featureCounts - Online in de cloud

PROGRAMMA:

NAAM

featureCounts - een zeer efficiënt en nauwkeurig leessamenvattingsprogramma

GEBRUIK

featureCounts [Opties] -a -o invoerbestand1 [invoerbestand2]
...

Vereiste argumenten:

-a
Naam van een annotatiebestand. GTF-indeling standaard. Zien -F optie voor meer formaten.

-o
Naam van het uitvoerbestand inclusief leestellingen. Een apart bestand inclusief samenvatting
statistieken van telresultaten zijn ook opgenomen in de uitvoer (` .samenvatting')

invoerbestanden
Lijst met invoerbestanden in BAM- of SAM-formaat. Gebruikers hoeven niet op te geven of het BAM of is
ZA.

Optionele argumenten:

-A
Naam van een door komma's gescheiden bestand inclusief chromosoomaliasnamen die worden gebruikt om overeen te komen
chromosoomnamen gebruikt in annotatie met die gebruikt in BAM/SAM-invoer, als dat zo is
verschillend. Zie de gebruikershandleiding voor de bestandsindeling.

-F
Specificeer de indeling van het geleverde annotatiebestand. Aanvaardbare formaten zijn onder andere `GTF' en
`SAF'. Standaard 'GTF'. Zie de gebruikershandleiding voor een beschrijving van het SAF-formaat.

-t
Geef het kenmerktype op in GTF-annotatie. standaard 'exon'. Functies die worden gebruikt om te lezen
de telling wordt uit de annotatie gehaald met behulp van de opgegeven waarde.

-g
Geef het attribuuttype op in GTF-annotatie. standaard 'gene_id'. Gebruikte metafuncties
voor lezen wordt het tellen geëxtraheerd uit annotatie met behulp van de opgegeven waarde.

-f Voer leestellingen uit op functieniveau (bijv. het tellen van leesbewerkingen voor exons in plaats van
genen).

-O Wijs leesbewerkingen toe aan al hun overlappende metafuncties (of functies als -f is
opgegeven).

-s
Voer strengspecifieke leestellingen uit. Mogelijke waarden: 0 (ongevlochten), 1
(gestrand) en 2 (omgekeerd gestrand). 0 standaard.

-M Multi-mapping reads worden ook geteld. Voor een multimapping-lezing wordt alles gerapporteerd
uitlijningen worden geteld. De tag `NH' in BAM/SAM-invoer wordt gebruikt om te detecteren
multi-mapping leest.

-Q
De minimale mappingkwaliteitsscore waaraan een leesbewerking moet voldoen om te worden geteld. Voor
paired-end reads, moet ten minste één uiteinde aan deze criteria voldoen. 0 standaard.

-T
Aantal draden. 1 standaard.

-v Uitvoerversie van het programma.

-J Tel het aantal reads dat elke exon-exon-junctie ondersteunt. Kruispunten waren
geïdentificeerd uit die exon-overspannende waarden in de invoer (met 'N' in CIGAR
snaar). Telresultaten worden opgeslagen in een bestand met de naam ' .jcounts'

-G
Het Fasta-bestand met het referentiegenoom dat is gebruikt bij het genereren van de input SAM of
BAM-bestanden. Dit argument is alleen nodig bij het tellen van kruispunten.

-R Voer een gedetailleerd toewijzingsresultaat uit voor elke lezing. Er wordt een tekstbestand gegenereerd voor
elk invoerbestand, inclusief namen van reads en meta-features/features reads were
toegewezen aan. Zie de gebruikershandleiding voor meer details.

--grootsteOverlap
Wijs leesbewerkingen toe aan een metafunctie/functie met het grootste aantal overlappingen
basen.

--minOverlapping
Geef het minimale aantal overlappende basen op dat vereist is tussen een lees- en een
meta-feature/feature waaraan de read is toegewezen. 1 standaard.

--lees2pos <5:3>
Verminder reads tot hun 5' meest base of 3' meest base. Vervolgens wordt er een leestelling uitgevoerd
gebaseerd op de enkele basis waarop de leeswaarde wordt gereduceerd.

--leesExtensie5 Lezingen worden stroomopwaarts uitgebreid met basen van hun
5' einde.

--leesExtensie3 Lezingen worden stroomopwaarts uitgebreid met basen van hun
3' einde.

--fractie
Gebruik een fractionele telling 1/n, in plaats van 1 (één) telling, voor elke gerapporteerde uitlijning
van een multi-mapping lezen in lezen tellen. n is het totale aantal gerapporteerde uitlijningen
voor de multi-mapping lezen. Deze optie moet samen met de optie '-M' worden gebruikt.

--primair
Tel alleen primaire uitlijningen. Primaire uitlijningen worden geïdentificeerd met behulp van bit 0x100 inch
SAM/BAM FLAG-veld.

--negeerDup
Negeer dubbele leesbewerkingen bij het tellen van leesbewerkingen. Dubbele leesbewerkingen worden geïdentificeerd met behulp van bit
Ox400 in BAM/SAM FLAG-veld. Het hele gelezen paar wordt genegeerd als een van de gelezen is
een dubbele uitlezing voor gepaarde eindgegevens.

--countSplitAlignmentsOnly Tel alleen gesplitste uitlijningen (d.w.z. uitlijningen met
CIGAR-tekenreeks met `N'). Een voorbeeld van gesplitste uitlijningen zijn exon-overspannende reads
in RNA-seq-gegevens.

-p Tel fragmenten (leesparen) in plaats van individuele reads. Voor elk leespaar is het
twee leesbewerkingen moeten naast elkaar liggen in de BAM/SAM-invoer.

-P Controleer de geldigheid van de gepaarde eindafstand bij het tellen van leesparen. Gebruik -d en -D naar
drempels instellen.

-d
Minimale fragment-/sjabloonlengte, standaard 50.

-D
Maximale fragment-/sjabloonlengte, standaard 600.

-B Tel alleen leesparen waarvan beide uiteinden met succes zijn uitgelijnd.

-S
Specificeer de oriëntatie van twee reads van hetzelfde paar, standaard 'fr'
(vooruit/achteruit).

-C Tel leesparen waarvan de twee uiteinden naar verschillende chromosomen wijzen niet mee
of in kaart brengen op hetzelfde chromosoom maar op verschillende strengen.

--niet sorteren
Sorteer geen leesbewerkingen in BAM/SAM-invoer. Merk op dat aflezingen van hetzelfde paar vereist zijn
naast elkaar in de ingang staan.

--maxMOp
Maximaal aantal 'M'-bewerkingen toegestaan ​​in een CIGAR-tekenreeks. 10 standaard. Beide
'X' en '=' worden behandeld als 'M' en aangrenzende 'M'-bewerkingen worden samengevoegd in de CIGAR
string.

Gebruik featureCounts online met behulp van onworks.net-services