eprimer3e - Online in de cloud

PROGRAMMA:

NAAM

eprimer3 - Kiest PCR-primers en hybridisatie-oligo's

KORTE INHOUD

eprimer3 -volgorde vervolg [-primer toggle] -taak lijst [-hybridesonde toggle]
-mishyblibrarybestand in bestand -mispriminglibrarybestand in bestand [-getalretour geheel getal]
[-inbegrepen regio reeks] [-doelregio reeks] [-uitgesloten regio reeks]
[-voorwaartse invoer snaar] [-omgekeerde invoer snaar] -gcclamp geheel getal -ogrootte geheel getal
-klein geheel getal -maximaal formaat geheel getal -otm drijven -munt drijven -maxtm drijven
-maxdifftm drijven -ogcprocent drijven -mingc drijven -maxgc drijven -zoutconc drijven
-dnaconc drijven -maxpolyx geheel getal -psizeopt geheel getal -prange reeks -ptmopt drijven
-ptmmmin drijven -ptmmax drijven -ouitgesloten regio reeks -oligo-invoer snaar
-osizeopt geheel getal -omklein geheel getal -omaxgrootte geheel getal -otmopt drijven -otmmin drijven
-otmmax drijven -ogkopt drijven -ogcmin drijven -ogcmax drijven -osaltconc drijven
-odnaconc drijven -zelf drijven -oendzelf drijven -opolymax geheel getal
-omishybmax drijven -leg vlag uit boolean -bestandsvlag boolean -eerstebasisindex geheel getal
-hoe dan ook boolean -maximale mispriming drijven -pairmaxmispriming drijven
-aantal geaccepteerd geheel getal -zelf drijven -zelfeinde drijven -maximale stabiliteit drijven
-uitbestand uitbestand

eprimer3 -Help

PRODUCTBESCHRIJVING

eprimer3 is een commandoregelprogramma van EMBOSS (“the European Molecular Biology Open
Softwaresuite"). Het maakt deel uit van de commandogroep(en) "Nucleic:Primers".

OPTIES

Invoer sectie
-volgorde vervolg
De volgorde waaruit primers moeten worden gekozen. De reeks moet worden gepresenteerd van 5' tot 3'

-primer toggle
Vertel EPirer3 om primer(s) te kiezen. Standaardwaarde: Y

-taak lijst
Vertel EPirer3 welke taak moet worden uitgevoerd. Wettelijke waarden zijn 1: 'Kies PCR-primers', 2: 'Kies
alleen voorwaartse primer', 3: 'Kies alleen omgekeerde primer', 4: 'Geen primers nodig'. Standaard
waarde: 1

-hybridesonde toggle
Een 'interne oligo' is bedoeld om als hybridisatieprobe (hyb-probe) te worden gebruikt
detecteer het PCR-product na amplificatie. Standaardwaarde: N

-mishyblibrarybestand in bestand
Vergelijkbaar met MISPRIMING-LIBRARY, behalve dat de gebeurtenis die we proberen te vermijden hybridisatie is
van de interne oligo naar sequenties in deze bibliotheek in plaats van daaruit te primen. De
bestand moet het (enigszins beperkte) FASTA-formaat hebben (WB Pearson en DJ Lipman,
PNAS 85:8 blz. 2444-2448 [1988]); we bespreken kort de organisatie van dit dossier
onderstaand. Als deze parameter is opgegeven, lijnt EPirmer3 elke kandidaat lokaal uit
oligo tegen elke bibliotheeksequentie en wijst die primers af waarvoor de lokale
uitlijningsscore keer dat een bepaald gewicht (zie hieronder) wordt overschreden
INTERNE-OLIGO-MAX-MISHYB. (De maximale waarde van het gewicht wordt willekeurig ingesteld
12.0.) Elke reeksinvoer in het FASTA-formaatbestand moet beginnen met een 'id-regel' die
begint met '>'. De inhoud van de id-regel is in die EPirmer3 'enigszins beperkt'
ontleedt alles na een optionele asterisk ('*') als een drijvende-kommagetal dat moet worden gebruikt
zoals het hierboven genoemde gewicht. Als de id-regel geen asterisk bevat, dan is het gewicht
standaard ingesteld op 1.0. Het gebruikte uitlijningsscoresysteem is hetzelfde als voor de berekening
complementariteit tussen oligo's (bijvoorbeeld SELF-ANY). De rest van een vermelding bevat de
volgorde terwijl de regels na de id uitgelijnd zijn tot een regel die begint met '>' of het einde
van het bestand. Witruimte en nieuwe regels worden genegeerd. Tekens 'A', 'T', 'G', 'C', 'a',
't', 'g', 'c' blijven behouden en elk ander teken wordt omgezet in 'N' (met de
met als gevolg dat eventuele IUB/IUPAC-codes voor dubbelzinnige basen worden omgezet in 'N').
Er zijn geen beperkingen op de lijnlengte. Een lege waarde voor deze parameter geeft aan
dat er geen bibliotheek mag worden gebruikt.

