gmod_gff3_preprocessor.plp - Online in de cloud

PROGRAMMA:

NAAM

$ 0 - Bereidt een GFF3-bestand voor voor bulkladen in een chado-database.

KORTE INHOUD

% gmod_gff_preprocessor [opties] --gfffile

OPDRACHTREGEL OPTIES

--gfffile Het bestand dat GFF3 bevat (optioneel, kan read
van standaard)
--outfile De naam van de kernel die zal worden gebruikt voor het benoemen van resultaatbestanden
--splitfile Splits de bestanden op in meer beheersbare brokken, waarbij
een argument om het splitsen te regelen
--onlysplit Splits de bestanden en stop dan (dwz niet sorteren)
--nosplit De bestanden niet splitsen (dwz alleen sorteren)
--hasrefseq Stel dit in als het bestand een referentiereeks bevat
(Alleen nodig als er geen bestanden worden gesplitst)
--dbprofile Specificeer een gmod.conf profielnaam (gebruik anders de standaard)
--inheritance_tiers Hoeveel overervingsniveaus verwacht u in dit bestand
hebben (standaard: 3)

PRODUCTBESCHRIJVING

splitfile -- Als u deze vlag gewoon op 1 zet, wordt het bestand gesplitst op basis van referentie
reeks. Als u een optioneel argument opgeeft, wordt het verder opgesplitst volgens
deze regels:

source=1 Splitst bestanden volgens de waarde in de bronkolom
source=a,b,c Plaatst regels met bronnen die overeenkomen (via reguliere expressie)
'a', 'b' of 'c' in een apart bestand
type=a,b,c Plaatst regels met typen die overeenkomen met 'a', 'b' of 'c' in een
apart bestand

Als u bijvoorbeeld wilt dat al uw analyseresultaten in een apart bestand terechtkomen, kunt u
kan duiden op '--splitfile type=match', en alle cDNA_match, EST_match en
cross_genome_match-functies zouden in afzonderlijke bestanden worden geplaatst (gescheiden door referentievolgorde).

inheritence_tiers -- Het aantal overervingsniveaus van dit bestand. Als bijvoorbeeld
het bestand bevat "centrale dogma"-genen (gen/mRNA/exon,polypeptide), dan heeft het 3. Omhoog
tot 4 wordt ondersteund, maar hoe hoger het nummer, hoe langzamer het presteert. Als je dat niet doet
Weet je, 3 is een redelijke schatting.

FAST volgorde
Als het GFF3-bestand aan het einde een FASTA-reeks bevat, wordt de reeks in een
apart bestand met de extensie '.fasta'. Dit fasta-bestand kan daarna apart worden geladen
de gesplitste en/of gesorteerde GFF3-bestanden worden geladen met het commando:

gmod_bulk_load_gff3.pl -g

Gebruik gmod_gff3_preprocessor.plp online met behulp van onworks.net-services