fasta2frag - Online in de cloud

PROGRAMMA:

NAAM

snel2frag - splits a single vasten volgorde in verscheidene overlapping fragmenten.

PRODUCTBESCHRIJVING

Dit programma maakt deel uit van het MIRA assembler pakket. Het doel van fasta2frag is om:
fragment sequenties in kleinere, overlappende subsequenties. Het kan worden gebruikt voor simulatie:
shotgun sequenties. Het kan subreeksen maken in beide richtingen (/default) en ook
sequenties met gepaarde uiteinden. Bekijk de onderstaande documentatie voor meer informatie
informatie over fasta2frag.

KORTE INHOUD

snel2frag in bestand uitbestand

OPTIES

-l int Lengte van fragmenten (standaard=3000)

-i int Verhoging van de startsite van het fragment (standaard=2500)

-p int Gepaard einde (standaard=0 is uit, 1 is aan)

-P int In gekoppelde modus, keer een van de waarden om (0 is uit, standaard=1 is aan)

-s int Strobe-sequencing (standaard=0 is uit, 1 is aan)

-q int Standaardkwaliteit als er geen kwaliteitsgegevens aanwezig zijn (default=30)

-r int Keer elk n-de fragment om (default=2)

-c int Circulariseer fragmenten zodat ze een ring vormen

(standaard=0 is uit, 1 zou aan zijn)

-kwalificatie
int Deel de kwaliteitswaarden hierdoor (standaard=1)

-minwaardig
int Maar geef het tenminste deze qual (default=0)

-insert_grootte
int paired-end: invoeggrootte (standaard=3000)

-insert_stdev int
paired-end: standard dev (default=900) dit werkt momenteel niet

-gepaarde naamgeving snaar
naamgevingsschema voor gepaarde end: sanger, 454 (standaard) of solexa

-minuten
int. min. aantal mutaties/seq. fouten (def=0)

-maximaal
int max. aantal mutaties/seq. fouten (def=0)

-flitser
int aantal basen gelezen tijdens stroboscoop aan

-flitser uit
int aantal bases tijdens stroboscoop uit

-beginoffset
int start op offset positie

-naamachtervoegsel
string achtervoegsel naam met string

Gebruik fasta2frag online met onworks.net-services