gmap - Online in de cloud

PROGRAMMA:

NAAM

gmap - Programma voor genomische mapping en afstemming

KORTE INHOUD

gmap [OPTIES​ <FASTA bestanden...>, or kat | gmap [OPTIES...]

OPTIES

Invoer opties (moeten omvatten -d or -g)
-D, -- richt=directory
Genoom directory. Standaard (zoals gespecificeerd door --met-gmapdb naar het configuratieprogramma)
is /var/cache/gmap

-d, --db=STRING
Genoom database. Als argument is '?' (met de aanhalingstekens), dit commando geeft een lijst weer
beschikbare databanken.

-k, --kmer=INT
kmer-grootte die in de genoomdatabase moet worden gebruikt (toegestane waarden: 16 of minder). Als niet
gespecificeerd, zal het programma de hoogst beschikbare kmer-grootte in het genoom vinden
databank

--bemonstering=INT
Monstername voor gebruik in genoomdatabase. Indien niet gespecificeerd, zal het programma de
kleinste beschikbare bemonsteringswaarde in de genoomdatabase binnen geselecteerde k-mer-grootte

-G, --genoomvol
Gebruik het volledige genoom (alle ASCII-tekens toegestaan; expliciet gebouwd tijdens de installatie), niet
gecomprimeerde versie

-g, --gseg=bestandsnaam
Door de gebruiker geleverd genomisch segment

-1, --zelf uitlijnen
Lijn één reeks uit met zichzelf in FASTA-formaat via stdin (handig om
eiwittranslatie van een nucleotidesequentie)

-2, --paaruitlijnen
Lijn twee sequenties uit in FASTA-formaat via stdin, de eerste is genomisch en de tweede
een daarvan is cDNA

--cmdlijn=STRING,SNAAR
Lijn deze twee sequenties op de opdrachtregel uit, de eerste is genomisch en
tweede is cDNA

-q, --deel=INT/INT
Verwerk alleen de i-de van elke n reeksen, bijv. 0/100 of 99/100 (handig voor
het verdelen van banen naar een computerboerderij).

--invoer-buffergrootte=INT
Grootte van invoerbuffer (programma leest zoveel reeksen tegelijk voor efficiëntie)
(standaard 1000)

Berekeningsopties

-B, --partij=INT
Batch-modus (standaard = 2)

Modus Offsets Posities Genoom
0 zie opmerking mmap mmap
1 zie opmerking mmap & preload mmap
(standaard) 2 zie opmerking mmap & preload mmap & preload
3 zie opmerking toewijzen mmap & preload
4 zie opmerking toewijzen toewijzen
5 uitbreiden toewijzen toewijzen

Opmerking: voor een enkele reeks gebruiken alle gegevensstructuren mmap
Als mmap niet beschikbaar is en toewijzing niet is gekozen, zal fileio worden gebruikt (zeer traag)

Opmerking over --partij en offsets: Uitbreiding van offsets kan worden gecontroleerd
zelfstandig door de --uitbreiden-offsets vlag. De --partij=5 optie is gelijk aan
--partij=4 plus --uitbreiden-offsets=1

--uitbreiden-offsets=INT
Of de index voor genomische offsets moet worden uitgebreid. Waarden: 0 (nee, standaard) of 1 (ja).
Uitbreiding zorgt voor snellere uitlijning, maar vereist meer geheugen

--neusplicing
Schakelt splicing uit (handig voor het uitlijnen van genomische sequenties op een genoom)

--min-intronlengte=INT
Min. lengte voor één intern intron (standaard 9). Beneden deze grootte, een genomic gap
zal eerder als een deletie dan als een intron worden beschouwd.

