Dit is de opdracht coverageCount die kan worden uitgevoerd in de gratis hostingprovider van OnWorks met behulp van een van onze meerdere gratis online werkstations zoals Ubuntu Online, Fedora Online, Windows online emulator of MAC OS online emulator
PROGRAMMA:
NAAM
coverageCount - het tellen van de dekking van in kaart gebrachte uitlezingen op elke locatie over het geheel
referentie genoom
PRODUCTBESCHRIJVING
dekkingCount Versie 1.5.0-p1
Dit programma berekent de dekking van in kaart gebrachte uitlezingen op elke locatie op
het referentiegenoom. Het genereert een binair bestand voor elk chromosoom door de
dekkingsniveaus als gehele getallen van 4 bytes.
Gebruik
dekkingCount [opties] -i -o
Vereiste argumenten:
-i
Naam van het invoerbestand in SAM- of BAM-indeling.
-o
Voorvoegsel van de uitvoerbestanden. Elk uitvoerbestand bevat gehele getallen van vier bytes
Optionele argumenten:
--maxMOp Maximaal aantal 'M'-bewerkingen toegestaan in een CIGAR-tekenreeks.
10 standaard. Zowel 'X' als '=' worden behandeld als 'M' en aangrenzende 'M'-bewerkingen worden behandeld
samengevoegd in de CIGAR-string.
dekkingCount Versie 1.5.0-p1
Dit programma berekent de dekking van in kaart gebrachte uitlezingen op elke locatie op
het referentiegenoom. Het genereert een binair bestand voor elk chromosoom door de
dekkingsniveaus als gehele getallen van 4 bytes.
Gebruik
dekkingCount [opties] -i -o
Vereiste argumenten:
-i
Naam van het invoerbestand in SAM- of BAM-indeling.
-o
Voorvoegsel van de uitvoerbestanden. Elk uitvoerbestand bevat gehele getallen van vier bytes
Optionele argumenten:
--maxMOp Maximaal aantal 'M'-bewerkingen toegestaan in een CIGAR-tekenreeks.
10 standaard. Zowel 'X' als '=' worden behandeld als 'M' en aangrenzende 'M'-bewerkingen worden behandeld
samengevoegd in de CIGAR-string.
Gebruik coverageCount online met behulp van onworks.net-services