-mispriminglibrarybestand in bestand
De naam van een bestand met een nucleotidesequentiebibliotheek met te vermijden sequenties
amplificeren (bijvoorbeeld repetitieve sequenties, of mogelijk de sequenties van genen in a
genfamilie die niet mag worden geamplificeerd.) Het bestand moet zich in een (enigszins beperkte)
FASTA-formaat (WB Pearson en DJ Lipman, PNAS 85:8 pp 2444-2448 [1988]); Wij
Bespreek hieronder kort de organisatie van dit bestand. Als deze parameter is opgegeven
vervolgens lijnt EPrimer3 lokaal elke kandidaat-primer uit tegen elke bibliotheeksequentie en
verwerpt die primers waarvoor de lokale uitlijningsscore maal een bepaald gewicht scoort
(zie hieronder) overschrijdt MAX-MISPRIMING. (De maximale waarde van het gewicht is willekeurig
ingesteld op 100.0.) Elke reeksinvoer in het FASTA-formaatbestand moet beginnen met een 'id
regel' die begint met '>'. De inhoud van de ID-regel is 'enigszins beperkt'
dat EPrimer3 alles na een optionele asterisk ('*') parseert als een drijvende komma
nummer dat moet worden gebruikt als het hierboven genoemde gewicht. Als de id-regel geen asterisk bevat, dan
het gewicht is standaard 1.0. Het gebruikte uitlijningsscoresysteem is hetzelfde als voor
het berekenen van de complementariteit tussen oligo's (bijvoorbeeld SELF-ANY). De rest van een inzending
bevat de reeks als regels die de id volgen tot een regel die begint met '>'
of het einde van het bestand. Witruimte en nieuwe regels worden genegeerd. Tekens 'A', 'T', 'G',
'C', 'a', 't', 'g', 'c' blijven behouden en elk ander teken wordt omgezet in 'N' (met
het gevolg dat eventuele IUB/IUPAC-codes voor dubbelzinnige basen worden omgezet in 'N').
Er zijn geen beperkingen op de lijnlengte. Een lege waarde voor deze parameter geeft aan
dat er geen herhalingsbibliotheek mag worden gebruikt.

Extra sectie
Programma opties
-getalretour geheel getal
Het maximale aantal primerparen dat moet worden geretourneerd. Teruggegeven primerparen worden gesorteerd op
hun 'kwaliteit', met andere woorden door de waarde van de objectieve functie (waarbij een lagere
nummer geeft een beter primerpaar aan). Let op: stel deze parameter in op een grote
waarde zal de looptijd verlengen. Standaardwaarde: 5

Volgorde opties
-inbegrepen regio reeks
Een subgebied van de gegeven sequentie waarin primers moeten worden gekozen. Vaak is bijvoorbeeld de
de eerste twaalf basen van een sequentie zijn vector en moeten hiervan worden uitgesloten
overweging. De waarde voor deze parameter heeft de vorm (start),(end) waarbij (start)
is de index van het eerste honk dat moet worden overwogen, en (end) is de laatste in de
primer-picking gebied.

-doelregio reeks
Als er een of meer doelwitten zijn opgegeven, moet er ten minste één worden geflankeerd door een legaal primerpaar
van hen. Een doel kan een eenvoudige sequentieherhalingssite zijn (bijvoorbeeld een CA-herhaling) of
een polymorfisme met één basenpaar. De waarde moet een door spaties gescheiden lijst zijn van
(start),(eind)paren waarbij (start) de index is van het eerste honk van een doel, en
(einde) is de laatste. Bijv. 50,51 vereist primers om de 2 basen op posities 50 te omringen
en 51.

