visualisatie en
Illustratie

warpx
Dit programma voert een niet-starre beeldregistratie uit met behulp van optimalisatie met meerdere resoluties
van op voxel gebaseerde metingen van beeldovereenkomst en een B-spline met meerdere resoluties
transformatiemodel.

xform2dveld
Converteer parametrische rigide of niet-rigide transformatie naar vervormingsveld, bemonsterd op
pixellocaties van een bepaald referentiebeeld

xform2itk
Deze tool converteert coördinatentransformaties van CMTK-formaat naar ITK-formaat en, in
het proces, ook corrigeren voor verschillen in beeldcoördinatenconventies

xform2scalair
Deze tool extraheert scalaire metingen uit transformaties en vervormingsvelden,
bemonsterd op rasterlocaties en schrijft de resultaten naar een afbeelding. Voorbeelden van ondersteund
scalaire maten zijn: x,y,z component van de transformatie, omvang van de
transformatie en Jacobiaanse determinanten.

AUTEURS

Torsten Rohlfing, met bijdragen van Michael P. Hasak, Greg Jefferis, Calvin R.
Maurer, Daniel B. Russakoff en Yaroslav Halchenko

Gebruik cmtk online met behulp van onworks.net-services