-K, --intronlengte=INT
Max lengte voor één interne intron (standaard 200000)

-w, --lokale splicedist=INT
Max. lengte voor bekende splitsingsplaatsen aan het einde van de reeks (standaard 2000000)

-L, --totale lengte=INT
Maximale totale intronlengte (standaard 2400000)

-x, --chimera-marge=INT
Hoeveelheid niet-uitgelijnde reeks die het zoeken naar de resterende reeks activeert
(standaard 30). Maakt uitlijning van chimerische uitlezingen mogelijk en kan bij sommige helpen
niet-chimerische leest. Zet op nul om uit te schakelen.

--geen hersenspinsels
Schakelt het vinden van chimera's uit. Zelfde effect als --chimera-marge=0

-t, --nthreads=INT
Aantal werkthreads

-c, --chrsubset=snaar
Zoekopdracht beperken tot gegeven chromosoom

-z, --richting=STRING
cDNA-richting (sense_force, antisense_force, sense_filter, antisense_filter, of
automatisch (standaard))

-H, --trimendexonen=INT
Trim end exons met minder dan het opgegeven aantal overeenkomsten (in nt, standaard 9)

--canonieke-modus=INT
Beloning voor canonieke en semi-canonieke introns 0=lage beloning, 1=hoge beloning
(standaard), 2=lage beloning voor reeksen met hoge identiteit en anders hoge beloning

--cross-soorten
Gebruik een meer gevoelige zoekopdracht voor canonieke splitsing, wat vooral helpt voor
uitlijning tussen soorten en andere moeilijke gevallen

--sta-close-indels toe=INT
Sta een invoeging en verwijdering dicht bij elkaar toe (0=nee, 1=ja (standaard), 2=alleen
voor hoogwaardige uitlijningen)

--microexon-spliceprob=FLOAT
Sta micro-exons alleen toe als een van de kansen op de splitsingsplaats groter is dan dit
waarde (standaard 0.95)

--cmetdir=STRING
Directory voor methylcytosine-indexbestanden (gemaakt met cmmetindex) (standaard is
locatie van genoomindexbestanden gespecificeerd met -D, -V en -d)

--atoidir=STRING
Directory voor A-naar-I RNA-bewerkingsindexbestanden (gemaakt met atoiindex) (standaard is
locatie van genoomindexbestanden gespecificeerd met -D, -V en -d)

--modus=STRING
Uitlijningsmodus: standaard (standaard), cmet-stranded, cmet-nonstranded, atoi-stranded,
atoi-non-stranded, ttoc-stranded, of ttoc-non-stranded. Niet-standaard modi vereist:
u eerder de programma's cmmetindex of atoiindex hebt uitgevoerd (die ook betrekking hebben op
de ttoc-modi) op ​​het genoom

-p, --pruneniveau
Snoeiniveau: 0=geen snoei (standaard), 1=slechte seqs, 2=repetitieve seqs, 3=slechte en
herhalende

Uitgangstypes

-S, --samenvatting
Alleen samenvatting van uitlijningen weergeven

-A, --uitlijnen
Uitlijningen weergeven

-3, --continu
Uitlijning weergeven in drie ononderbroken lijnen

-4, --continu-door-exon
Toon uitlijning in drie regels per exon

-Z, --samenpersen
Afdrukuitvoer in gecomprimeerd formaat

-E, --exonen=STRING
Exons afdrukken ("cdna" of "genomisch")

-P, --proteïne_dna
Print eiwitsequentie (cDNA)

-Q, --proteïne_gen
Print eiwitsequentie (genomisch)

-f, --formaat=INT
Ander formaat voor uitvoer (let ook op de -A en -S opties en andere opties vermeld
onder Uitgangstypes):
psl (of 1) = PSL (BLAT) formaat,
gff3_gene (of 2) = GFF3-genformaat,
gff3_match_cdna (of 3) = GFF3 cDNA_match-formaat,
gff3_match_est (of 4) = GFF3 EST_match formaat,
splicesites (of 6) = output splicesites (voor GSNAP-splitsingsbestand),
introns = introns-uitvoer (voor GSNAP-splitsingsbestand),
map_exons (of 7) = IIT FASTA exon-kaartformaat,
map_ranges (of 8) = IIT FASTA-bereikkaartformaat,
coördinaten (of 9) = coördinaten in tabelformaat,
sampe = SAM-formaat (instelling paired_read bit in vlag),
samse = SAM-formaat (zonder paired_read bit in te stellen)

