exonerate-server - Online in de cloud

PROGRAMMA:

NAAM

exonerate-server - een sequentievergelijkingsserver voor exonerate

KORTE INHOUD

vrijspreken-server [ opties ] <index pad>

PRODUCTBESCHRIJVING

vrijspreken-server is een multi-threaded server voor het exonerate sequence alignment programma.

Het gebruikt een reeks reeksen en een bijbehorend indexbestand om snel grote datasets mogelijk te maken.

Overzicht

Ten eerste een .esd bestand moet worden gemaakt van de sequentiebestanden. De .esd bestand is een Exonerate
Sequence Dataset-bestand en kan worden gebruikt om elke reeks reeksen te groeperen waarbij elk
sequenties die unieke identifiers bevatten. Dit wordt gedaan met behulp van de snel2esd utility.

snel2esd genoom.fasta genoom.esd

Vervolgens een .esi bestand kan worden gemaakt van de .esd het dossier. De .esi bestand is een Exonerate Sequence
Indexbestand en bevat een index of een set indexen die overeenkomen met een bepaalde dataset.
Dit wordt gedaan met behulp van de esd2esi utility.

esd2esi genoom.esd genoom.esi

Wanneer de .esi bestand is gegenereerd, kan de exonerate-server worden gestart.

vrijspreken-server genoom.esi

Terwijl de server actief is, kan exonerate worden gebruikt om de server te ondervragen door de
doelsequenties in de opdrachtregel met de naam van de server en het poortnummer. De
standaard poortnummer voor de exonerate-server is 12886.

zuiveren query.fasta localhost: 12886

OPTIES

Sommige opdrachtregelopties voor de exonerate-server zijn dezelfde als voor de
exonerate client, en deze zijn gedocumenteerd in de man-pagina voor vrijpleiten. De
andere opties die specifiek zijn voor vrijspreken-server zijn hier gedocumenteerd.

--haven
Geef de poort op waarop de server moet luisteren. Standaard, vrijspreken-server
luistert op poort 12886, maar met deze optie kunnen alternatieve poorten worden opgegeven.

--invoer <index bestand>
Geef het indexbestand op dat moet worden gebruikt wanneer de server wordt gestart. Deze optie is
verplicht. Het indexbestand is een .esi bestand gegenereerd door de esd2esi utility.

--vooraf laden
Standaard worden de indexen in de .esi bestand en de sequenties waarnaar wordt verwezen in
de bijbehorende .esd bestanden worden in het geheugen geladen wanneer de server wordt gestart.
Dit is nodig om snelle prestaties te bereiken die anders zouden worden belemmerd
frequente schijftoegang. Met deze optie kan de index en sequentie worden voorgeladen
uitgeschakeld, waardoor de server veel langzamer, maar sneller kan werken
opstarten en een kleinere geheugenvoetafdruk. Het wordt afgeraden om preloading uit te schakelen
tenzij u de server test of debugt.

--maxverbindingen
De server is multithreaded. Deze optie stelt het aantal clientprocessen in dat
mogen tegelijkertijd verbinding maken met de server. Voor goede prestaties, het
mag niet worden ingesteld op meer dan het aantal CPU's op de machine waarop het
server draait.

--breedsprakigheid
Stel het breedsprakigheidsniveau voor de server in. Als het nul is, zal de server stil zijn,
en hoe hoger het nummer, hoe meer berichten er door de server worden gerapporteerd waarover
is aan het gebeuren.

INTERFACE

Dit gedeelte documenteert de communicatie-interface tussen
de cliënt en de server. De interface is gedocumenteerd voor mensen die willen schrijven
hun eigen aangepaste server om achter te zitten exonerate - voor normaal gebruik van exonerate, it
is niet nodig om dit te weten.

De interface werkt doordat de client eenvoudige opdrachtregels verzendt en de server verzendt
eenvoudige antwoordlijnen over een socket. Alle opdrachten en antwoorden zijn eenvoudige ASCII-regels
tekst, dus het is mogelijk om telnet als client te gebruiken voor het testen van een server.

Elke opdracht is een enkele regel tekst, maar een antwoord kan meerdere regels tekst bevatten. De
antwoorden zijn in de vorm van :

Elk antwoord kan regels met de tag bevatten waarschuwing: or fout: Deze waarschuwing: en fout: labels
worden herhaald door de client, en de client zal afsluiten na ontvangst fout: antwoord.

Wanneer de server een meerregelig antwoord retourneert, moet op de eerste regel het aantal worden weergegeven
regels in het hele antwoord als: aantal lijnen: Zie voor voorbeelden de antwoorden van de krijgen
hsp commando's in de onderstaande voorbeeldsessie.

De client opent slechts één enkele verbinding met elke server, hoewel een multithreaded
server is uiteraard vereist om meerdere clients tegelijkertijd verbinding te laten maken.

commando's en antwoorden gebruikt in For de interface.
Commando: versie
Antwoord: versie

Commando: afrit
Antwoord: (geen antwoord - server sluit verbinding)

Commando: dbinfo
Antwoord: dbinfo:

De dbinfo opdracht retourneert informatie over de database die op de server is geladen.
De geretourneerde velden zijn:

dna of eiwit
ofwel softmasked of ontmaskerd
het aantal reeksen in de database
de lengte van de langste reeks in de database
de totale lengte van alle sequenties in de database

Commando: lookup
Antwoord: zoek op:

De lookup-opdracht wordt gebruikt om een ​​externe identifier toe te wijzen aan een interne
id.

