fuzztrane - Online in de cloud

PROGRAMMA:

NAAM

fuzztran - Zoeken naar patronen in eiwitsequenties (vertaald)

KORTE INHOUD

fuzztran -volgorde vervolg -patroon patroon [-kader lijst] [-tafel lijst] -uitbestand verslag

fuzztran -Help

PRODUCTBESCHRIJVING

fuzztran is een commandoregelprogramma van EMBOSS (“the European Molecular Biology Open
Software Suite”). Het maakt deel uit van de commandogroep(en) "Nucleïnezuur:Motieven, Eiwit:Motieven".

OPTIES

Invoer sectie
-volgorde vervolg

-patroon patroon
Er wordt gebruik gemaakt van de standaard IUPAC-eenlettercodes voor de aminozuren. Het symbool 'x' is
gebruikt voor een positie waar elk aminozuur wordt geaccepteerd. Onduidelijkheden worden aangegeven met
een opsomming van de aanvaardbare aminozuren voor een bepaalde positie, tussen vierkante haakjes '[
]'. Bijvoorbeeld: [ALT] staat voor Ala of Leu of Thr. Dubbelzinnigheden worden ook aangegeven met
tussen accolades '{ }' worden de aminozuren vermeld die niet worden geaccepteerd
op een bepaalde positie. Bijvoorbeeld: {AM} staat voor elk aminozuur behalve Ala en Met.
Elk element in een patroon wordt van zijn buurman gescheiden door een '-'. (Optioneel binnen
fuzztran) Herhaling van een element van het patroon kan worden aangegeven door het volgende te volgen:
element met een numerieke waarde of een numeriek bereik tussen haakjes. Voorbeelden:
x(3) komt overeen met xxx, x(2,4) komt overeen met xx of xxx of xxxx. Wanneer een
patroon is beperkt tot het N- of C-uiteinde van een sequentie, dat patroon
begint ofwel met een '<' symbool of eindigt respectievelijk met een '>' symbool. Een periode eindigt
het patroon. (Optioneel in fuzztran). Bijvoorbeeld: [DE](2)HS{P}X(2)PX(2,4)C

Extra sectie
-kader lijst
Standaardwaarde: 1

-tafel lijst

uitgang sectie
-uitbestand verslag

Gebruik fuzztrane online met behulp van onworks.net-services