Uitvoer opties

-n, --npaden=INT
Maximaal aantal paden om weer te geven (standaard 5). Indien ingesteld op 1, rapporteert GMAP niet
chimere uitlijningen, aangezien die twee paden impliceren. Als u een enkele uitlijning wilt
plus chimere uitlijningen, stel dit dan in op 0.

--suboptimale-score=INT
Rapporteer alleen paden waarvan de score binnen deze waarde van het beste pad ligt. Standaard,
als deze optie niet wordt geboden,
het programma drukt alle gevonden paden af.

-O, --besteld
Print uitvoer in dezelfde volgorde als invoer (alleen relevant als er meer dan één werknemer is)
draad)

-5, --md5
MD5-controlesom afdrukken voor elke queryreeks

-o, --hersenschim-overlap
Overlap om te tonen, indien aanwezig, bij chimera breekpunt

--alleen mislukt
Print alleen mislukte uitlijningen, die zonder resultaat

--geen fouten
Afdrukken van mislukte uitlijningen uitsluiten

-V, --snpsdir=STRING
Directory voor SNP-indexbestanden (gemaakt met snpindex) (standaard is locatie van
genoomindexbestanden gespecificeerd met -D en -d)

-v, --gebruik-snps=STRING
Gebruik database met bekende SNP's (in .iit, eerder gebouwd met
snpindex) voor tolerantie voor SNP's

--gesplitste uitvoer=STRING
Basisnaam voor uitvoer van meerdere bestanden, afzonderlijk voor nomapping,
uniq, mult, (en chimera, if --chimera-marge is geselecteerd)

--mislukte invoer=STRING
Print volledig mislukte uitlijningen als invoer FASTA of FASTQ formaat naar de gegeven
het dossier. Als de --gesplitste uitvoer vlag wordt ook gegeven, dit bestand wordt bovendien gegenereerd
naar de uitvoer in het .nomapping-bestand.

--toevoegen-uitvoer
. --gesplitste uitvoer or --mislukte invoer wordt gegeven, zal deze vlag de uitvoer toevoegen aan de
bestaande bestanden. Anders is de standaardinstelling om nieuwe bestanden te maken.

--uitvoer-buffergrootte=INT
Buffergrootte, in query's, voor uitvoerthread (standaard 1000). Wanneer het aantal
resultaten die moeten worden afgedrukt groter zijn dan deze grootte, worden de werkthreads gestopt totdat de
achterstand is weggewerkt

-F, --volledige lengte
Neem aan dat het eiwit van volledige lengte is, te beginnen met Met

-a, --cdsstart=INT
Codons vertalen van gegeven nucleotide (1-gebaseerd)

-T, --afkappen
Afkappen van uitlijning rond eiwit van volledige lengte, Met to Stop Implies -F vlag.

-Y, --verdraagzaam
Vertaalt cDNA met correcties voor frameshifts

Opties voor GFF3-uitvoer

--gff3-toevoegen-scheidingstekens=INT
Of er een ###-scheidingsteken moet worden toegevoegd na elke queryreeks Waarden: 0 (nee), 1 (ja,
standaard)

Opties voor SAM-uitgang

--no-sam-headers
Druk geen koppen af ​​die beginnen met '@'

--sam-gebruik-0M
Voeg 0M in SIGAR in tussen aangrenzende invoegingen en weglatingen Vereist door Picard,
maar kan fouten veroorzaken in andere tools

--force-xs-dir
Voor RNA-Seq-uitlijningen, staat XS:A:? wanneer de zintuigrichting onduidelijk is, en
vervangt deze waarde willekeurig door XS:A:+. Kan handig zijn voor sommige programma's, zoals:
als manchetknopen, die XS:A:? niet aankunnen. Als u deze vlag echter gebruikt, wordt de
gerapporteerde waarde van XS:A:+ is in deze gevallen niet zinvol.