-uitgesloten regio reeks
Primeroligo's mogen geen enkel gebied overlappen dat in deze tag is gespecificeerd. De bijbehorende waarde
moet een door spaties gescheiden lijst zijn van (start),(eind)paren waarbij (start) de index is van
de eerste basis van het uitgesloten gebied, en en (einde) is de laatste. Dit label is nuttig
voor taken zoals het uitsluiten van regio's met een lage sequentiekwaliteit of voor het uitsluiten van regio's
met repetitieve elementen zoals ALU's of LINE's. Bijvoorbeeld 401,407 68,70 verbiedt
selectie van primers in de 7 basen beginnend bij 401 en de 3 basen bij 68.

-voorwaartse invoer snaar
De volgorde van een voorwaartse primer die moet worden gecontroleerd en waarrond omgekeerde primers moeten worden ontworpen
en optionele interne oligo's. Moet een subtekenreeks van SEQUENCE zijn.

-omgekeerde invoer snaar
De volgorde van een omgekeerde primer die moet worden gecontroleerd en waarrond voorwaartse primers moeten worden ontworpen
en optionele interne oligo's. Moet een subtekenreeks zijn van de omgekeerde streng van SEQUENCE.

grondverf opties
-gcclamp geheel getal
Vereist het gespecificeerde aantal opeenvolgende G's en C's aan het 3'-uiteinde van beide
voorwaartse en achterwaartse primer. (Deze parameter heeft geen effect op de interne oligo als die er is
is verzocht.)

-ogrootte geheel getal
Optimale lengte (in basen) van een primeroligo. EPrimer3 zal proberen primers te selecteren
dichtbij deze lengte. Standaardwaarde: 20

-klein geheel getal
Minimaal aanvaardbare lengte van een primer. Moet groter zijn dan 0 en kleiner dan of gelijk aan
naar MAX-SIZE. Standaardwaarde: 18

-maximaal formaat geheel getal
Maximaal aanvaardbare lengte (in basen) van een primer. Momenteel kan deze parameter niet zijn
groter dan 35. Deze limiet wordt bepaald door de maximale oligogrootte waarvoor EPirmer3's
smelttemperatuur is geldig. Standaardwaarde: 27

-otm drijven
Optimale smelttemperatuur (Celsius) voor een primeroligo. EPrimer3 zal proberen te kiezen
primers met smelttemperaturen liggen dicht bij deze temperatuur. Het oligo-smelten
temperatuurformule in EPrimer3 is die gegeven in Rychlik, Spencer en Rhoads, Nucleic
Acids Research, deel 18, num 21, blz. 6409-6412 en Breslauer, Frank, Bloecker en Marky,
Proc. Nat. Acad. Wetenschap VS, deel 83, blz. 3746-3750. Zie het vorige artikel voor
achtergrond discussie. Standaardwaarde: 60.0

-munt drijven
Minimaal aanvaardbare smelttemperatuur (Celsius) voor een primeroligo. Standaardwaarde:
57.0

-maxtm drijven
Maximaal aanvaardbare smelttemperatuur (Celsius) voor een primeroligo. Standaardwaarde:
63.0

-maxdifftm drijven
Maximaal acceptabel (niet-ondertekend) verschil tussen de smelttemperaturen van de
voorwaartse en achterwaartse primers. Standaardwaarde: 100.0

-ogcprocent drijven
Primer optimaal GC-percentage. Standaardwaarde: 50.0

-mingc drijven
Minimaal toegestaan ​​percentage Gs en Cs in elke primer. Standaardwaarde: 20.0

-maxgc drijven
Maximaal toegestaan ​​percentage Gs en Cs in elke primer gegenereerd door Primer. Standaard
waarde: 80.0

-zoutconc drijven
De millimolaire zoutconcentratie (meestal KCl) in de PCR. EPrimer3 maakt hiervan gebruik
argument om oligo-smelttemperaturen te berekenen. Standaardwaarde: 50.0

