genoom-muziek-galaxyp - Online in de cloud

PROGRAMMA:

NAAM

genome music galaxy - Voer het volledige pakket MuSiC-tools opeenvolgend uit.

VERSIE

Dit document beschrijft genoommuziek galaxy versie 0.04 (2016-01-01 om 23:10:18)

KORTE INHOUD

genoom muziek galaxy [--output-dir=?] --bam-list=? --output-bundel=? --roi-bestand=?
--referentiereeks=? --maf-bestand=? --pathway-bestand=? [--numeriek-klinisch-gegevensbestand=?]
[--categorisch-klinisch-gegevensbestand=?] [--mutatie-matrix-bestand=?] [--permutaties=?]
[--normale-min-diepte=?] [--tumor-min-diepte=?] [--min-mapq=?] [--show-overgeslagen]
[--genes-to-ignore=?] [--bmr=?] [--max-proximity=?] [--bmr-modifier-file=?]
[--numerieke-data-test-methode=?] [--skip-low-mr-genen] [--max-fdr=?]
[--genetische-data-type=?] [--wu-annotatie-headers] [--bmr-groups=?]
[--afzonderlijke afkappingen] [--samenvoegen-gelijktijdige muts] [--skip-niet-codering] [--skip-stil]
[--min-mut-genes-per-path=?] [--glm-model-file=?] [--processors=?] [--aa-range=?]
[--nuc-range=?] [--reference-build=?] [--show-known-hits] [--glm-clinical-data-file=?]
[--gebruik-maf-in-glm] [--omimaa-dir=?] [--kosmische-dir=?] [--uitgebreid]
[--klinische-correlatiematrix-bestand=?]

Deze tool neemt als parameters alle informatie die nodig is om de afzonderlijke tools uit te voeren. Een
voorbeeldgebruik is:

... muziek afspelen \
--bam-list input/bams_to_analyze.txt \
--numerieke-klinische-gegevensbestandinvoer/numerieke_klinische_data.csv \
--maf-file input/myMAF.tsv \
--output-dir play_output_dir \
--pathway-bestand invoer/pathway_db \
--referentiereeksinvoer/refseq/all_sequences.fa \
--roi-file input/all_coding_regions.bed \
--gen voor het genetische gegevenstype

VERPLICHT ARGUMENTEN

bam-lijst Tekst
Door tabs gescheiden lijst met BAM-bestanden [sample_name normal_bam tumor_bam]

uitvoerbundel Tekst
Locatie waar Galaxy de bundel met muziekuitvoer wil opslaan

roi-bestand Tekst
Door tabs gescheiden lijst met ROI's [chr start stop gene_name]

referentie-reeks Tekst
Pad naar referentiereeks in FASTA-indeling

maf-bestand Tekst
Lijst met mutaties die gebruik maken van TCGA MAF-specificaties v2.3

Pathway-bestand Tekst
Door tabs gescheiden bestand met padinformatie

OPTIONELE ARGUMENTEN

uitvoer-dir
Directory waar uitvoerbestanden en submappen worden geschreven

Standaardwaarde '' indien niet gespecificeerd

numeriek-klinisch-gegevensbestand Tekst
Tabel met monsters (y) versus numerieke klinische gegevenscategorie (x)

categorisch-klinisch-gegevensbestand Tekst
Tabel met monsters (y) versus categorische klinische gegevenscategorie (x)

mutatie-matrix-bestand Tekst
Sla optioneel de sample-vs-gen-matrix op die tijdens berekeningen wordt gebruikt.

permutaties Telefoon Nummer
Aantal permutaties gebruikt om P-waarden te bepalen

normaal-min-diepte Geheel getal
De minimale leesdiepte om een ​​normale BAM-basis als gedekt te beschouwen

tumor-min-diepte Geheel getal
De minimale leesdiepte om een ​​Tumor BAM-basis als gedekt te beschouwen

min-mapq Geheel getal
De minimale toewijzingskwaliteit van leesbewerkingen waarmee rekening moet worden gehouden bij het aantal leesdieptes

show overgeslagen Boolean
Rapporteer elke overgeslagen mutatie, niet alleen hoeveel

Standaardwaarde 'false' (--noshow-skiped) indien niet gespecificeerd

noshow-overgeslagen Boolean
Show-overgeslagen 'false' maken

genen om te negeren Tekst
Door komma's gescheiden lijst van genen die moeten worden genegeerd voor achtergrondmutatiesnelheden

bmr Telefoon Nummer
Achtergrondmutatiesnelheid in de doelregio's

maximale nabijheid Tekst
Maximale AA-afstand tussen 2 mutaties

bmr-modifier-bestand Tekst
Door tabs gescheiden lijst met waarden per gen die de BMR wijzigen vóór het testen van [gene_name
bmr_modifier]

numerieke data-testmethode Tekst
Ofwel 'cor' voor Pearson Correlatie of 'wilcox' voor de Wilcoxon Rank-Sum Test voor
numerieke klinische gegevens.

