Dit is de opdracht famap die kan worden uitgevoerd in de gratis hostingprovider van OnWorks met behulp van een van onze meerdere gratis online werkstations zoals Ubuntu Online, Fedora Online, Windows online-emulator of MAC OS online-emulator
PROGRAMMA:
NAAM
famap - Fasta-sequentiedatabase voorbereiden voor her-PCR-zoekopdrachten
KORTE INHOUD
famap [-hV] -b mmapped-bestand [-t cvt] [fafile ...]
famap [-hV] -d mmapped-bestand [of ...]
famap [-hV] -l mmapped-bestand [of ...]
PRODUCTBESCHRIJVING
Het programma famap maakt deel uit van de e-PCR-suite en wordt gebruikt om mmapped-bestanden van FASTA te bouwen
bestanden voor omgekeerde e-PCR-zoekopdrachten
OPTIES
waarbij cvt (conversietabel) een van is:
uit - zoals het is (standaard)
n - nucleotide [acgtnACGTN] toegestaan,
N - nucleotide in hoofdletters toegestaan [ACGTN]
nx - nucleotide met ambiguïteitscodes toegestaan
NX - nucleotide met ambiguïteitscodes in hoofdletters
VOORBEELD
famap -tN -b genoom.famap org/chr_*.fa
fahash -b genoom.hash -w 12 -f3 ${PWD}/genome.famap
re-PCR -s genoom.hash -n1 -g1 ACTATTGATGATGA AGGTAGATGTTTTTT 120-200
Bekijk famap(1) en opnieuw pcr(1)
Gebruik famap online met behulp van onworks.net-services
