Dit is de opdrachtfuzznuce die kan worden uitgevoerd in de gratis hostingprovider van OnWorks met behulp van een van onze meerdere gratis online werkstations zoals Ubuntu Online, Fedora Online, Windows online emulator of MAC OS online emulator
PROGRAMMA:
NAAM
fuzznuc - Zoeken naar patronen in nucleotidesequenties
KORTE INHOUD
fuzznuc -volgorde vervolg -patroon patroon -aanvulling boolean -uitbestand verslag
fuzznuc -Help
PRODUCTBESCHRIJVING
fuzznuc is een commandoregelprogramma van EMBOSS (“the European Molecular Biology Open
Softwaresuite”). Het maakt deel uit van de commandogroep(en) "Nucleic:Motifs".
OPTIES
Invoer sectie
-volgorde vervolg
-patroon patroon
Er wordt gebruik gemaakt van de standaard IUPAC-eenlettercodes voor de nucleotiden. Het symbool 'n' is
gebruikt voor een positie waar elk nucleotide wordt geaccepteerd. Onduidelijkheden worden aangegeven met
opsomming van de aanvaardbare nucleotiden voor een bepaalde positie, tussen vierkante haakjes '[
]'. Bijvoorbeeld: [ACG] staat voor A of C of G. Dubbelzinnigheden worden ook aangegeven met
tussen accolades '{ }' worden de nucleotiden vermeld die niet worden geaccepteerd
op een gegeven positie. Bijvoorbeeld: {AG} staat voor alle nucleotiden behalve A en G. Elk
element in een patroon wordt van zijn buurman gescheiden door een '-'. (Optioneel in fuzznuc).
Herhaling van een element van het patroon kan worden aangegeven door dat element te volgen
met een numerieke waarde of een numeriek bereik tussen haakjes. Voorbeelden: N(3)
komt overeen met NNN, N(2,4) komt overeen met NN of NNN of NNNN. Wanneer een patroon is
beperkt tot het 5'- of 3'-uiteinde van een sequentie, begint dat patroon ofwel met a
'<' symbool of eindigt respectievelijk met een '>' symbool. Een punt beëindigt het patroon.
(Optioneel in fuzznuc). Bijvoorbeeld [CG](5)TG{A}N(1,5)C
Geavanceerd sectie
-aanvulling boolean
Standaardwaarde: N
uitgang sectie
-uitbestand verslag
Gebruik fuzznuce online met behulp van onworks.net-services
