dcm2mnc - Online in de cloud

PROGRAMMA:

NAAM

dcm2mnc - converteer sets DICOM-bestanden naar een of meer bestanden in MINC-formaat.

KORTE INHOUD

dcm2mnc [ ]

dcm2mnc -Help

PRODUCTBESCHRIJVING

De dcm2mnc opdracht wordt gebruikt om bestanden in DICOM-indeling naar MINC-indeling te converteren.

Het DICOM-formaat (Digital Imaging and Communications in Medicine) wordt door veel leveranciers van
medische beeldvormingsapparatuur als standaardmiddel voor gegevensuitwisseling. De DICOM
specificatie is uiterst complex en omvat protocollen voor gegevensuitwisseling en
communicatie en de details van het gegevensformaat. In de meeste gevallen tientallen of zelfs
honderden DICOM-bestanden moeten worden gecombineerd om één MINC-bestand te produceren.

Bij normaal gebruik is de invoerlijst zal bestaan ​​uit de namen van een of meer bestanden of
mappen. Het programma scant alle opgegeven invoerbestanden en mappen en probeert dit te doen
identificeer groepen bestanden die moeten worden gecombineerd tot één MINC-bestand. Zodra deze
groepen (of "reeksen") DICOM-bestanden worden geïdentificeerd, analyseert het programma de gegevens voor elk
reeksen en pogingen om de juiste geometrie en aanvullende informatie te bepalen
opgenomen in het MINC-bestand.

Als alles goed gaat, worden er een of meer MINC-bestanden aangemaakt in een of meer submappen
gemaakt in de opgegeven map uitvoer-dir. Deze mappen en bestanden zullen
automatisch benoemd op basis van de naam van de patiënt, de acquisitiedatum, acquisitie
tijd, reeksidentificatie en modaliteit.

Om uiteenlopende redenen hebben fabrikanten van medische beeldvorming ervoor gekozen een aantal te implementeren
van eigen extensies voor het DICOM-formaat. Dit programma probeert heel algemeen te zijn,
maar het doet wat extra controle op specifieke propriëtaire velden waar dit nuttig of nodig is.
Naarmate de apparaatinstellingen echter veranderen en de software wordt bijgewerkt, kunnen de precieze details van de
DICOM-uitvoer voor een bepaald apparaat kan verschuiven. Verschillende apparaten van dezelfde fabrikant
kan aanzienlijk verschillende DICOM-uitvoer produceren.

OPTIES

Houd er rekening mee dat opties in verkorte vorm kunnen worden opgegeven (zolang ze uniek zijn) en
kan overal op de opdrachtregel worden gegeven.

uitgang filet opties

-klodder
Bestaande bestanden overschrijven. Standaard, dcm2mnc zal niet over een bestaande heen schrijven
bestand.

-anoniem Sla de patiëntnaam niet op in het MINC-bestand. De string "anoniem" zal zijn
in plaats daarvan gebruikt. Houd er rekening mee dat alle andere identificerende informatie nog steeds wordt opgeslagen in
het bestand.

-geen split-echo
Splits echo's niet op in afzonderlijke bestanden. Als er meerdere echo's aanwezig zijn in a
serie, worden ze allemaal opgeslagen in één enkel MINC-bestand met de dimensie genaamd
"echo".

-splitdynamisch
Splits dynamische scans in afzonderlijke bestanden. Normaal gesproken worden dynamische scans opgeslagen in een
enkel MINC-bestand met een "tijd" -dimensie. Als deze optie is opgegeven, elke keer
segment wordt in een apart bestand opgeslagen.

-fnaam
Stel het formaat van de uitvoerbestandsnaam in. Zie de sectie BESTANDSNAMEN voor meer informatie hierover
optie.

-dnaam
Stel het formaat van de naam van de uitvoersubmap in. Zie de sectie BESTANDSNAMEN voor details
op deze optie. Stel dit in op de lege string om te voorkomen dat er een submap wordt gemaakt.

Siemens mozaïek specifiek opties

Deze twee opties bepalen de manier waarop Siemens-mozaïekgegevens worden geconverteerd. Siemens
scanners vertegenwoordigen fMRI-gegevens gewoonlijk als een "mozaïek" van subafbeeldingen gecombineerd tot één
groot beeld. Normaal gesproken zijn deze in wat wij "oplopende" volgorde noemen, maar als u functioneel bent
afbeelding niet correct is geconverteerd, moet u mogelijk een van deze opties opgeven. Let daar op
de mozaïekvolgorde is vaak niet hetzelfde als de plakverwervingsvolgorde.

-aflopend
De mozaïekafbeelding wordt in aflopende volgorde opgeslagen.

-tussenschoten
Het mozaïekbeeld wordt in afwisselende (oneven/even) volgorde opgeslagen.

Overige opties

-standaard Deze optie vertelt dcm2mnc om een ​​lijst met invoerbestanden van de standaardinvoer in te lezen
aanvulling op alle bestanden die op de opdrachtregel zijn opgegeven.