Commando: krijgen info
Antwoord: seqinfo: [ ]

Het commando get info retourneert informatie over een reeks in de database. De
geretourneerde velden zijn:

de lengte van de reeks
een controlesom in gcg-indeling (zie hieronder)
de externe id (bijv. van fasta-header)
een beschrijvingsregel voor de reeks (ook uit de fasta
header), is dit veld optioneel en kan worden weggelaten.

Commando: krijgen seq
Antwoord: vervolg:

De opdracht get seq retourneert een hele reeks op één regel.

Commando: krijgen volg
Antwoord: vervolg:

De opdracht get subseq retourneert een deel van een reeks. Het begin van de reeks is
positie nul. bijv. get subseq 0 0 10 retourneert de eerste 10 basen van de
eerste reeks in de database.

Commando: reeks vraag
Antwoord: oké:

De opdracht seq query wordt gebruikt om een ​​queryreeks naar de server te sturen. Het
geeft de lengte van de reeks en een gcg-controlesom terug

Commando: revcomp
Antwoord: oké: strand

De opdracht revcomp query zorgt ervoor dat de server de query reverse complementeert. Dit
is om de bandbreedte van het twee keer verzenden van de query te besparen.

De opdracht revcomp target is om de server te vertellen dat hij de database moet behandelen als zijn
omgekeerde aanvulling. De client stuurt dit commando alleen bij het zoeken naar een
vertaalde database, hoeft dus niet te worden geïmplementeerd voor de meeste soorten zoekopdrachten.

Commando: reeks param
Antwoord: oké:

Het set parameter commando stuurt parameters van de exonerate commandoregel naar
de server. Deze commando's kunnen voor een basis allemaal door de client worden genegeerd
implementatie, maar kan niet worden genegeerd voor optimale prestaties.

Commando: krijgen hsp
Antwoord: hspset: { }
Of: hspset: leeg

Het commando get hsps is het hoofdcommando voor het ophalen van hsp-sets. De server
kan meerdere hspsets retourneren. De geretourneerde velden zijn:

De interne id van de doelsequentie voor deze HSPsets.
De beginpositie van de hsp-query
De hsp-doelstartpositie
De hsp-lengte

De laatste drie velden vertegenwoordigen een HSP en kunnen vele malen op één worden herhaald
hspset: antwoord regel.

A simpel voorbeeld klant server dialoogvenster.
% telnet localhost 12886
127.0.0.1 proberen...
Verbonden met localhost.localdomain.
Escape-teken is '^]'.
% versie
versie: exonerate-server 2.0.0
% dbinfo
dbinfo: dna zacht gemaskeerd 100000 1701 38113579
% opzoeken AA159529.1
opzoeken: 88065
% krijgt info 88065
seqinfo: 62 2028 AA159529.1 zo72g05.s1 Stratagene pancreas (#937208) Homo sapiens cDNA
% krijgt seq 88065
seq: NAACTCATCNTTTTCTGCTGNATCCTCTTCACCAGTTTGGGGGANGGCCTGCACTTCCANAG
% krijg subseq 88065 10 20
volgende: TTTTCTGCTGNATCCTCTTC
% zoekopdracht NAACTCATCNTTTTCTGCTGNATCCTCTTCACCAGTTTGGGGGANGGCCTGCACTTCCANAG
oké: 62 2028
% krijgt hsps
aantal lijnen: 15
hspset: 12423 1 349 41
hspset: 44900 1 356 47
hspset: 61781 1 358 41 36 392 26
hspset: 70065 1 349 41 36 383 26
hspset: 88065 1 1 61
hspset: 91032 1 357 41 36 391 26
hspset: 91442 1 350 41 36 384 26
hspset: 92971 1 348 41 36 382 26
hspset: 94311 1 375 41
hspset: 95381 1 346 41 36 380 26
hspset: 96808 10 385 32 36 410 26
hspset: 88449 18 11 22
hspset: 91036 6 6 56
hspset: 93736 36 400 26
% revcomp-query
ok: query streng revcomp
% krijgt hsps
aantal lijnen: 6
hspset: 12564 0 64 26 20 83 41
hspset: 61780 0 266 61
hspset: 29148 0 116 61
hspset: 25849 15 445 22
hspset: 93938 26 265 34
% Uitgang
Connectie gesloten door een onbekende server.

MILIEU

Nog niet gedocumenteerd.

Voorbeelden

1. Voorbeeld van het maken van een vertaalde index en het uitvoeren van een snelle protein2genome-zoekopdracht met behulp van
vrijspreken-server

snel2esd human.genomic.fasta human.genomic.esd esd2esi --vertaal ja human.genomic.esd
menselijke.genomic.trans.esi vrijspreken-server --poort 1234 human.genomic.trans.esi zuiveren
pep.fasta localhost:1234 --model p2g --seedrepeat 3 --geneseed 250

VERSIE

Deze documentatie vergezelt versie 2.2.0 van het vrijgestelde pakket.

Gebruik exonerate-server online met behulp van onworks.net-services