gmt-muziek-mutatie-relatiep - Online in de cloud

PROGRAMMA:

NAAM

gmt-muziekmutatie-relatie - Identificeer relaties van gelijktijdige of wederzijdse mutatie
exclusiviteit in genen in verschillende gevallen.

VERSIE

Dit document beschrijft gmt-muziekmutatie-relatie versie 0.04 (2016-01-01 om 23:10:19)

KORTE INHOUD

gmt muziek mutatie-relatie --bam-list=? --maf-bestand=? --output-bestand=?
[--mutation-matrix-file=?] [--permutaties=?] [--gene-list=?] [--skip-non-coding]
[--overslaan-stil]

... muziekmutatie-relatie \
--maf-bestand /pad/mijnMAF.tsv \
--permutaties 1000 \
--output-bestand /pad/mutatie_relatie.csv

VERPLICHT ARGUMENTEN

bam-lijst Tekst
Door tabs gescheiden lijst van BAM-bestanden [sample_name, normal_bam, tumor_bam] (zie beschrijving)

maf-bestand Tekst
Lijst met mutaties in MAF-formaat

output-bestand Tekst
Resultaten van mutatie-relatietool

OPTIONELE ARGUMENTEN

mutatie-matrix-bestand Tekst
Sla optioneel de sample-vs-gen-matrix op die tijdens berekeningen wordt gebruikt.

permutaties Telefoon Nummer
Aantal permutaties gebruikt om P-waarden te bepalen

Standaardwaarde '100' indien niet gespecificeerd

genenlijst Tekst
Lijst met te testen genen, meestal SMG's. Indien niet gespecificeerd, worden alle genen in MAF getest.

overslaan-niet-coderen Boolean
Sla niet-coderende mutaties uit het verstrekte MAF-bestand over

Standaardwaarde 'true' indien niet opgegeven

noskip-niet-coderen Boolean
Maak skip-non-coding 'false'

overslaan-stil Boolean
Sla stille mutaties over uit het verstrekte MAF-bestand

Standaardwaarde 'true' indien niet opgegeven

noskip-stil Boolean
Maak skip-stille 'false'

PRODUCTBESCHRIJVING

Deze module ontleedt een lijst met mutaties in MAF-indeling en probeert deze te bepalen
relaties tussen gemuteerde genen. Het maakt gebruik van een correlatietest om te zien of er al dan niet een is
twee genen zijn gelijktijdig gemuteerd (positieve correlatie) of wederzijds uitsluitend
(negatieve correlatie). Vanwege de mogelijkheid van sterk wisselende aantallen mutaties
aanwezig in verschillende genen, worden P-waarden berekend met behulp van beperkte permutaties die
houd rekening met de verdeling van het aantal mutaties over de monsters. In de uitvoer
bestand, 'pand' is de P-waarde voor gelijktijdige mutatiegebeurtenissen en 'pexc' is de P-waarde voor
elkaar uitsluitende mutatiegebeurtenissen.

ARGUMENTEN

--bam-lijst
Geef voor elk een bestand met voorbeeldnamen en normale/tumor BAM-locaties. Gebruik maken van
het door tabs gescheiden formaat [sample_name normal_bam tumor_bam] per regel. Alleen dit hulpmiddel
heeft sample_name nodig, dus alle andere kolommen kunnen worden overgeslagen. De sample_name moet de
hetzelfde als de namen van de tumormonsters die worden gebruikt in het MAF-bestand (16e kolom, met de koptekst
Tumor_monster_streepjescode).

AUTEURS

Nathan D. Dees, Ph.D.
Qunyuan Zhang, Ph.D.

Gebruik gmt-music-mutation-relationp online met behulp van onworks.net-services