formatdb - Online in de cloud

PROGRAMMA:

NAAM

formatdb - formatteer eiwit- of nucleotidedatabases voor BLAST

KORTE INHOUD

formaatdb [-] [-B bestandsnaam] [-F bestandsnaam] [-L bestandsnaam] [-T bestandsnaam] [-V] [-a] [-b] [-e]
[-i bestandsnaam] [-l bestandsnaam] [-n str] [-o] [-p F] [-s] [-t str] [-v N]

PRODUCTBESCHRIJVING

formaatdb moet worden gebruikt om databases met eiwit- of nucleotidebronnen eerder te formatteren
deze databases kunnen worden doorzocht met blastall, blastpgp of MegaBLAST. De brondatabase
kan in FASTA- of ASN.1-indeling zijn. Hoewel het FASTA-formaat het meest wordt gebruikt als
invoer voor formaatdb, is het gebruik van ASN.1 voordelig voor degenen die ASN.1 gebruiken als de
gemeenschappelijke bron voor andere formaten zoals het GenBank-rapport. Eenmaal een brondatabasebestand
is geformatteerd door formaatdb het is niet nodig door BLAST. Houd er rekening mee dat als u dat bent
gaat periodieke updates toepassen op uw BLAST-databases met behulp van samenvoegen(1), moet u
bewaar het brondatabasebestand.

OPTIES

Hieronder vindt u een overzicht van de mogelijkheden.

- Gebruiksbericht afdrukken

-B bestandsnaam
Binaire Gifile gemaakt van de Gifile gespecificeerd door -F. Deze optie specificeert de
naam van een binair GI-lijstbestand. Deze optie moet worden gebruikt met de -F optie. EEN
tekst GI-lijst kan worden gespecificeerd met de -F optie en de -B optie zal opleveren
die GI-lijst in binair formaat. Het binaire bestand is kleiner en BLAST heeft dit niet nodig
om het te converteren, zodat het sneller kan worden gelezen.

-F bestandsnaam
Gifile (bestand met lijst van gi's) voor gebruik met -B or -L

-L bestandsnaam
Maak een aliasbestand met de naam bestandsnaam, waardoor de doorzochte reeksen tot die reeksen worden beperkt
gespecificeerd door -F.

-T bestandsnaam
Stel de taxonomie-ID's in ASN.1-deflines in volgens de tabel in bestandsnaam.

-V Verbose: controleer op niet-unieke tekenreeks-ID's in de database

-a Invoerbestand is database in ASN.1-indeling (anders wordt FASTA verwacht)

-b ASN.1-database is binair (in tegenstelling tot ASCII-tekst)

-e Invoer is een Seq-invoer. Een ASN.1-brondatabase (ascii-tekst of binair) kan dat wel
bevatten een Bioseq-set of slechts één Bioseq. In het laatste geval -e moet worden verstrekt.

-i bestandsnaam
Voer bestand(en) in voor opmaak

-l bestandsnaam
Naam logbestand (standaard = formatdb.log)

-n str Basisnaam voor BLAST-bestanden (standaard de naam van het originele FASTA-bestand)

-o SeqID parseren en indexen maken. Als de brondatabase in FASTA-indeling is, wordt het
database-ID's in de FASTA-definitieregel moeten de conventies van volgen
het FASTA Defline-formaat.

-p F Input is een nucleotide, geen eiwit.

-s Indexeer alleen op toetreding, niet op locus. Dit is vooral handig voor reekssets
zoals de EST's waar de toetredings- en locusnamen identiek zijn. Formatdb wordt uitgevoerd
sneller en produceert kleinere tijdelijke bestanden als deze optie wordt gebruikt. Het is sterk
aanbevolen voor EST's, STS's, GSS's en HTGS's.

-t str Titel voor databasebestand [String]

-v N Splits grote FASTA-bestanden op in `volumes' van grootte N miljoen brieven (4000 door
standaard). Als onderdeel van het maken van een volume, formaatdb schrijft een nieuw type BLAST
databasebestand, een aliasbestand genoemd, met de extensie `nal' of `pal'.

Gebruik formatdb online met behulp van onworks.net-services