--md-kleine letters-snp
In MD-tekenreeks, wanneer bekende SNP's worden gegeven door de -v vlag,
drukt verschil-nucleotiden af ​​als kleine letters wanneer ze,
verschillen van referentie maar komen overeen met een bekend alternatief allel

--actie-als-sigaar-fout
Te ondernemen actie als er een verschil is tussen de lengte van de sigaar en de lengte van de reeks
Toegestane waarden: negeren, waarschuwing (standaard), afbreken

--lees-groep-id=STRING
Waarde die in het leesgroep-ID (RG-ID) veld moet worden geplaatst

--lees-groepsnaam=STRING
Waarde die in het veld leesgroepnaam (RG-SM) moet worden geplaatst

--lees-groep-bibliotheek=STRING
Waarde die in het veld leesgroepbibliotheek (RG-LB) moet worden geplaatst

--lees-groep-platform=STRING
Waarde om in leesgroepbibliotheek (RG-PL) veld te plaatsen

Opties voor kwaliteitsscores

--kwaliteitsprotocol=STRING
Protocol voor inputkwaliteitsscores. Toegestane waarden: illumina (ASCII 64-126)
(gelijk aan -J 64 -j -31) sanger (ASCII 33-126) (gelijk aan -J 33 -j 0)

Standaard is sanger (geen kwaliteitsafdrukverschuiving)
SAM-uitvoerbestanden moeten kwaliteitsscores hebben in het Sanger-protocol

Of u kunt de printshift specificeren met deze vlag:

-j, --kwaliteit-afdruk-shift=INT
Shift FASTQ-kwaliteitsscores met deze hoeveelheid in uitvoer (standaard is 0 voor sanger
protocol; om de Illumina-invoer te wijzigen in Sanger-uitvoer, selecteer -31)

Opties voor externe kaartbestanden

-M, --mapdir=directory
Map map

-m, --kaart=iitbestand
Kaart bestand. Als argument is '?' (met de aanhalingstekens),
dit geeft de beschikbare kaartbestanden weer.

-e, --mapexonen
Breng elk exon afzonderlijk in kaart

-b, --mapbeide
Rapporteer hits van beide strengen van het genoom

-u, --flankerend=INT
Toon flankerende treffers (standaard 0)

--afdruk-commentaar
Toon commentaarregel voor elke hit

Uitlijning uitvoer opties

-N, --geen lengtes
Geen intronlengtes in uitlijning

-I, --inverteermodus=INT
Modus voor uitlijning met genomische (-) streng: 0=Keer het cDNA niet om (standaard)
1=CDNA omkeren en genomische (-) streng afdrukken 2=cDNA omkeren en genomisch afdrukken (+)
streng

-i, --inrongap=INT
Nucleotiden die aan elk uiteinde van intron worden weergegeven (standaard 3)

-l, --omslaglengte=INT
Wikkellengte voor uitlijning (standaard 50)

Uitvoeropties filteren

--min-bijgesneden-dekking=FLOAT
Druk geen uitlijningen af ​​met bijgesneden dekking minder dan deze waarde (standaard=0.0, die
betekent geen filtering) Merk op dat chimere uitlijningen ongeacht dit worden uitgevoerd
filter

--min-identiteit=FLOAT
Druk geen alignementen af ​​met identiteit minder dan deze waarde (standaard=0.0, wat betekent nee
filtering) Merk op dat chimere uitlijningen worden uitgevoerd ongeacht dit filter
Help-opties

--rekening
Controleer de aannames van de compiler

--versie
Toon versie

--help Dit helpbericht weergeven

Andere tools van de GMAP-suite bevinden zich in /usr/lib/gmap

Gebruik gmap online met onworks.net-services