het Engelshet FransSpaans

Servers draaien | Ubuntu > | Fedora > |


OnWorks-favicon

frendp - Online in de cloud

Voer frendp uit in de gratis hostingprovider van OnWorks via Ubuntu Online, Fedora Online, Windows online emulator of MAC OS online emulator

Dit is de opdracht frendp die kan worden uitgevoerd in de gratis hostingprovider van OnWorks met behulp van een van onze meerdere gratis online werkstations zoals Ubuntu Online, Fedora Online, Windows online emulator of MAC OS online emulator

PROGRAMMA:

NAAM


frend.pl -- Render een Bio::Graphics Feature File op het web

KORTE INHOUD


http://your.host.com/cgi-bin/frend.pl

PRODUCTBESCHRIJVING


Het frend.pl-script is een dunne voorkant rond de Bio::Graphics-module. Het accepteert een
lijst met bestanden met sequentie (eiwit, nucleotide) functiecoördinaten van de
bestand(en) vermeld op de opdrachtregel of op standaardinvoer, rendert ze en produceert een PNG
bestand op standaarduitvoer.

INSTALLATIE


Kopieer dit script naar de cgi-bin-map van uw website. Noem het zoals je wilt.

Kenmerk bestanden Formaat


Dit script accepteert en verwerkt sequentie-annotaties in een eenvoudig door tabs gescheiden formaat of
in GFF-formaat.

De bestandsindeling van de functie heeft een configuratiegedeelte en een gegevensgedeelte. De configuratie
sectie stelt de grootte en algemene eigenschappen van de afbeelding in, en de gegevenssectie geeft
de functiegegevens zelf.

Configuratie sectie
Indien niet verstrekt, genereert dit script een redelijke standaardconfiguratiesectie voor:
u, dus u hoeft geen configuratiegedeelte op te geven om een ​​redelijk beeld te krijgen.
Om het uiterlijk van de afbeelding af te stemmen, wilt u waarschijnlijk de
configuratie. Hier is een fragment uit het configuratiegedeelte:

# voorbeeldbestand
[algemeen]
basen = -1000..21000
hoogte = 12

[EST]
glyph = segmenten
bgcolor=geel
connector = vast
hoogte = 5

[FGENEN]
glyph = transcript2
bgkleur = groen
beschrijving = 1

De configuratiesectie is verdeeld in een reeks secties, elk gelabeld met a
[Sectietitel]. De sectie [algemeen] specificeert globale opties voor de hele afbeelding.
Andere secties zijn van toepassing op bepaalde functietypes. In het bovenstaande voorbeeld is de configuratie
in de [EST]-sectie is van toepassing op functies die zijn gelabeld als EST's, terwijl de configuratie in de
[FGENES]-sectie is van toepassing op functies die zijn gelabeld als voorspellingen van het FGENES-gen
voorspellingsprogramma.

Binnen elke sectie is een reeks naam=waarde-paren, waarbij de naam de naam is van een
optie in te stellen. U kunt witruimte rond het =-teken plaatsen om het leesbaarder te maken, of zelfs
gebruik eventueel een dubbele punt (:). De volgende optienamen worden herkend:

Optie Waarde Voorbeeld
------ ----- -------

basen Min & max van het sequentiebereik (bp) 1200..60000
breedte breedte van de afbeelding (pixels) 600
hoogte Hoogte van elk grafisch element (pixels) 10
glyph Stijl van elk grafisch element (zie hieronder) transcript
fgcolor Voorgrondkleur van elk element geel
bgcolor Achtergrondkleur van elk element blauw
lijnbreedte Breedte van lijnen 3
label Druk de naam van de functie af 1
beschrijving Of de beschrijving van de functie moet worden afgedrukt 0
hobbel Elementen mogen niet botsen 1
ticks Druk vinkjes af op pijlen 1
connector Type groepsconnector (streepjes, hoed of vol) streepjes

De opties "bases" en "breedte" zijn alleen relevant in de sectie [algemeen]. Zij zijn
overschreven door de gelijknamige opdrachtregelopties.

De rest van de opties kan in elke sectie worden geplaatst, maar indien aanwezig in de
[algemeen] sectie stelt de standaardwaarden in voor de anderen.

Kleuren zijn Engelstalige kleurnamen of #RRGGBB-kleuren in webstijl (zie een boek over HTML
voor uitleg). Waar/onwaar-waarden zijn 1 voor waar en 0 voor onwaar. Numerieke bereiken kunnen
worden uitgedrukt in start..end-mode met twee punten, of als start-end met een koppelteken.