Standaardwaarde 'cor' indien niet gespecificeerd

skip-low-mr-genen Boolean
Sla het testen van genen over met MR's lager dan de achtergrond-MR

Standaardwaarde 'true' indien niet opgegeven

noskip-low-mr-genen Boolean
Maak skip-low-mr-genen 'vals'

max-fdr Telefoon Nummer
Het maximaal toegestane percentage valse ontdekkingen om een ​​gen als een SMG te beschouwen

Standaardwaarde '0.2' indien niet gespecificeerd

genetisch gegevenstype Tekst
Gegevens in het matrixbestand moeten gegevens van het type 'gen' of 'variant' zijn

wu-annotatie-headers Boolean
Gebruik dit om standaard kopteksten voor annotatieformaat te gebruiken

nowu-annotatie-headers Boolean
Maak wu-annotatie-headers 'false'

bmr-groepen Geheel getal
Aantal clusters van monsters met vergelijkbare BMR's

Standaardwaarde '1' indien niet gespecificeerd

aparte truncaties Boolean
Afknotmutaties groeperen als een aparte categorie

Standaardwaarde 'false' (--noseparate-truncations) indien niet gespecificeerd

geen aparte truncaties Boolean
Maak afzonderlijke truncaties 'false'

samenvoegen-gelijktijdige-muts Boolean
Meerdere mutaties van een gen in hetzelfde monster worden behandeld als 1

Standaardwaarde 'false' (--nomerge-concurrent-muts) indien niet gespecificeerd

nomerge-concurrent-muts Boolean
Maak merge-concurrent-muts 'false'

overslaan-niet-coderen Boolean
Sla niet-coderende mutaties uit het verstrekte MAF-bestand over

Standaardwaarde 'true' indien niet opgegeven

noskip-niet-coderen Boolean
Maak skip-non-coding 'false'

overslaan-stil Boolean
Sla stille mutaties over uit het verstrekte MAF-bestand

Standaardwaarde 'true' indien niet opgegeven

noskip-stil Boolean
Maak skip-stille 'false'

min-mut-genen-per-pad Geheel getal
Paden met minder gemuteerde genen dan dit zullen worden genegeerd

Standaardwaarde '1' indien niet gespecificeerd

glm-modelbestand Tekst
Bestand waarin het type model, de responsvariabele, covarianten etc. voor de GLM worden beschreven
analyse. (Zie beschrijving).

processors Geheel getal
Aantal processors dat moet worden gebruikt in SMG (vereist 'foreach'- en 'doMC' R-pakketten)

Standaardwaarde '1' indien niet gespecificeerd

aa-bereik Geheel getal
Stel in hoe dicht een 'bijna'-overeenkomst is bij het zoeken naar aminozuur-bijna-treffers

Standaardwaarde '2' indien niet gespecificeerd

nuc-bereik Geheel getal
Stel in hoe dicht een 'near' match is bij het zoeken naar nucleotide positie near hits

Standaardwaarde '5' indien niet gespecificeerd

referentie-build Tekst
Zet "Build36" of "Build37"

Standaardwaarde 'Build37' indien niet opgegeven

show-bekende-hits Boolean
Als een bevinding nieuw is, toon bekende AA in dat gen

Standaardwaarde 'true' indien niet opgegeven

noshow-bekende-hits Boolean
Show-bekende-hits 'false' maken

glm-klinisch-gegevensbestand Tekst
Klinische kenmerken, mutatieprofielen, andere gemengde klinische gegevens (zie BESCHRIJVING).

gebruik-maf-in-glm Boolean
Stel deze vlag in om de variantmatrix die is gemaakt op basis van het MAF-bestand te gebruiken als variantinvoer
GLM-analyse.

Standaardwaarde 'false' (--nouse-maf-in-glm) indien niet gespecificeerd

nouse-maf-in-glm Boolean
Maak use-maf-in-glm 'false'

omimaa-dir Pad
omim-databasemap voor aminozuurmutaties

kosmisch-dir Pad
databasemap voor kosmische aminozuurmutaties

breedsprakig Boolean
inschakelen om een ​​grotere werkopbrengst weer te geven

Standaardwaarde 'true' indien niet opgegeven

noverbose Boolean
Maak breedsprakig 'false'

klinische-correlatiematrix-bestand Tekst
Sla optioneel de monster-vs-gen-matrix op die intern wordt gebruikt tijdens berekeningen.

PRODUCTBESCHRIJVING

Met deze opdracht kunnen alle MuSiC-analysetools op een set gegevens worden uitgevoerd. Alsjeblieft
zie de afzonderlijke tools voor een verdere beschrijving van de parameters.

AUTEURS

Thomas B. Mooney, MS

CREDITS

Zie de credits voor genoom-muziek(1).

Gebruik genoom-muziek-galaxyp online met behulp van onworks.net-services