knoflook - Online in de cloud

PROGRAMMA:

NAAM

knoflook - programma voor moleculaire visualisatie

KORTE INHOUD

knoflook [waar Knoflook opties] [X11 opties] [bestandsnaam]

PRODUCTBESCHRIJVING

Deze handleiding geeft in het kort weer: knoflook, een gratis programma voor moleculaire visualisatie.
Uitgebreide documentatie in HTML-formaat en bronnen zijn te vinden op knoflookhuis,
<URL:http://garlic.mefos.hr/garlic/>. Fysieke locatie: School of Medicine, Universiteit
van Osijek, Kroatië, Europa. Voorgecompileerde pakketten voor een aantal GNU/Linux-distributies
zijn beschikbaar. Deze omvatten Debian, SuSE, Mandriva, Linspire en een aantal andere
distributies. De HTML-documentatie kan worden gedownload en uitgepakt voor lokaal gebruik (aanbevolen
gebruik). Hier vindt u een zeer korte beschrijving van het programma en de lijst met commando's
lijn opties.

knoflook is een moleculair visualisatieprogramma dat oorspronkelijk is geschreven voor onderzoek naar
membraan eiwitten. Nu kan het worden gebruikt om alle eiwitten te visualiseren en eenvoudig te bewerken
moleculen. Deze versie herkent PDB-formaat versie 2.1; zie het bronbestand pdb_atom.c
voor meer informatie over dit formaat.

OPTIES

Opdrachtregelopties kunnen in twee groepen worden verdeeld: waar (specifiek) knoflook opties en X11
opties. Opties kunnen in willekeurige volgorde worden gegeven. Alle opties en hardgecodeerde standaardwaarden zijn
vermeld in onderstaande tabel. Voor elke parameter is de waarde die via de opdrachtregel is gedefinieerd
gebruikt, indien beschikbaar. Zo niet, dan wordt de waarde gedefinieerd in .knoflook bestand wordt gebruikt. Als .knoflook
bestand niet beschikbaar is, of er is geen overeenkomend item in dit bestand, het hard-coded
standaardwaarde wordt gebruikt. Het voorbeeld .knoflook bestand in het originele pakket bevat
de waarden gelijk aan hard-coded defaults.

knoflook opties:
-H, --help
Help afdrukken en afsluiten.

-in, --versie
Print versie en sluit af.

-R, --register
Registreer knoflook: informeer de auteur dat uw site knoflook heeft geïnstalleerd en dat iemand
gaat dit programma gebruiken. Door u te registreren, moedigt u de auteur aan om
verdere ontwikkeling van knoflook. U kunt de auteur ook helpen om voor ondersteuning te zorgen
verdere ontwikkeling. Deze optie verstuurt één kort e-mailbericht met alleen
de kop van het e-mailbericht en het woord 'Hallo!' aan[e-mail beveiligd]>. Alsjeblieft
voer knoflook -r uit als je dit programma gaat gebruiken. Als u niet bent aangesloten op
internet, overweeg dan om een ​​kort bericht te sturen vanaf een ander systeem.

-nieuwsgierig Verberg het coördinatensysteempictogram (linkerbovenhoek).

-geen controle
Verberg het controlevenster (rechterbovenhoek).

-stereo
Geef stereobeeld weer.

-plaat mode
Standaard plaatmodus. Beschikbare plaatmodi zijn: uit, vlak (standaard), bol,
halve bol, cilinder en halve cilinder.

-vervagen mode
Standaard kleurvervagingsmodus. Beschikbare modi: uit, vlak (standaard), bol,
halve bol, cilinder en halve cilinder.

-als aantal
Standaard atoomtekenstijl (hard gecodeerde standaard: 2).

-bs aantal
Standaard tekenstijl voor obligaties (hard gecodeerde standaard: 2).

-fs aantal
Standaard aantal kleurvervagende oppervlakken. Evenwijdige vlakken, concentrische bollen of
concentrische cilinders kunnen worden gebruikt als vervagende oppervlakken. Drie RGB-tripletten zijn
toegewezen aan elk oppervlak. Oppervlakken zijn gelijkmatig verdeeld; minstens één en hoogstens
acht moeten worden gedefinieerd. Er zijn minimaal drie kleuren (links, midden en rechts).
toegewezen aan elk zichtbaar atoom. Deze drie kleuren zijn gebaseerd op de positie van a
gegeven atoom ten opzichte van het dichtstbijzijnde vervagende oppervlak (en) en op kleuren die eraan zijn toegewezen
deze oppervlakken. Kleuren worden gecombineerd met behulp van lineaire weging.

-lc kleur
Linkerkleur op het i-de oppervlak; i ligt tussen nul en zeven. De kleurenreeks
moet voldoen aan X11R5. Blauw kan bijvoorbeeld worden gedefinieerd als blauw of als
RGB:0000/0000/FFFF enz. Bijvoorbeeld -lc4 RGB:BBBB/8888/4444 definieert de linkerkleur
aan het oppervlak waarvan de index gelijk is aan vier.

-mc kleur
Middelste kleur op het i-de oppervlak.

-rc kleur
Juiste kleur op het i-de vlak.

-pc, --print-config
Druk configuratiegegevens af en sluit af.

-pcn Print cursornamen naar stdout en sluit af.

-logboek logfile
Schrijf opdrachten en berichten naar logbestand. Het bestand wordt gemaakt in de huidige
werkmap. Als dit niet mogelijk is, wordt er een logbestand aangemaakt in de homepagina van de gebruiker
directory.

X11 optie:
-Scherm Weergavenaam
X-server om contact op te nemen.

-geometrie geom
Venstergeometrie (standaard: bijna het hele scherm).

-bg kleur
Achtergrondkleur hoofdvenster (standaard is zwart).

-fg kleur
Voorgrondkleur hoofdvenster (standaard: wit).

-fn lettertypenaam
Tekstlettertype; (standaard is 10x20).

-tbg kleur
Achtergrondkleur tekst (standaard is zwart).

-tfg kleur
Tekstkleur (standaard is wit).

-cursor cursornaam
Cursornaam; zien /usr/include/X11/cursorfont.h voor namen; verwijder het voorvoegsel XC_.

Gebruik knoflook online met behulp van onworks.net-services