Dit is de opdracht efetch die kan worden uitgevoerd in de gratis hostingprovider van OnWorks met behulp van een van onze meerdere gratis online werkstations zoals Ubuntu Online, Fedora Online, Windows online emulator of MAC OS online emulator
PROGRAMMA:
NAAM
fetch - haal items op uit sequentiedatabases.
KORTE INHOUD
halen -opties [databank:]
PRODUCTBESCHRIJVING
Eind jaren 90 was fetch een zeer populaire tool om extreem snel items uit op te halen
de meest voorkomende openbare bioinformatica-reeks- en motiefdatabases.
DATABANKEN
SWissprot/SP, PIR, WOrmpep/WP, EMbl, GEnbank/GB, ProDom, ProSite
OPTIES:
-a Zoek met Toetredingsnummer
-f Uitvoer in Fasta-formaat
-q Uitvoer alleen reeks (één regel)
-s <#> Begin op positie #
-e <#> Stop bij positie #
-o Meer opties en info...
-D Geef de databasedirectory op
-H Geef indexkopgegevens weer
-p Itemnamen in zoekpad weergeven
-r Afdrukvolgorde in 'rauw' formaat
-m Ophalen uit gemengde minidatabase
-M Uitvoer in miniformaat
-b Keer de volgorde van bytes NIET om (SunOS, IRIX wel, Alpha niet)
-d Specificeer databasebestand (vermijd dit)
-i Specificeer indexbestand (vermijd dit)
-l Specificeer divisie-opzoektabel (vermijd dit)
-B Specificeer database (archaïsch)
-A Retourneer alleen invoernaam voor toegangsnummer
-n Geef de reeks deze naam
-x Vraag hoeft niet exact overeen te komen met de naam van het item (vermijden)
-w Voor Wormpep: haal ook het SwissProt-item met kruisverwijzingen op
-h toont deze helptekst
MILIEU
SWDIR = SwissProt-directory - database- en EMBL-indexbestanden PIRDIR = PIR
-- " -- WORMDIR = Wormpep -- " -- EMBLDIR = EMBL -- " -- GBDIR =
Genbank -- " -- PRODOMDIR = ProDom -- " -- PROSITEDIR = ProSite -- " -- DBDIR
= Eigen gebruiker -- " -- (fasta-formaat)
SEQDB-databasebestand (standaard SwissProt)
SEQDBIDX-indexbestand Opzoektabel DIVTABL-divisie
Ex. setenv DBDIR /pubseq/seqlibs/embl/
Merk op dat consensusreeksen van de Prodom-familie kunnen worden opgehaald door PD:_#
Gebruik efetch online met behulp van onworks.net-services