-dnaconc drijven
De nanomolaire concentratie van annealingoligo's in de PCR. EPrimer3 maakt hiervan gebruik
argument om oligo-smelttemperaturen te berekenen. De standaardinstelling (50nM) werkt goed
het standaardprotocol dat wordt gebruikt door het Whitehead/MIT Center for Genome Research – 0.5
microliter van 20 micromolaire concentratie voor elke primeroligo in een 20 microliter
reactie met 10 nanogram sjabloon, 0.025 eenheden/microliter Taq-polymerase in 0.1 mM
elke dNTP, 1.5 mM MgCl2, 50 mM KCl, 10 mM Tris-HCL (pH 9.3) met behulp van 35 cycli met een
gloeitemperatuur van 56 graden Celsius. Deze parameter komt overeen met 'c' in
Vergelijking van Rychlik, Spencer en Rhoads (ii) (Nucleic Acids Research, deel 18, num 21)
waarbij een geschikte waarde (voor een lagere initiële concentratie van template) 'empirisch' is
bepaald'. De waarde van deze parameter is kleiner dan de werkelijke concentratie van
oligo's in de reactie omdat het de concentratie van annealingoligo's is, die in
De beurt hangt af van de hoeveelheid template (inclusief PCR-product) in een bepaalde cyclus. Dit
de concentratie neemt sterk toe tijdens een PCR; Gelukkig lijkt PCR behoorlijk robuust
voor een verscheidenheid aan oligo-smelttemperaturen. Zie ADVIES VOOR HET KIEZEN VAN PRIMERS. Standaard
waarde: 50.0

-maxpolyx geheel getal
De maximaal toegestane lengte van een mononucleotideherhaling in een primer bijvoorbeeld
AAAAAA. Standaardwaarde: 5

Product opties
-psizeopt geheel getal
De optimale grootte voor het PCR-product. 0 geeft aan dat er geen optimaal product bestaat
maat. Standaardwaarde: 200

-prange reeks
De bijbehorende waarden specificeren de lengtes van het product dat de gebruiker wil hebben
primers om te maken, en is een door spaties gescheiden lijst met elementen van de vorm (x)-(y) waar
een (x)-(y)-paar is een legaal lengtebereik voor het product. Bijvoorbeeld als men dat wil
PCR-producten moeten tussen de 100 en 150 basen (inclusief) zijn, dan zou men dit instellen
parameter naar 100-150. Als men PCR-producten wenst in het bereik van 100 tot 150
basen of in het bereik van 200 tot 250 basen, dan zou men deze parameter instellen
100-150 200-250. EPrimer3 geeft de voorkeur aan bereiken aan de linkerkant van de parameterreeks.
EPrimer3 retourneert legale primerparen in het eerste bereik, ongeacht de waarde van
de objectieve functie voor deze paren. Alleen als er onvoldoende zijn
primers in het eerste bereik zullen primers in een volgend bereik retourneren. Standaard
waarde: 100-300

-ptmopt drijven
De optimale smelttemperatuur voor het PCR-product. 0 geeft aan dat er geen is
optimale temperatuur. Standaardwaarde: 0.0

-ptmmmin drijven
De minimaal toegestane smelttemperatuur van het amplicon. Raadpleeg de documentatie
over de maximale smelttemperatuur van het product voor meer informatie. Standaardwaarde:
-1000000.0

-ptmmax drijven
De maximaal toegestane smelttemperatuur van het amplicon. Product Tm wordt berekend
gebruikmakend van de formule van Bolton en McCarthy, PNAS 84:1390 (1962) zoals gepresenteerd in
Sambrook, Fritsch en Maniatis, Molecular Cloning, blz. 11.46 (1989, CSHL Press). Tm =
81.5 + 16.6(log10([Na+])) + 41*(%GC) - 600/lengte Waarbij [Na+} het molaire natrium is
concentratie, (%GC) is het percentage Gs en Cs in de reeks, en lengte is de
lengte van de reeks. Een vergelijkbare formule wordt gebruikt bij de selectie van de primerprimer
programma in GCG, dat in plaats daarvan 675.0/lengte gebruikt in de laatste term (naar F. Baldino,
Jr, M.-F. Chesselet en ME Lewis, Methods in Enzymology 168:766 (1989) eqn (1) op
pagina 766 zonder de termen mismatch en formamide). De formules hier en in Baldino
et al. neem Na+ aan in plaats van K+. Volgens JG Wetmur, Critical Reviews in
BioChem. en Mol. Bio. 26:227 (1991) 50 mM K+ zou in deze formules equivalent moeten zijn
tot 2 M Na+. EPirer3 gebruikt dezelfde zoutconcentratiewaarde voor het berekenen van beide
de smelttemperatuur van de primer en de oligo-smelttemperatuur. Als u dat van plan bent
gebruik het PCR-product later voor hybridisatie. Dit gedrag zal u niet de Tm opleveren
onder hybridisatieomstandigheden. Standaardwaarde: 1000000.0