De "glyph"-optie bepaalt hoe de functies worden weergegeven. De volgende symbolen zijn:
geïmplementeerd:

Naam Beschrijving
---- -----------

doos Een gevulde rechthoek, niet-directioneel.
ellips Een ovaal.
pijl Een pijl; kan unidirectioneel zijn of
bidirectioneel. Het is ook in staat om weer te geven:
een schaal met grote en kleine maatstreepjes, en can
horizontaal of verticaal gericht zijn.
segmenten Een reeks gevulde rechthoeken verbonden door vast
lijnen. Gebruikt voor onderbroken functies, zoals:
gapped uitlijningen en exon groepen.
transcript Gelijk aan segmenten, maar de verbindingslijn is
een "hoed" vorm, en de richting van
transcriptie wordt aangegeven door een kleine pijl.
transcript2 Gelijk aan transcript, maar de richting van
transcriptie wordt aangegeven door een terminaal segment
in de vorm van een pijl.
primers Twee naar binnen wijzende pijlen verbonden door een lijn. Gebruikt voor STS'en.

De bump-optie is de belangrijkste optie om het uiterlijk van de afbeelding te regelen. Indien ingesteld
naar false (het getal 0), dan mogen de kenmerken elkaar overlappen. Indien ingesteld op true (de
nummer 1), dan zullen de objecten verticaal bewegen om te voorkomen dat ze botsen. Indien niet gespecificeerd,
hobbel is ingeschakeld als het aantal van een bepaald type reekskenmerk groter is dan 50.

Data sectie
Het gegevensgedeelte kan het configuratiegedeelte volgen of doorgaan. De twee secties kunnen
ook vermengd worden. De gegevenssectie is een door tabs of witruimte gescheiden bestand dat u kunt
exporteren vanuit een spreadsheetprogramma of tekstverwerkerbestand (vergeet niet om op te slaan als tekst
enkel en alleen!)

Hier is een voorbeeld van een gegevenssectie:

Cosmide B0511 . 516-619 Cosmide B0511 . 3185-3294 Cosmid
B0511 . 10946-11208 Cosmide B0511 . 13126-13511 Cosmid
B0511 . 66-208 Cosmide B0511 . 6354-6499 Cosmide B0511
. 13955-14115 EST yk595e6.5 + 3187-3294 EST yk846e07.3 -
11015-11208 EST yk53c10
yk53c10.5 + 18892-19154
yk53c10.3 - 15000-15500,15700-15800 EST yk53c10.5 +
16032-16105 SwissProt PECANEX + 13153-13656 Zweedse vis FGENESH "Gene
1" - 1-205,518-616,661-735,3187-3365,3436-3846 Transmembraan domein
FGENESH "Gene 2" - 16626-17396,17451-17597 Kinase- en sushi-domeinen

Elke regel van het bestand bevat vijf kolommen. De kolommen zijn:

Kolom # Beschrijving
-------- -----------

1 functietype
2 functienaam
3-streng
4 coördinaten
5 beschrijving

Functietype
Het feature type moet overeenkomen met een van de [feature type] kopjes in de
configuratie sectie. Als dit niet het geval is, worden de [algemene] opties toegepast op de
functie bij het renderen. De functienaam is een naam voor de functie. Gebruik een "." of
"-" als dit niet relevant is. Als de naam spaties bevat, plaats dan enkel of dubbel
aanhalingstekens ("") rond de naam.

strand
De streng geeft aan op welke streng de feature zich bevindt. Het is een van "+" voor de forward
streng, "-" voor de omgekeerde streng, of "." voor functies die niet gestrand zijn.

coördinaten
De coördinatenkolom is een set van een of meer bereiken die het object inneemt.
Bereiken worden geschreven met ".." zoals in start..stop, of met koppeltekens, zoals in start-stop.
Voor functies die zijn samengesteld uit meerdere bereiken &em; bijvoorbeeld transcripties die
hebben meerdere exons &em; je kunt de bereiken op dezelfde regel plaatsen, gescheiden door
komma's of spaties, of plaats de bereiken op afzonderlijke regels en gebruik gewoon dezelfde functie
naam en type om ze te groeperen. In het bovenstaande voorbeeld gebruiken de Cosmid B0511-functies de
individuele lijnstijl, terwijl de FGENESH-functies de all-ranges-on-one-line gebruiken
stijl.

Omschrijving
De laatste kolom bevat wat beschrijvende tekst. Als de beschrijvingsoptie is ingesteld op
true, deze tekst wordt afgedrukt onder het kenmerk in de weergave.

Ten slotte is het mogelijk om gerelateerde kenmerken te groeperen. Een voorbeeld zijn de EST's
yk53c10.5 en yk53c10.3, die gerelateerd zijn doordat ze worden gelezen vanaf de twee uiteinden van de kloon
yk53c10. Om deze relatie aan te geven, genereert u een sectie die er als volgt uitziet:

EST yk53c10
yk53c10.5 + 18892-19154
yk53c10.3 - 15000-15500,15700-15800

De groep wordt aangegeven door een regel die slechts twee kolommen bevat die het kenmerk bevatten
type en een unieke naam voor de groep. Volg deze lijn met alle functies die de . vormen
groep, maar laat de eerste kolom (het feature type) leeg. De groep wordt weergegeven door
een stippellijn trekken tussen alle leden van de groep. U kunt dit wijzigen door:
een andere connectoroptie specificeren in de configuratiesectie voor deze functie
type.

Gebruik frendp online met onworks.net-services


Ad


Ad