Dit is de opdracht diffseqe die kan worden uitgevoerd in de gratis hostingprovider van OnWorks met behulp van een van onze meerdere gratis online werkstations zoals Ubuntu Online, Fedora Online, Windows online emulator of MAC OS online emulator
PROGRAMMA:
NAAM
diffseq - Vergelijk en rapporteer kenmerken van twee vergelijkbare reeksen
KORTE INHOUD
verschilq -een sequentie volgorde -volgorde volgorde -woordgrootte geheel getal
[-mondiale verschillen boolean] -uitbestand verslag -overtreffen prestatie -gevecht prestatie
verschilq -Help
PRODUCTBESCHRIJVING
verschilq is een commandoregelprogramma van EMBOSS (“the European Molecular Biology Open
Softwaresuite”). Het maakt deel uit van de opdrachtgroep(en) "Uitlijning: Verschillen".
OPTIES
Invoer sectie
-een sequentie volgorde
-volgorde volgorde
Nodig sectie
-woordgrootte geheel getal
De vergelijkbare gebieden tussen de twee reeksen worden gevonden door een hashtabel te maken
'woordgrootte' subreeksen. 10 is een redelijke standaard. Deze waarde groter maken (20?)
kan het programma enigszins versnellen, maar zal betekenen dat er twee verschillen binnen zijn
'woordgrootte' van elkaar worden gegroepeerd als een enkel verschilgebied. Deze waarde
kan kleiner worden gemaakt (4?) om de resolutie van nabijgelegen verschillen te verbeteren, maar de
programma zal veel langzamer gaan. Standaardwaarde: 10
Extra sectie
-mondiale verschillen boolean
Normaal gesproken zal dit programma identiteitsgebieden vinden die de lengte hebben van de
opgegeven woordgrootte of groter en rapporteert vervolgens de verschilgebieden daartussen
deze overeenkomende regio's. Dit werkt goed en is wat de meeste mensen willen als ze dat zijn
werken met lange overlappende nucleïnezuursequenties. Meestal ben je niet geïnteresseerd
in de niet-overlappende uiteinden van deze reeksen. Als je eiwitsequenties hebt of kort
Maar bij RNA-sequenties zul je geïnteresseerd zijn in de verschillen aan de uiteinden. Het
deze optie is ingesteld op waar, dan worden de verschillen aan de uiteinden ook gerapporteerd.
Standaardwaarde: N
uitgang sectie
-uitbestand verslag
-overtreffen prestatie
Bestand voor uitvoer van de functies van de eerste reeks. Standaardwaarde: $(asequence.name).diffgff
-gevecht prestatie
Bestand voor uitvoer van de functies van de tweede reeks. Standaardwaarde: $(bsequence.name).diffgff
Gebruik diffseqe online met behulp van onworks.net-services