Intern oligo invoer
-ouitgesloten regio reeks
Middelste oligo's mogen geen enkel gebied overlappen dat door deze tag wordt gespecificeerd. De bijbehorende waarde
moet een door spaties gescheiden lijst van (start),(eind)paren zijn, waarbij (start) de index is van
de eerste basis van een uitgesloten gebied, en (einde) is de laatste. Vaak zou men maken
Doelregio's uitgesloten regio's voor interne oligo's.

-oligo-invoer snaar
De volgorde van een interne oligo die moet worden gecontroleerd en waarrond vooruit moet worden ontworpen
omgekeerde primers. Moet een subtekenreeks van SEQUENCE zijn.

Intern oligo opties
-osizeopt geheel getal
Optimale lengte (in basen) van een interne oligo. EPrimer3 zal proberen primers te selecteren
dichtbij deze lengte. Standaardwaarde: 20

-omklein geheel getal
Minimaal aanvaardbare lengte van een interne oligo. Moet groter zijn dan 0 en kleiner dan
of gelijk aan INTERNAL-OLIGO-MAX-SIZE. Standaardwaarde: 18

-omaxgrootte geheel getal
Maximaal aanvaardbare lengte (in basen) van een interne oligo. Momenteel deze parameter
mag niet groter zijn dan 35. Deze limiet wordt bepaald door de maximale oligogrootte waarvoor
De smelttemperatuur van EPrimer3 is geldig. Standaardwaarde: 27

-otmopt drijven
Optimale smelttemperatuur (Celsius) voor een interne oligo. EPrimer3 zal proberen te kiezen
oligo's met smelttemperaturen die dicht bij deze temperatuur liggen. Het oligo-smelten
temperatuurformule in EPrimer3 is die gegeven in Rychlik, Spencer en Rhoads, Nucleic
Acids Research, deel 18, num 21, blz. 6409-6412 en Breslauer, Frank, Bloecker en Marky,
Proc. Nat. Acad. Wetenschap VS, deel 83, blz. 3746-3750. Zie het vorige artikel voor
achtergrond discussie. Standaardwaarde: 60.0

-otmmin drijven
Minimaal aanvaardbare smelttemperatuur (Celsius) voor een interne oligo. Standaardwaarde:
57.0

-otmmax drijven
Maximaal aanvaardbare smelttemperatuur (Celsius) voor een interne oligo. Standaardwaarde:
63.0

-ogkopt drijven
Intern oligo-optimaal GC-percentage. Standaardwaarde: 50.0

-ogcmin drijven
Minimaal toegestaan ​​percentage G's en C's in een interne oligo. Standaardwaarde: 20.0

-ogcmax drijven
Maximaal toegestaan ​​percentage Gs en Cs in elke interne oligo gegenereerd door Primer.
Standaardwaarde: 80.0

-osaltconc drijven
De millimolaire zoutconcentratie (meestal KCl) in de hybridisatie. EPrimer3-toepassingen
dit argument om de interne oligo-smelttemperaturen te berekenen. Standaardwaarde: 50.0

-odnaconc drijven
De nanomolaire concentratie van uitgloeiende interne oligo in de hybridisatie. Standaard
waarde: 50.0

-zelf drijven
De maximaal toegestane score voor lokale uitlijning bij het testen van een interne oligo voor (lokaal)
zelf-complementariteit. Lokale zelfcomplementariteit wordt gebruikt om de tendens van te voorspellen
oligo's om aan zichzelf te hechten. Het scoresysteem geeft 1.00 voor complementaire basen,
-0.25 voor een match van een honk (of N) met een N, -1.00 voor een mismatch, en -2.00 voor een
gat. Alleen hiaten van één basepaar zijn toegestaan. Bijvoorbeeld de uitlijning 5' ATCGNA 3'
|| | | 3' TA-CGT 5' is toegestaan ​​(en levert een score op van 1.75), maar de uitlijning 5'
ATCCGNA 3' || | | 3' TA--CGT 5' wordt niet in aanmerking genomen. Scores zijn niet-negatief, en a
Een score van 0.00 geeft aan dat er geen redelijke lokale afstemming tussen twee is
oligo's. Standaardwaarde: 12.00

