disulfinder - Online in de cloud

PROGRAMMA:

NAAM

disulfinder - cysteïnes disulfide bindingstoestand en connectiviteitsvoorspeller

KORTE INHOUD

disulfinder [OPTIES]

PRODUCTBESCHRIJVING

'disulfinder' is voor het voorspellen van de disulfidebindingstoestand van cysteïnes en hun
disulfide connectiviteit vanaf sequentie alleen. Disulfidebruggen spelen een grote rol
in de stabilisatie van het vouwproces voor verschillende eiwitten. Voorspelling van disulfide
bruggen van sequentie alleen is daarom nuttig voor de studie van structurele en functionele
eigenschappen van specifieke eiwitten. Bovendien, kennis over de disulfidebindingstoestand
van cysteïnes kan helpen bij het bepalen van de experimentele structuur en kan nuttig zijn
in andere genomische annotatietaken. 'disulfinder' voorspelt disulfidepatronen in twee
computationele stadia: (1) de disulfidebindingstoestand van elke cysteïne wordt voorspeld door a
BRNN-SVM binaire classificatie; (2) cysteïnes waarvan bekend is dat ze deelnemen aan de vorming
van bruggen worden gekoppeld door een recursief neuraal netwerk om een ​​verbindingspatroon te verkrijgen.

REFERENTIES

A. Ceroni, A. Passerini, A. Vullo en P. Frasconi. DISULFIND: een disulfidebindingstoestand
en Cysteine ​​Connectivity Prediction Server, Nucleic Acids Research, 34 (webserver)
uitgave): W177-W181, 2006.

Zie voor de voorspeller van de disulfideconnectiviteit:

A. Vullo en P. Frasconi. Disulfide-connectiviteitsvoorspelling met recursieve neurale
Netwerken en evolutionaire informatie, bio-informatica, 20, 653-659, 2004.

Zie voor de voorspeller van de cysteïnebindingstoestand:

P. Frasconi, A. Passerini en A. Vullo. Een tweetraps SVM-architectuur voor het voorspellen van de
Disulfidebindingstoestand van cysteïnes, Proc. IEEE Workshop over neurale netwerken voor signaal
Verwerking, pp.25-34, 2002.
A.Ceroni, P.Frasconi, A.Passerini en A.Vullo. Het voorspellen van de disulfidebindingstoestand van
Cysteïnes met combinaties van kernelmachines, Journal of VLSI Signal Processing, 35,
287-295, 2003.

OPTIES

-a, --alternatieven=NUMMER
alternatieve verbindingspatronen (standaard=3)

-o, --uitvoer=DIR
output dir waar voorspellingen worden opgeslagen (default=$PWD)

-p, --psi2=BESTAND|DIR
invoer in psi2-formaat (PSI-BLAST Matrix in ASCII), ofwel een enkel bestand of een
map (?). Genereer dit met "blastpgp -j -Q BESTAND" waarbij N >= 2.

-r, --rootdir=DIR
werkmap (standaard=~/disulvinder)

-k, --pkgdatadir=DIR
pakketgegevensmap met modellen (default=/usr/share/disulfinder)

-F, --format={html|ascii}
type uitvoerformaat (default=ascii)

-d --blastdb=DIR
blastpgp -d optie (standaard=/data/sp+trembl)

-c, --cleanpred
tussentijdse voorspellingsbestanden opschonen (default=false)

-P, --usepsm
gebruik pssm in plaats van tellingen voor profielen (default=false)

-C, --bekende bindingsstatus
neem aan dat de bindingsstatus bekend is (één bestand voor elke keten in de directory)
/Voorspellingen/Bondstate/Viterbi) (default=false)

-v, --versie
disulfinder-versie

-?, --helpen
helpscherm

Voorbeelden

"disulfinder -a 1 -p /usr/share/doc/disulfinder/examples/res_id_41483.blastPsiMatTmb -o
./disulfinder_results_dir"

Gebruik disulfinder online met onworks.net-services