fox - Online in de cloud

PROGRAMMA:

NAAM

fox - ab-initio structuurbepaling uit diffractiegegevens

KORTE INHOUD

vos [opties] [bestand.xml]

PRODUCTBESCHRIJVING

De vos (Free Objects for Crystallography) programma is gemaakt voor het ab initio kristal
structuuroplossing uit diffractiegegevens. De meest interessante functies voor ab initio
structuurbepaling zijn:

* veelzijdige beschrijving van de kristalinhoud;

* automatische correctie voor speciale posities en gedeelde atomen tussen veelvlakken;

* de mogelijkheid om gelijktijdig meerdere poederpatronen te gebruiken;

* slimme globale optimalisatie-algoritmen;

* een grafische interface met een 3D-kristalstructuurweergave en live updates tijdens de
optimalisatie proces.

OPTIES

Dit programma kan worden uitgevoerd met of zonder opdrachtregelopties of invoerbestand (file.xml).
Het volgt de gebruikelijke syntaxis van de GNU-opdrachtregel, met lange opties die beginnen met twee streepjes
(`-'). Hieronder vindt u een overzicht van de mogelijkheden. Voor een volledige beschrijving, zie de vos
wiki http://objcryst.sourceforge.net/Fox/Manual

--help Overzicht van opties weergeven.

--loadfouriergrd kaart.grd
Laad en toon 'map.grd' fourier-kaart met (eerste) kristalstructuur

--loadfourierdsn6 kaart.DN6
Laad en toon een DSN6 fourier-kaart met (eerste) kristalstructuur

--nogui
Uitvoeren zonder GUI, start automatisch de optimalisatie --nogui kan vergezeld gaan van
de volgende opties:

-n 10000
Voer maximaal 10000 tests uit (standaard: 1000000)

--nbrun 5
Voer 5 runs uit, randomiseer voor elke run (standaard: 1), gebruik -1 om voor onbepaalde tijd te rennen

-o uit.xml
Uitvoer in 'out.xml'

--willekeurig
Willekeurige initiële configuratie

--stil
Produceer (bijna) geen tekstuitvoer

--eindkosten 0.15
Voer optimalisatie uit tot kosten < 0.15

--cif2patroon 1.5406 170 5000 .1
Simuleer patroon voor ingangskristal, golflengte=1.5406 tot 170° met 500 punten
en een piekbreedte van 0.1°

Voorbeelden

Vos silicium.xml
Laad het bestand 'silicon.xml' en start de GUI.

Vos Cimetidine-poeder.xml --nogui --willekeurig -n 1000000 -o beste.xml
Laad het bestand 'ktartrate.xml', randomiseer het en maak vervolgens 1 optimalisatie van 1 miljoen pogingen,
en bewaar de beste structuur in 'best.xml'.

Vos Cimetidine-poeder.xml --nogui --willekeurig -n 10000000 --nbrun 10 -o beste.xml
Laad het bestand 'Cimetidine-powder.xml' en voer vervolgens 10 runs uit (beginnend met een willekeurige
structuur) van 10 miljoen pogingen (bij elke run wordt één xml-bestand opgeslagen) en sla de beste op
structuur in 'best.xml'.

Vos Cimetidine-poeder.xml --nogui --stil --willekeurig -n 10000000 --nbrun 10 --eindkosten
200000 -o beste.xml
Laad het bestand 'Cimetidine-powder.xml' en voer vervolgens 10 stille runs uit van 10 miljoen tests
(bij elke run wordt één xml-bestand opgeslagen) en sla de beste structuur op in 'best.xml'. Voor elk
uitgevoerd, stopt de optimalisatie als de kosten onder de 200000 komen.

Gebruik fox online met behulp van onworks.net-services