- cmd
Deze optie zal de gegeven commandoreeks toepassen op elk uitvoerbestand nadat het is gemaakt
gemaakt. Kan worden gebruikt om bijvoorbeeld gzip uit te voeren of te comprimeren op elk uitvoerbestand.

-min max

Gebruik de waarden voor de grootste en kleinste pixelwaarde zoals opgeslagen in de DICOM
bestand. Dit is vooral handig bij GE PET-gegevens, maar kan nodig zijn om een
kwantitatief nauwkeurige conversie met andere fabrikanten. Als deze optie dat niet is
gespecificeerd. .B dcm2mnc gebruikt het volledige bereik van het gegevenstype zoals gespecificeerd door de
aantal bits opgeslagen per voxel (veld # 0028,0101). Wanneer deze optie is
opgegeven, worden de 0028,0106 en 0028,0107 gebruikt om het geldige bereik van
pixels.

-lijst Geef bestanden in series weer, maar voer geen conversie uit. Soms handig voor
het verifiëren van de geldigheid van een dataset, en voor het debuggen van problemen ermee dcm2mnc.

-uitgebreid
Uitgebreide bediening. Drukt een grote hoeveelheid aanvullende informatie af over de
werking van het programma. Deze informatie kan waarschijnlijk alleen door iemand worden geïnterpreteerd
bekend met zowel dit programma als de DICOM-standaard.

-debuggen Zeer uitgebreide bediening. Drukt een enorme hoeveelheid aanvullende informatie af over
de werking van het programma. Deze informatie kan waarschijnlijk alleen worden geïnterpreteerd door
iemand die bekend is met zowel dit programma als de DICOM-standaard.

-gebruik coördinaten
Deze optie vereist dat de conversie afhankelijk is van de segmentcoördinaten in plaats van
de standaard DICOM-velden voor plakdikte en -afstand. Het is handig als voor
om de een of andere reden zijn de standaard DICOM-velden voor plakdikte en -afstand dat wel
niet correct.

-opt
Dit is een privéoptie die alleen bedoeld is voor foutopsporingsdoeleinden. Vermijd het gebruik
het.

Algemeen opties besteld, allen commando's

-Help Overzicht van opdrachtregelopties afdrukken en afbreken

-versie
Druk de programma- en bibliotheekversies af en stop

BESTANDSNAMEN

Om naambotsingen te voorkomen bij het converteren van een grote set invoer-DICOM-bestanden naar een kleiner
set MINC-uitvoerbestanden, dcm2mnc genereert automatisch de namen van uitvoerbestanden
volgens verschillende parameters van de DICOM-bestandsinformatie. Het normale gedrag is om
plaats alle uitvoerbestanden in een submap van de gegeven uitvoermap die dat wel heeft
de naam is als volgt afgeleid van de naam van de patiënt en de onderzoeksdatum en -tijd:

patiëntnaam_jjjjmmdd_uummss/

De individuele bestanden worden benoemd op basis van de naam van de patiënt, de onderzoeksdatum en -tijd, en de reeksen
identificatie- en modaliteitsinformatie als volgt:

patiëntnaam_jjjjmmdd_hhmmss_series_scan_modality.mnc

De optionele scaninformatie omvat het echonummer ('bijv '), segmentnummer ('sl '),
tijdreekspositie ('d '), fasenummer ('p '), of chemische verschuiving ('cs ').

De optionele modaliteitsinformatie bestaat uit de tekenreeks "_pet" of "_mri". Nee
voor niet-herkende modaliteiten wordt een achtervoegsel toegevoegd.

De -fnaam en -dnaam Met opdrachten kan de gebruiker de standaard bestandsnaamgeving overschrijven
gedrag door alternatieve uitvoermap- en bestandsformaten op te geven. De argumenten om
deze opties zijn sjabloontekenreeksen die worden uitgebreid met informatie uit de
DICOM-reeksen op gespecificeerde locaties. Vervangingen worden aangegeven met een '%'-teken
gevolgd door één enkel alfabetisch teken, als volgt:

%N - Naam van de patiënt
%D - Datum van scan
%T - Tijd van scannen
%S - Onderzoeks-ID (meestal 'jjjjmmdd.hhmmss')
%A - Acquisitie- of serie-ID
%s - Optioneel segmentlabel
%e - Optioneel echonummer
%t - Optioneel dynamisch scannummer
%p - Optioneel fasenummer
%c - Optioneel chemische verschuivingsnummer
%m - Optionele modaliteit

De standaard bestandsnaamconventie wordt daarom gegeven door de formatstring:

%N_%D_%T_%A%s%e%t%p%c%m

en de standaardmapnaam wordt gegeven door de formatstring:

%N_%D_%T

Als u wilt voorkomen dat er een submap wordt aangemaakt, kunt u dit doen door een string met lengte nul op te geven
als argument voor de -dnaam optie:

dcm2mnc -dname ´´ bestandsnamen...

AUTEURS

Peter Neelin en Richard D. Hoge

Richt alle klachten en vragen aan Robert Vincent ([e-mail beveiligd])

Gebruik dcm2mnc online met behulp van onworks.net-services