-oendzelf drijven
De maximaal toegestane 3'-verankerde globale uitlijningsscore bij het testen van een enkele oligo
voor zelfcomplementariteit. Het scoresysteem is hetzelfde als voor de Maximale Complementariteit
argument. In de bovenstaande voorbeelden zijn de scores respectievelijk 7.00 en 6.00. Scores zijn
niet-negatief, en een score van 0.00 geeft aan dat er geen redelijke 3'-verankerde
mondiale afstemming tussen twee oligo’s. Om 3'-verankerd globaal te schatten
uitlijningen voor kandidaat-oligo's, Primer gaat ervan uit dat de volgorde waaruit gekozen moet worden
oligo's worden 5' naar 3' gepresenteerd. INTERN-OLIGO-SELF-END is betekenisloos als het erop wordt toegepast
interne oligo's die worden gebruikt voor op hybridisatie gebaseerde detectie, aangezien primer-dimeer dat niet zal doen
voorkomen. Wij raden aan om INTERNAL-OLIGO-SELF-END minimaal zo hoog in te stellen als
INTERNE-OLIGO-ZELF-ELKE. Standaardwaarde: 12.00

-opolymax geheel getal
De maximaal toegestane lengte van een interne oligo-mononucleotideherhaling bijvoorbeeld
AAAAAA. Standaardwaarde: 5

-omishybmax drijven
Vergelijkbaar met MAX-MISPRIMING, behalve dat deze parameter van toepassing is op de gelijkenis van
kandidaat-interne oligo's voor de bibliotheek gespecificeerd in INTERNAL-OLIGO-MISHYB-LIBRARY.
Standaardwaarde: 12.0

Geavanceerd sectie
-leg vlag uit boolean
Als deze vlag waar is, produceer dan LEFT-EXPLAIN, RIGHT-EXPLAIN en INTERNAL-OLIGO-EXPLAIN
output tags, die bedoeld zijn om informatie te geven over het aantal oligo's en
primerparen die EPrimer3 onderzocht, en statistieken over het aantal dat werd weggegooid
verschillende redenen. Standaardwaarde: N

-bestandsvlag boolean
Als de bijbehorende waarde waar is, maakt EPirmer3 voor elke invoer twee uitvoerbestanden
REEKS. Bestand (sequence-id).for geeft een overzicht van alle acceptabele voorwaartse primers voor
(sequence-id) en (sequence-id).rev geeft een overzicht van alle acceptabele reverse primers voor
(sequence-id), waarbij (sequence-id) de waarde is van de SEQUENCE-ID-tag (die moet zijn
geleverd). Als de invoertag TASK 1 of 4 is, produceert EPrimer3 bovendien een bestand
(sequence-id).int, waarin alle acceptabele interne oligo's worden vermeld. Standaardwaarde: N

-eerstebasisindex geheel getal
Deze parameter is de index van het eerste honk in de invoerreeks. Voor invoer en
uitvoer met behulp van op 1 gebaseerde indexering (zoals die wordt gebruikt in GenBank en waar veel gebruikers gebruik van maken).
gewend bent) stelt u deze parameter in op 1. Voor invoer en uitvoer met behulp van op 0 gebaseerde indexering
stel deze parameter in op 0. (Deze parameter heeft ook invloed op de indexen in de inhoud van
de bestanden die worden geproduceerd wanneer de primerbestandsvlag is ingesteld.) Standaardwaarde: 1

-hoe dan ook boolean
Als dit waar is, kies dan een primerpaar, zelfs als LEFT-INPUT, RIGHT-INPUT of INTERNAL-OLIGO-INPUT
bepaalde beperkingen schendt. Standaardwaarde: N

-maximale mispriming drijven
De maximaal toegestane gewogen overeenkomst met elke reeks in MISPRIMING-LIBRARY.
Standaardwaarde: 12.00

-pairmaxmispriming drijven
De maximaal toegestane som van gewogen overeenkomsten van een primerpaar (één overeenkomst voor
elke primer) met een enkele sequentie in MISPRIMING-LIBRARY. Standaardwaarde: 24.00

-aantal geaccepteerd geheel getal
Maximaal aantal onbekende basen (N) toegestaan ​​in elke primer.

