Dit is de opdracht create_matrix die kan worden uitgevoerd in de gratis hostingprovider van OnWorks met behulp van een van onze meerdere gratis online werkstations zoals Ubuntu Online, Fedora Online, Windows online-emulator of MAC OS online-emulator
PROGRAMMA:
NAAM
create_matrix - bereken de gelijkenismatrix van de genoomabundantie
KORTE INHOUD
maak_matrix [opties] NAMEN
PRODUCTBESCHRIJVING
Bereken de gelijkenismatrix.
Eerst wordt voor elk referentiegenoom een reeks leesbewerkingen gesimuleerd met behulp van een leessimulator van
core/tools.py gespecificeerd via -s. Ten tweede worden de gesimuleerde uitlezingen van elke soort in kaart gebracht
tegen alle referentiegenomen met behulp van de mapper gespecificeerd met -m. Ten derde, het resultaat
SAM-bestanden worden geanalyseerd om de gelijkenismatrix te berekenen. De gelijkenismatrix wordt opgeslagen
als een numpy-bestand (-o).
OPTIES
NAMEN Bestandsnaam van het namenbestand; het bestand met platte tekstnamen moet één naam per naam bevatten
lijn. De naam wordt gebruikt als identificatie in het hele algoritme.
-h, --help
toon dit helpbericht en sluit af
-s SIMULATOR, --simulator=SIMULATOR
Identificatie van leessimulator gedefinieerd in core/tools.py [standaard: geen]
-r REF, --verwijzing=REF
Referentievolgordebestandspatroon voor de leessimulator. Tijdelijke aanduiding voor de naam is
"%S". [standaard: ./ref/%s.fasta]
-m KAARTER, --toewijzer=KAART
Identificatie van mapper gedefinieerd in core/tools.py [standaard: geen]
-i INHOUDSOPGAVE, --inhoudsopgave=INDEX
Referentie-indexbestanden voor de read mapper. Tijdelijke aanduiding voor de naam is "%s".
[standaard: ./ref/%s.fasta]
-t TEMP, --temp=TEMP
Directory om tijdelijke gesimuleerde datasets en SAM-bestanden op te slaan. [standaard: ./temp]
-o UIT, --uitvoer=OUT
Uitvoer gelijkenismatrixbestand. [standaard: ./similarity_matrix.npy]
Gebruik create_matrix online met behulp van onworks.net-services