-zelf drijven
De maximaal toegestane lokale uitlijningsscore bij het testen van een enkele primer op (lokaal)
zelfcomplementariteit en de maximaal toegestane score voor lokale afstemming bij het testen
complementariteit tussen voorwaartse en achterwaartse primers. Lokale zelfcomplementariteit wel
gebruikt om de neiging van primers om zonder noodzakelijkerwijs aan elkaar te hechten te voorspellen
waardoor zelfaanzuiging in de PCR ontstaat. Het scoresysteem geeft 1.00 voor complementair
honken, -0.25 voor een match van een honk (of N) met een N, -1.00 voor een mismatch, en -2.00
voor een kloof. Alleen hiaten van één basepaar zijn toegestaan. Bijvoorbeeld de uitlijning 5'
ATCGNA 3' ...|| | | 3' TA-CGT 5' is toegestaan ​​(en levert een score op van 1.75), maar de
uitlijning 5' ATCCGNA 3' ...|| | | 3' TA--CGT 5' wordt niet in aanmerking genomen. Scores zijn
niet-negatief, en een score van 0.00 geeft aan dat er geen redelijk lokaal is
uitlijning tussen twee oligo's. Standaardwaarde: 8.00

-zelfeinde drijven
De maximaal toegestane 3'-verankerde globale uitlijningsscore bij het testen van een enkele primer
voor zelf-complementariteit, en de maximaal toegestane 3'-verankerde globale uitlijningsscore
bij het testen op complementariteit tussen voorwaartse en achterwaartse primers. De 3'-verankerd
Er wordt een globale uitlijningsscore genomen om de waarschijnlijkheid van PCR-priming te voorspellen
primer-dimeren, bijvoorbeeld 5' ATGCCCTAGCTTCCGGATG 3' .............||| |||||
..........3' AAGTCCTACATTTAGCCTAGT 5' of 5' AGGCTATGGGCCTCGCGA 3'
...............|||||| ............3' AGCGCTCCGGGTATCGGA 5' Het scoresysteem is als
voor het argument Maximale complementariteit. In de bovenstaande voorbeelden zijn de scores 7.00
en respectievelijk 6.00. Scores zijn niet-negatief, en een score van 0.00 geeft dat aan
er is geen redelijke 3'-verankerde globale uitlijning tussen twee oligo's. Om te
schat 3'-verankerde globale uitlijningen voor kandidaatprimers en primerparen, Primer
veronderstelt dat de sequentie waaruit primers moeten worden gekozen, 5' naar 3' wordt gepresenteerd. Het is
onzinnig om voor deze parameter een grotere waarde op te geven dan voor Maximaal (lokaal)
Complementariteitsparameter omdat de score van een lokale afstemming altijd gelijk zal zijn
minst zo groot als de score van een mondiale afstemming. Standaardwaarde: 3.00

grondverf boete gewichten
-maximale stabiliteit drijven
De maximale stabiliteit voor de vijf 3'-basen van een voorwaartse of achterwaartse primer. Groter
cijfers betekenen stabielere 3'-uiteinden. De waarde is de maximale delta G voor duplex
verstoring voor de vijf 3'-bases zoals berekend met behulp van de dichtstbijzijnde buurparameters
gepubliceerd in Breslauer, Frank, Bloecker en Marky, Proc. Nat. Acad. Wetenschap VS, deel 83,
blz. 3746-3750. EPrimer3 gebruikt een volledig toegestane standaardwaarde voor achterwaarts
compatibiliteit (die we mogelijk in de volgende release wijzigen). Rychlik beveelt een maximum aan
waarde van 9 (Wojciech Rychlik, 'Selection of Primers for Polymerase Chain Reaction' in
BA White, red., 'Methods in Molecular Biology, Vol. 15: PCR-protocollen: huidige methoden
and Applications', 1993, blz. 31-40, Humana Press, Totowa NJ). Standaardwaarde: 9.0

uitgang sectie
-uitbestand uitbestand

Gebruik eprimer3e online met behulp van onworks.net-services